黃巢乘勝挺進江陵，唐招討使王鐸望風逃奔襄陽。留守江陵的唐將劉漢宏乘機在江陵城中大肆搶劫，燒毀民房，城內百姓紛紛逃進山穀。十一月中旬，農民軍攻克江陵府，接著，繼續北進襄陽。新任山南東道節度使劉巨容督率沙陀騎兵，和江西招討使淄州刺史曹全晸扼守荊門關，分出一部分兵力駐守在江陵通往襄陽要路的團林鋪（今湖北荊門南40裏），在路旁密林設下伏兵。十一月末，農民軍進至團林鋪，曹全晸率輕騎挑戰，剛一交鋒，便佯敗而走。農民軍拚命追趕，遭到官兵伏擊，死傷17萬人。
荊門之戰失利以後，黃巢便放棄從襄陽進攻兩京的計劃。這年十二月，黃巢撤離江陵，率大軍順江而下，一路攻克饒（今江西鄱陽）、信（今江西上饒）、池（今安徽貴池）、歙（今安徽歙縣）、衢、婺（今浙江金華）、睦（今浙江建德）等15州，重振軍威，隊伍發展到20餘萬。
唐僖宗因王鐸指揮無功，解除了他的招討都統職務，任命高駢為諸道行營都統。高駢征調各路軍隊，並廣泛募兵，組成一支7萬人的勁旅，坐鎮揚州。當時，黃巢率領的義軍主力屯紮在信州，因軍中發生疾疫，死了很多士兵，戰鬥力受到很大削弱。高駢派部將張璘率大軍來攻，義軍失利。唐朝的昭義、感化、義成等軍兵馬數萬，都到了淮南，義軍的處境十分困難。黃巢為了麻痹敵人，偽裝請降，求為節度使。高駢怕其他唐軍分占他鎮壓義軍的功勞，就向唐王朝奏報不日可以消滅義軍，請朝廷把各道兵遣歸原鎮。黃巢探得昭義、感化、義成各道兵撤走，立即下戰書給高駢，迫使高駢決戰。高駢匆忙下令張璘進攻義軍。880年（唐廣明元年五月），雙方在信州大戰，官兵大敗，張璘被殲。六月，黃巢乘勝攻克睦、婺、宣州，直抵長江南岸。七月，黃巢從采石磯（今安徽當塗西北）渡過長江，進攻天長、六合。高駢一心隻想保存自己的實力，害怕再吃敗仗，因而假稱有病，龜縮在揚州不敢出戰。其他唐軍有的望風瓦解，有的自保不暇，黃巢農民軍乘勝長驅，全軍渡過淮水，一舉攻克申州，進入潁、宋、徐、兗州境，直抵汝州。這次黃巢嚴肅軍紀，沿途秋毫無犯。老百姓紛至遝來，投入起義，義軍迅速發展到60餘萬。
十一月，黃巢發布檄文，警告各地官員說：“我軍過去陳兵淮南，飲馬潁川，逐高駢如同趕老鼠，不久將打進東都，直搗長安，吊民伐罪。你們要各安其地，不許亂動，否則嚴懲不貸！”嚇得各地節度使膽戰心驚，僖宗君臣在長安驚惶失措，相對而泣。
十一月二十日，黃巢兵臨東都，唐東都留守劉允章見大勢已去，率部下出城迎降，黃巢大軍秩序井然，進入東都。
唐僖宗聽說東都失守，急派神策軍馬軍將軍張承範任兵馬先鋒使兼把截潼關製置使，步騎將軍王師會任製置糧料使，率神策軍2800人，馳援潼關。
十二月初，農民軍的先鋒到達潼關，義軍旗幟滿野，一眼望不到邊。農民軍大將尚讓和林言親率義軍，從潼關旁邊的峽穀首先攻入關內，官兵大潰。王師會自殺，張承範變服率眾逃到渭橋，正好遇上趕來援救的博野、鳳翔軍。博野、鳳翔軍見神策軍潰兵衣著華麗，十分氣憤，把他們的衣物搶奪一空，轉而給義軍充當向導。義軍隨即乘勝直指長安。
十二月五日，黃巢進了潼關的消息報到長安，京城內亂作一團，貴族官僚們紛紛四散逃竄。田令孜率領500名神策兵，保護著僖宗以及少數幾個親王、妃嬪，從長安西麵中門金光門逃出，晝夜不停地向成都逃去。
880年（唐廣明元年十二月五日），黃巢的大將柴存率先鋒攻進長安，唐金吾大將軍張直方率領文武百官到灞上迎接黃巢入城。黃巢入長安城時，農民軍盔甲耀眼、旌旗蔽天，滿載糧秣的車馬絡繹不絕，車聲隆隆，人馬歡騰。長安居民夾道歡迎。大將尚讓對歡迎的人群說：“黃王起兵，本為百姓，不像李家皇帝不愛你們，你們不要害怕，盡管安居樂業。”還向貧民施舍財物。
十二月十三日，黃巢在長安宮城的含元殿登基，正式當了皇帝，國號大齊，改年號為金統，建立農民政權。黃巢任尚讓為太尉兼中書令，趙璋為侍中，崔王翟、楊希古為同平章事，孟楷、蓋洪任左右仆射兼知左右軍事，費傳古為樞密使，皮日休為翰林學士，朱溫、張言、李逵等為諸衛大將軍、四麵遊奕史。農民政權規定：唐朝官員三品以上的停職，四品以下的留任。農民政權雖留用了唐浙東觀察使崔王翟、太常博士皮日休等人，但軍政大權主要由黃巢、尚讓、趙璋、孟楷等義軍領導人掌握。