另一方麵，國民黨還利用部分投降日軍進攻解放區。9至11月，華北、華東地區的日軍，除由八路軍繳械者外，在美軍和國民黨軍控製地區共有日軍26．1萬餘人，除青島日軍1500人繳械外，其餘日軍在國民黨軍陸軍總司令何應欽的指令下，不僅沒有繳械，反而將其冠以“護路隊”、“先遣隊”等名義，驅使其成為“剿共”第一線兵力。其中最突出者：一是將日軍華北方麵軍總部、蒙疆駐屯軍總部、坦克第3師團、獨立混成第2、第8旅團及第3、第5獨立警備隊等共10．6萬餘人，以保護鐵路為名，分駐北平以外各鐵路沿線，“作有效之防禦”。何應欽還命令這些部隊，“堅決反擊”，必要時應向中共武裝“收複失地”。二是駐太原、大同侵華日軍第1軍軍部、第114師團之獨立步兵第10旅團、獨立步兵第14旅團等部共4．9萬人，對這些日軍，國民黨第2戰區司令長官閻錫山不僅不令他們立即投降，反而將其中的2萬餘人編為“山西先遣支隊”，布防於正太路西段和同蒲路北段，執行所謂“護路”任務。三是山東侵華日軍第43軍軍部、第47師團、獨立混成第5旅團、獨立步兵第1旅團及第9、第11、第12獨立警備隊等部共6．4萬餘人，在國民黨山東省政府主席何思源“收複失地”的命令下，驅使其向即墨、膠縣、淄博等解放區發動進攻。當遭到人民軍隊的迎頭痛擊後，何思源還親自到濟南醫院慰問日軍受傷人員。在蘇中地區，國民黨方麵還命令日軍獨立混成第90旅團以“剿共隊”名義，重陷已解放之海門縣城。
國民黨此種倒行逆施，深受侵華日軍歡迎，日本駐中國派遣軍總司令岡村寧次，乘機通過何應欽向蔣介石建議：“中國的對日抗戰是結束了，但今後難題尚多，主要的就是剿共問題。這是中國的心腹之患。我既受到天皇的命令投降了中國，我就應該忠實地找機會為中國政府效勞。現在我們駐在中國的完整部隊還有一百幾十萬人，裝備都是齊全的，趁現在尚未實行遣散，用來打共產黨當能發揮一定的力量。這是替中國著想。”蔣介石對岡村寧次的建議十分讚賞，打算采納。隻是後來由於美國的反對，蔣介石才不得不放棄這一意圖。
向解放區進攻之國民黨軍和日偽軍，所到之處，燒殺擄掠，無所不為，使得這些地區的人民流離失所。在豫西地區，國民黨軍第64師和暫66師以及該區之日偽軍，侵占八路軍從日軍手中收複之伊川、宜陽、登封、禹縣等地區後，從9月15日至21日的7天之內槍殺八路軍傷病員、地方幹部、抗日軍人家屬以及各階層進步人士500餘人，甚至慘無人道地采用剝皮、刀砍、活埋等辦法殘殺無辜群眾，手段十分殘忍。禹縣以北之盱花台區被國民黨軍包圍後，當場槍殺區長以下政府工作人員22人；該縣文殊店區被國民黨軍占領後，有40餘名婦女被強奸，50餘頭牲畜被搶掠。
凡此種種，幾乎遍及所有遭到進攻的解放區。向綏遠以東進攻的傅作義部騎兵第4師師長劉萬春，於9月23日給傅作義的電報中不得不承認：“自我軍東進以來，部隊騷動地方，甚至奸淫搶掠，紀律蕩然，以至民怨沸騰。”綏遠人民普遍稱傅作義部為“官土匪”，流傳一首民謠：“說中央，盼中央，中央來了一掃光。”由於國民黨軍對解放區人民血腥鎮壓，慘絕人寰，使得解放區廣大人民莫不悲憤填膺，他們奮起呼籲：希望中國共產黨和人民軍隊伸張正義，立即製止國民黨當局與日偽的合流，製止其殘害人民、向解放區進攻的滔天罪行，以免中國在抗戰勝利後重演內戰慘劇。
B．中共中央、中央軍委反擊國民黨軍進攻的方針、部署中共中央根據國民黨軍向解放區大舉進攻的形勢，先後多次召開政治局會議進行分析研究。認為，“我軍在華北、華中敵後艱苦抗戰八年，功在國家，但國民黨不讓我軍受降，並動員了70萬軍隊在敵偽的掩護和幫助下，正向北平、天津、秦皇島、張家口、石家莊、濟南、青島等地急進，企圖控製華北各大城市和交通要道。”這些情況表明：國民黨不僅要完全占領長江以南地區，還要奪取華北戰略要地和交通線，以分割、壓縮解放區，並打開進入東北的通道；依據中蘇條約對它有利的規定，出兵占領全東北。