《內經》運用陰陽五行學說把豐富的醫療實踐經驗總結成係統理論，用陰陽對立統一和五行生克的規律，論述了人體生理、病理、診斷、預防、立法、治則和藥物性、味、氣等祖國醫學中的基本問題，貫穿於醫藥的各個方麵。它促使人們從係統結構觀點觀察人體，有助於比較辨證地認識人體局部與局部、局部與整體之間的有機聯係以及人體與生活環境的統一。
永恒運動觀也是《內經》學術思想的重要內容。它認為一切物質，包括整個自然界、整個人體，都是永恒運動著的，唯有永恒的運動，才能產生變化，假使靜止而不動，則不生不化，生命也就毀滅了。《內經》用運動變化的觀點來認識分析疾病，並針對疾病發展變化的不同階段，采取相應治療方法，從而為中醫學的“辨證論治”提供了理論根據。
《內經》對疾病發生和變化的內在機理有著科學論斷。它認為，體質強弱和致病因素是決定是否發病的兩個主要因素，在診斷上應當盡量全麵運用望、聞、問、切四診，對疾病要防微杜漸，有病及時治療，防止疾病傳染或惡化。對疾病還要因時、因地、因人的不同分別治療，也要根據不同症狀確定治療方法。《內經》特別強調增強體質、預防疾病，以達到延年益壽；它重視精神情態的調節對養生的意義；還提出了順應自然四季變化進行保養的觀點。所有這些理論都是很科學的。
《內經》在解剖生理學上第一次記載了血液循環。我國現存第一部對人體組織有詳細記載的醫書便是《內經》。據《內經·靈樞》說，人活著的時候可以由體外按摩到體內各個髒器的位置，死後可以解剖開來觀察。《靈樞》還詳細地記載了體內器官的大小、軟硬，血管的長短，腸胃的容量，並且大都十分精確，這說明我國秦漢前的解剖實踐有相當水平。《內經》記載的血液循環更值得稱道。而在西方醫學史上，英國人哈維花費了17年時間才於1628年（即我國明代崇禎元年）發現心髒維持血液循環的作用，比我國晚了1000多年。
《內經》係統而全麵地總結了我國漢代以前的醫學成就，包含著極其豐富的理論知識和實踐經驗，近2000年來一直有效地指導著中醫臨床各科實踐，為中醫學發展奠定了堅實的理論基礎。其價值和影響從下麵兩點即可看出：一是，從中醫學發展史上看，千百年來湧現出了許多醫學家和著名醫學流派，但從其學術思想和繼承情況來說，基本上都是從《內經》理論體係的基礎上發展起來的；二是，中醫學現存古典文獻，除《神農本草經》屬藥物學著作外，都是在《內經》理論基礎上發展起來的。幾乎可以說，沒有《內經》就沒有中醫學。
《內經》對世界醫學的發展，特別是對東方醫學的發展，有著不可忽視的影響。日本、朝鮮和越南等國曾將它列為醫生的必讀課本，視為主要醫學經典著作。近代以來《內經》也引起了西方醫學家重視，美國人維茨曾於1949年將《素問》前34篇譯成英文出版並因此獲得博士學位。《內經》已引起世界許多國家醫學家和科學史家的重視，部分內容相繼被譯為日、英、德、法等國文字。《內經》中的經絡理論和針灸療法，已經為世界醫學界開辟了新的境界，為探索人體未知領域提供了重要線索和依據。有的國際針灸組織還把《內經》列為針灸醫師的必讀書。可以說，作為我國醫道之宗的《內經》已成為世界人民共同的醫學財富。