統領周務學急出開導，未得及時發動。營務處得到消息，立刻閉城門，布置軍事。巡警道潘齡皋請命出城調停，到了拱星墩，見忠武軍的兵結集在營外，正擾亂間，潘同隨從的二人直入營中，見周務學，周涕泣說變出倉促經過情形，並說兵們如再不聽命，他惟有自殺以明心。潘就商令集合全軍，給以曉諭利害，保證不複收械，並發三個月欠餉，兵士們都感激涕零的服從命令，這一事件，就算平息下去。但是用兵攻陝時，添招的兵很多，事後無所安置，越加重了財政上的困難，當局為節餉計，仍不得不實行裁兵，議定各軍各裁一哨，又發生兵變的事。因被裁的兵出營，暗結各營內的兵謀變，被振武軍統領陸洪濤知道了，派隊官李義帶他的兵預先埋伏在教場東南角舊馬隊營地中。天黑了，見有幾人拿槍的、拿銅號的、背草的，都往這裏竄來。李部在營周圍伺看動作，那持槍的登牆，拿草的要放火，李就鳴哨包圍，捉住兩人，其餘越牆逃脫。隻把兩人帶到統領部訊問，一名周得元，一名傅應泰，在逃的有張自福等多人，同謀鳴號放火，聚眾進城，殺官劫庫等語。陸就麵陳都督趙惟熙，將二入斬首示眾，並緝獲張自福處死，其他都成遊勇逃散了。
六月四日（農曆四月十九日），駐省炮兵嘩變。炮隊原屬建威軍柴洪山統帶，柴赴甘州提督任，即歸吳炳鑫，吳又調赴臨洮。留這一營，原為固省防起見，有大炮二十四門，由忠武軍周務學節製，營長梁國障赴京，劉紀堂接充營長。三月間劉以剋扣兵餉幾激成變，遂借口各營有欠餉，謀作變索餉，劫掠城市。又因西軍與炮隊及振武軍私鬥，將乘變殺馬安良。已定農曆四月十九日起事，因約過振武軍，就被陸洪濤得知，勸他的軍隊莫要妄動。在這一夜九時許，聽得站隊號響，隨有軍隊嘩噪的聲音，知道有了變，就傳令各營嚴加守備，在教場四角密布防線，自己登統部營樓觀察。見炮隊已經運出炮車，變兵紛紛向各營呼嘯。有幾個變兵向教場營前來，到陸所立的營門樓叫門，陸問是誰？變兵隨聲發槍，彈從陸耳邊穿過。衛兵開槍還擊，變兵由壕內逃去。陸就嚴令營中，如有敢出者斬，隨持刀立營門內，眾不敢動。當夜忠武軍也要舉事，周務學臥營門內誓死守門，兵也不得出。別的營也沒有響應，炮兵無援，急由黃河沿竄到東稍門叫開城，城上的兵不應，營官朱應龍立城垛間，大聲說兵們若是搶劫，城裏遭了亂，兵有家的也要同一受害，事後查辦，都難幸免。你們有什麼好處呢？士兵們有些本地人，聽這一開導，就多數散去了。正在這時，小稍門（通遠門）失火，南關也起火兩處，幸而兵變沒有起來。劉紀堂見事敗退去。省議會議長李鏡清以兵變重在索餉，就在天成亨各彙兌莊商議借款。同布政使彭英甲到各營宣布當發欠餉，兵們歡呼聽命，就由藩庫籌款，不夠的湊了些商借的款，發了欠餉，兵變的一天雲霧才消失了。
秦州取消獨立六月十七日，秦州取消獨立。其先不肯取消，趙惟熙屢要進攻，已令吳炳鑫率部前往，抵伏羌（今甘穀），省議會議長李鏡清接秦州張世英電，請製止吳軍。鏡清向趙督力爭，主張和平解決，吳炳鑫的兵未得前進。但省議會因承認共和電拍發後才改組，係在正月中旬，黃鉞獨立在下旬，當時北京報載在正月底。故中央政府亦認為蘭州承認共和後秦州又鬧獨立，是破壞行為。秦州去的文件，常被駁斥。後經黎元洪、譚延闓等替黃辯白，秦州人汪劍萍赴京上書，中央政府就給黃鉞電，教他結束秦州軍府，來京另候任用。黃遂致電蘭州說：“秦州已行的恤民政策，要通行各屬仿照辦理，造成一個新甘肅，即可取消此間名義。”向燊又與趙督函商得優待條件。蘭州也接到北京文電，就對秦州條件認可。馬福祥代表蘭州，周昆代表秦州，解決取消軍政府。向燊仍任隴南道，軍政府的士兵，歸向接管，新政交地方人士接收。黃鉞應電召赴中央，秦州在這一事件，所有供應客軍及遣散黃軍的費用，共銀五萬兩，先由挪借，隨後在銀糧項下歸還，得到和平解決。秦州人民以兵未臨境，地方得免糜爛，歸功於李鏡清議長，祀鏡清於雲山閣下永為紀念。
省議會議長李鏡清被刺七月六日盜殺省議會議長李鏡清於狄道（今臨洮）。鏡清被舉為議長後，建議清理財政，剔除中飽，察吏恤民為先務，與當局已有不合。又以對陝西用兵時，馬安良的兵到處殺掠及馬麒兵擾害寧夏的事，倡言於議會，與馬福祥、周務學言語衝突，周、馬同告安良。
安良大恨說：“會當殺此虜”。又各界開會，欲舉鏡清為都督，趙督不安，馬等尤懼。安良回河州，馬麟等駐省。定期在該營開特別大會，請鏡清赴會，勢甚洶洶。或勸鏡清辭職，鏡清謂：“吾將與議會同盡”。或又言殺身成仁，誠然壯士，但關係省垣人民生命財產將奈何？何不出城後流血哩！鏡清遂辭職。彭英甲居中排解，馬麒不聽。
英甲知禍不遠，請崔正午保護。正午雖回族，不與安良同黨，派馬隊二十名護送鏡清回籍。安良密派馬全良、馬同帶隊赴狄道謀暗殺，又使馬國良由河州帶隊百人托言巡防以作後援。七月六日，馬同帶八人夜入鏡清家，問李大人在哪裏？鏡清聞聲知有變，急起應聲李某在此，馬安良要殺我快來，來人發槍中鏡清左腿，即破窗入，昏夜不能辨認，鏡清手抽來人腰間刀，劃其腹，殺一人，又傷一人，餘二人隨入，寡不敵眾，竟被亂刀砍死，割去一手，身受四十餘傷。