1998年3月開始，獨樂寺維修工程主要工作為小木作裝修，油飾彩繪處理，瓦頂瓦瓦和山門揭瓦。10月，國家文物局及古建專家對獨樂寺維修工程進行初步驗收。至11月，觀音閣和山門維修告竣。
7至11月，文保所對全體員工進行“百日集訓”，培訓內容包括旅遊理論、古建常識、宗教知識、導遊和文物保護。
10月22日毛澤東的女兒李訥參觀獨樂寺。
1999年1月，結合“99生態旅遊年”，文保所與天津自然博物館合作，在獨樂寺院內舉辦“鳥類、貝類、蝴蝶珍品標本展”；與天津文廟博物館合作，舉辦“孝道展”。縣內大部分中小學組織參觀展覽和維修後的獨樂寺。
2000年4月，舉辦“國旗頌”展覽，並深入到全縣鄉鎮學校進行巡回展出。5月，在獨樂寺院內安裝現代化的安全防範監控設施，設置了攝像機9台，紅外線探測器7台，門磁5個，聲控器10個。6月，對大安宅遺址進行發掘。同月，與天津自然博物館聯合舉辦“中小學生自然生物教學展”。11月27日，恢複獨樂寺大門外兩側的旗杆。
2001年3月，將清代民居遷建於獨樂寺西院南部。4至6月，與天津博物館對“吉華”居民小區建設工地內的西關漢墓群進行考古發掘，共發掘墓葬80座，出土文物千餘件。
2002年8—9月，對“陽光居民小區”建設工地的小毛莊漢墓群進行考古發掘，共發掘墓葬94座，出土文物千餘件。11月，在“金盾”居民小區建設工地，對東大井漢墓群進行考古發掘，發掘墓葬等100餘座。
2003年，恢複獨樂寺乾隆行宮回廊。維修獨樂寺附屬建築13間，新建西院回廊三間。四合院更名“報恩院”，重塑佛像8尊，其中正殿5尊，東配殿3尊。
2004年1月22—27日，恢複“獨樂寺廟會”。12月17日，在全國景區質量等級評定中，獨樂寺獲國家“4A”級景區稱號。
2005年2月8—15日，[BF]舉辦第二屆獨樂寺廟會。10月，安排人員參加市文物處舉辦的“文物保護單位記錄檔案備案工作培訓班”，隨後，對獨樂寺檔案進行規範化整理。
2006年1月27—2月4日，舉辦第三屆獨樂寺廟會。決定以後每年農曆臘月二十八至正月初七舉辦獨樂寺廟會。5月25日，國務院公布千像寺造像為第六批全國重點文物保護單位。7月7日，薊縣文廟維修工程開工。“薊縣文廟修繕設計方案”由天津大學建築設計院設計完成。10月，聘請清東陵龍門古建公司承擔薊縣文廟修繕工程。11月，對文廟破損的贔屭碑座進行修複。12月，將存放在薊縣文物保管所的“漁陽重修宣聖廟學記”碑運到文廟進行安裝。
2007年1月，文廟維修工程通過驗收。4月6日，竣工剪彩並正式對外開放。10月，第三次全國文物普查開始。同月，開始調查薊縣境內長城。年內，完成了對東大佛塔的發掘、對邦均石人造像等14處文物點為縣級文物保護單位的申報工作，完成了獨樂寺西大牆及東西配殿的維修。
2008年9月，恢複獨樂寺觀音閣前東西配殿內塑像、壁畫。11月，改造獨樂寺院內的安防監控係統。在禮明莊鄉金車莊附近發現古生物化石，在孫各莊發現古代錢幣窖藏，在桑梓鎮小安宅村出土古代武士鐵甲。
是年，獨樂寺被評為2008年奧運會定點采訪單位。
2009年6月，完成薊縣第三次全國文物普查野外調查工作。11月，薊縣文物保管所被文化部授予全國文化係統先進集體稱號。
2010年5月，初步完成薊縣第三次全國文物普查的文字整理、數據錄入工作。6月，薊縣文保所文物普查隊榮獲國家文物局授予的“第三次全國文物普查實地文物調查階段突出貢獻集體”榮譽稱號。
2011年，2月，對文物所在地各鄉鎮、委局和使用單位下發《關於進一步加強文物單位消防工作堅決遏製文物火災事故的緊急通知》。8月，完成薊縣第三次全國文物普查報告並通過了國家文物局專家組複核。完成第六批全國重點文物保護單位千像寺造像國保檔案（電子版）。
2012年，完成《隆福寺行宮調查報告》，整理出滿族文化相關的曆史文獻及資料。為紀念梁思成先生發現獨樂寺八十周年，薊縣文物保管所聯合天津大學建築學院籌劃並舉辦“獨樂寺發現八十周年紀念展”，“國慶”期間在獨樂寺展出。舉辦以“同樂薊州”為主題的第九屆獨樂寺廟會。配合薊縣電視台完成6集紀錄片《走近獨樂寺》的拍攝。