嘉慶年間，清廷派駐喀什噶爾的參讚大臣斌靜，“貪淫暴虐”，臭名遠揚，成為張格爾之亂的導火索。斌靜原任黑龍江將軍，因索賄犯案被發往新疆效力贖罪。斌靜是皇室成員，到了新疆不過四年，就擔任了喀什噶爾參讚大臣，成為南疆的最高軍政長官。嘉慶末年，斌靜強占商人薩賴占的女兒，導致薩賴占憤怒自殺。事後滿城風傳薩賴占將女兒殺了後，割下頭顱扔到斌靜官衙內。斌靜的胡作非為導致民心大失，張格爾乘機率眾入境作亂。
張格爾之亂也有著漫長的曆史緣由。乾隆年間，白山派和卓波羅泥都戰敗，五歲的兒子薩木薩克逃到中亞浩罕國。和卓意為“聖裔”，明末從中亞進入新疆，在天山以南各城傳教近一個半世紀，在當地有較大影響力，其後裔分裂為白山派與黑山派。
清廷多次向浩罕國索要薩木薩克，浩罕國以為薩木薩克是聖人之後，奇貨可居，一直予以庇護。薩木薩克成年後，雖然一心想複仇，但懾於此時清國的強大國力，未有大的動作。薩木薩克有三個兒子，長子玉素普，二子張格爾，三子巴布頂。成年後，張格爾以浩罕為根據地，先後四次擾亂邊疆。
借著斌靜強占民女，招致民憤四起之機，張格爾開始滋事。張格爾初次滋事時，隻有兩三百名追隨者，穿的衣衫襤褸，隻想搶點銀子改善生活，毫無戰鬥力可言，很快被清軍擊潰。清軍擊潰張格爾後，抓了八十多名俘虜，就沒再追。清軍將領色普征額將俘虜帶回喀什噶爾，交給了斌靜。當日正值中秋，斌靜下令將俘虜全部殺掉，然後喝酒賞月。
此時嘉慶去世，剛剛登基的道光，覺得斌靜的處置方式有問題，有殺人滅口之嫌，斌靜又被地方官員聯名控告品行不端。道光遂將斌靜革職，發往黑龍江效力。（張格爾第三次動亂之後，道光下旨讓長齡再查斌靜一案。長齡查明，斌靜確有強占民女一事。道光七年，斌靜被以“激變良民”的罪名處斬監候。）
道光四年秋，張格爾再次帶隊在邊境滋事，清兵迅速出動圍剿，但未能捕獲張格爾。張格爾的弟弟巴布頂此時已經成年，被今阿富汗昆都士地方的部落頭人招贅為婿。道光五年，巴布頂離開阿富汗，想與張格爾一起作亂，不想途中中風而死，也使張格爾少了個得力助手。
道光五年夏，乘著草肥馬壯之機，清廷的二品大員巴彥巴圖領了二百名騎兵，出塞四百裏，掃蕩張格爾。巴彥巴圖領兵一路燒殺，將布魯特牧民當作匪徒濫殺，然後邀功請賞，被殺者中有布魯克頭人的妻子。鬆筠當年曾冤殺布魯特部頭人，新仇舊恨湧起，布魯特部憤起反抗，將巴彥巴圖包圍在都伯爾津（今吉爾吉斯斯坦境內）。巴彥巴圖被困在大山之中，孤軍無援，戰敗自殺。得悉巴彥巴圖自殺後，道光大為痛心，憤慨地道：“堂堂大清，屢挫銳於小醜，成何事體。”遂將伊犁將軍慶祥改任喀什噶爾參讚大臣，以長齡任伊犁將軍，負責剿殺張格爾。
道光六年六月十四日，張格爾發動第三次動亂。此次張格爾率領五百名布魯特人，從山路突進，猛撲喀什噶爾。清軍領隊大臣武淩阿帶兵前往鎮壓，初期戰事順利，將張格爾圍困住。不想張格爾被圍後，各地白山派教眾紛紛起兵來救他，轉而將清軍擊潰，武淩阿陣亡。
清廷在天山南北共部署了約二萬名清兵，但駐防在天山南部的隻有約四千名戰鬥力較低的綠營士兵，兵力薄弱，且分散在廣闊的空間之上。張格爾入境之後，天山南麓烽火四起，響應者無數，分散的清軍在各處被圍攻，處於被動狀態。長齡焦灼萬分，本應親自帶主力出援，但伊犁地方上也有很多驍勇的布魯特人。長齡擔心後方不穩，不敢遠離伊犁。
此時道路全被阻斷，喀什噶爾消息斷絕，英吉沙地方上的官兵物資補給困難。長齡人手吃緊，遂請急調四千名土爾扈特部、和碩特部蒙古兵助戰。乾隆年間，土爾扈特從俄羅斯歸國後，清廷將土爾扈特部分散在各地安置，以免聚在一起生出變數。此時突然要調四千人，實在困難。長齡奏報到京後，道光也認為突然之間抽調蒙古兵助戰不切實際。但此時已火燒眉頭，長齡親自用蒙古文寫了封信，詢問蒙古部頭領是否願意湊個幾千名蒙古兵過來幫忙。土爾扈特部也夠意思，趕緊出了一千人助戰。由於人手吃緊，長齡從各地發配到的伊犁的罪犯中，挑出兩千名強壯者去要隘阿克蘇駐守。
六月份，喀什噶爾被團團圍困，英吉沙被攻占。和闐、葉爾羌情勢危急，天山南麓烽火四起，道路梗塞。長齡無計可施，隻能請道光撥出軍費數百萬，派大兵四萬進剿。