北宋末期，北宋朝廷已變得非常腐朽。宋徽宗在位時，蔡京迎合皇帝奢靡的本性，提出了個“豐亨豫大”口號，要把京城的宮殿裝修到前所未有的富麗堂皇程度。為此，他們下令征集天下的奇花異石運到開封，以裝飾宮殿，構建園林。
為了更好地采辦花石，朝廷特意設立了“應奉局”，專門在東南各地居民搜刮花草竹木和珍稀物品，由朱勔主管。越是出產花石多的地方，朱勔就越會賣力地搜刮，這裏的百姓也就遭殃最重。
睦州青溪（今浙江淳縣）一帶，出產各種花石竹木，應奉局常常派差人到那裏，搜刮花石。老百姓家裏隻要是有可供賞玩的東西，都會全部被他們強行征收，即使是已經建好的，拆屋毀牆也要收走。朱勔和他手下的人還經常借機敲詐，弄得當地許多人家破人亡，傾家蕩產，引起極大民憤。應奉局把搜刮花石和財物，用大船裝運到開封，每十船為一綱，稱為“花石綱”。
方臘的家就在清溪一帶，他家裏有個漆園，平時靠這個園裏的出產，日子還勉強過得去。朱勔辦了花石綱以後，方臘家也常遭到勒索。方臘恨透了這些官府差役，他也看到當地農民受盡花石綱的苦，對官府懷有強烈的不滿情緒。方臘開始在當地組織摩尼教。這個教派是波斯人所創立的，很早就傳到了中國，是民間比較流行的一個秘密宗教。該教的教義是“光明一定能戰勝黑暗”，所以又稱為明教。它主張“是法平等，無分高下”，信教者都是一家，同時還主張吃素斷葷，節省錢財，在教友中實行互助。
摩尼教的主張非常符合當地群眾願望，再加上方臘本人不辭辛苦到處傳教，由此聚集了很多信教者，這些人後來成為他日後發動起義的主要力量。
宣和二年十月的一天，方臘和教中骨幹正在秘密商量起義的時候，不想走漏了風聲，被當地的大地主方有常知道了。方有常聽說方臘要謀反，非常害怕，就讓人將方臘他們關在穀倉裏，然後跑向官府去告密。方臘在摩尼教徒的幫助下，很快逃出穀倉，並殺了方有常一家。
之後，方臘在漆園召開誓師大會，他說，“我們老百姓耕種紡織，成年累月地艱辛勞苦，生產出來了糧食與布匹，卻被皇帝與官老爺全部搶去，供他們揮霍享受。官府稍不滿意，就鞭笞虐待我們，甚至隨意處死我們。我們怎麼能夠忍受這樣的不公平？如今賦稅沉重、貪官汙吏還在加重盤剝，我們的日子都已經過不下去了，可是皇帝和官老爺們仍在用我的血汗過著聲色犬馬、窮奢極欲的生活。我們整年都在艱苦地勞作，可是老婆孩子還是要受凍挨餓，我們已經活不下去了。大家說說我們該怎麼辦？”聚集在漆園裏的人們一時群情激憤，都一致表示願聽方臘的的命令。方臘看到時機已經成熟，於是宣布進行起義。
東南地區的老百姓早就受夠了花石綱的嚴重侵擾，一看到方臘舉起義旗，紛紛響應，不到半個月的時間，方臘就已經聚集了幾萬人的隊伍。方臘利用朱勔在當地引起的巨大民憤，鮮明地打起殺朱勔的旗號，更是為起義軍聚攏了大量的人氣。
起義軍尊稱方臘為“聖公”，改元“永樂”，軍中將帥分為六等，用頭上紮帶的紅巾等各色頭巾作為標誌，建立起了政權。起義軍在青溪縣息坑（今浙江淳安西）全殲兩浙路常駐宋軍五千人，隨後，乘勝進取青溪縣，俘獲縣尉翁開。十二月初，起義軍攻克睦州，占據壽昌、分水、桐廬、遂安等縣。不久，又向西攻下歙州，東進攻克富陽、新城，直撲杭州。杭州是兩浙路的首府，也是花石綱采辦的指揮中心之一，聚集了大批官吏和富商。二十九日，起義軍攻入杭州，殺死兩浙路製置使陳建、廉訪使趙約，知州趙霆逃走。積怨已久的民眾在杭州發掘了蔡京家的祖墳，將裏麵的骸骨全都挖出來以發泄心中的憤怒。
起義軍浩大的氣勢吸引了更多的人參加進來。蘇州的石生，湖州（今浙江吳興）的陸行兒等人也紛紛領導當地農民，參加起義。台州仙居縣呂師囊衢州鄭魔王等領導當地摩尼教秘密組織起兵響應。湖、常、秀等州農民也組織起來，準備攻打州縣。各地農民隻要望見義軍的旗幟，聽見鼓聲，就會跑來迎接，向起義軍送錢送物。