朝鮮自太宗起實行的崇儒斥佛、壓製佛教的宗教政策，其要點可大致概括如下：縮減宗派，削減寺院和僧侶數量；減少寺刹占有的土地和奴婢，將土地收歸國有，充作軍資，並將奴婢分給官司；取消王師、國師製，嚴格度牒，禁止陵寺製。1402年，太宗敕令，除特別指定的70個寺院外，全國諸寺田土租稅永屬軍資，而奴婢則分屬諸司。遭此打擊，僧侶的經濟地位一落千丈，佛教在各方麵均遭圍困，不斷衰萎。太宗五年（1405），議政府甚至上書，要求開城和漢城的各宗隻能保留一個寺院，各地牧和府隻留一個禪宗寺刹和一個教宗寺刹，當然如此極端的措施未得實行。《李朝實錄》載：“（太宗）六年（1406），因議政府之啟請，限製寺刹，定曹溪宗、總持宗各七十寺，天台疏字宗、法事宗各四十三寺，華嚴宗、道門宗各四十三寺，慈恩宗三十六寺，中道宗、神印宗各三十寺，南山宗、始興宗各十寺。”全國共留寺院242座，定額寺刹之外的寺院自然成為廢寺。太宗又將11個宗團縮減為7個宗派。在上述太宗六年三月議政府啟請書中，可以見到曹溪宗、總持宗、天台疏字宗、天台法事宗、華嚴宗、道門宗、慈恩宗、中道宗、神印宗、南山宗、始興宗等11宗的宗名；但是在翌年（太宗七年）十二月議政府啟請書中，隻提到曹溪宗、天台宗、華嚴宗、慈恩宗、中神宗、擒南宗、始興宗等7宗，其餘各宗已然消失。
繼太宗之後的世宗（1419—1450在位），沿襲太宗崇儒排佛政策，認為“佛氏之道，無益於禍福”。世宗元年（1419），有朝鮮僧侶赴中國，向明帝控告國內殘酷迫害佛教，要求救援。由於這一事件，世宗暫緩排佛政策，但是仍然廢除了作為恒儀每年例行的都城內經行。世宗六年（1425），又將曹溪宗、天台宗、擒南宗合並為禪宗一宗，將華嚴宗、慈恩宗、中神宗、始興宗合並成教宗一宗，從而使當時的佛教7宗改為禪宗和教宗兩個宗派，並限定其寺刹、田土和僧侶的數量。全國隻留寺36處，限定其中禪宗寺刹18所、教宗寺刹18所。同時，廢除了當時尚存的僧錄司，將漢城內的興天寺作為禪宗的都會所（總本寺），把興德寺作為教宗的都會所（總本山），請年長、德高的僧侶分別掌管兩宗的諸般事務。
如果說太宗、世宗時期是李朝排佛運動的第一個高潮的話，那麼，經過世祖的短暫興佛之後，李朝佛教又遭遇了自成宗至明宗將近一百年的第二個排佛高潮。世祖之後的睿宗製定的《經國大典》規定：“為僧者，三朔內，告禪宗或教宗，試誦經，報本曹啟聞，收丁錢（正布三十匹），給度牒。”對於那些“過三朔者，族親鄰近告官還俗。當差知而不告者，並罪”。此外，還規定不準新創寺社。成宗（1470—1494）執政期間將振興文教當做治國之要道，二年六月，下令禁止都城中念佛。由於成宗“嚴度僧之禁”，致使“中外寺刹皆空”。成宗六年（1475），下令撤毀城內外尼寺23所。成宗十九年前後，排佛運動已由經濟層麵深入到政治思想層麵。成宗二十四年，《經國大典續錄》，明確規定“勿許度僧，違者囚一族”。第十一代國王燕山君（1495—1505）對於排佛也不遺餘力。中宗（1506—1544）即位後，廢僧科。同王十一年，下令永罷忌辰齋，以便“深黜異教，俗漸歸正”。中宗時期的排佛，則更多地表現為儒佛之間的鬥爭。明宗（1546—1566）時，因王後崇佛，短暫恢複兩宗禪科。明宗二十一年（1566），禪、教兩宗和僧科終於被廢除，度僧法也被禁止了。這樣，僧侶的社會地位再次降低，並由於使役和賤待，其素質亦急劇下降。結果，佛教基本上遁入深山，成為所謂的“山僧佛教”。
山僧佛教時期，由於國家取締了佛教兩宗和僧科，僧侶可以修行和居住的地方隻有深山野外。國家政權主導和推動的排佛抑僧運動將僧團推入困境，而且因忌憚僧團勢力，朝廷極力打散和削弱各宗各派。僧家主流不得已轉入山中，山中的僧侶，不複有明確的法統，既非禪宗、教宗，也非淨土宗、戒律宗，又非顯教、密教，而是沒有宗團的山僧散眾。在寺刹建築方麵，沒有新的寺刹形式的發展和探索，隻是勉力維持了高麗時期山林佛寺的傳統，寺院的規模大減，而且因寺廟宗脈已斷，因此寺刹的布局配置與教義關係不大，其寺刹配置形態，基本是在高麗時期吸收的中國山林佛寺的基礎上，根據財力和地形的實際而形成。韓國學者根據現存寺刹狀況，以當代建築學的觀點對其分析，提出了所謂“山地中庭型”“無塔單一領域型”“多佛殿型”等諸多分類，聊為一說。
佛教對東亞諸國建築文化的發展，起到了關鍵的作用。中國建築文化圈的形成，在很大程度上依賴於佛教的傳播與發展。一則借助佛教之傳播，中國的文化、製度、技術等隨之導入朝鮮半島、日本等地，促成了這些國家封建王權的整頓和完善，此點對日本尤為重要，因與中國海洋相隔，在高句麗、百濟和新羅相繼建立起封建國家體製之時，倭國尚處在部落聯盟國家形態；而以佛教為載體的中國政治製度的傳入，方給其統治結構帶來革命性的變化，推動其成為律令製國家；二則以佛教為載體，中國建築文化的各方麵，包括建築思想、形式、技術大規模地輸入朝鮮半島和日本，促成了它們建築文化的一次又一次變化；三則佛教在朝鮮半島、日本等地生根、發展起來以後，千餘年間均為社會主導性的思想意識、建築活動之主要內容。為數眾多、規模巨大的寺刹建設集中了大量的人力和物力，促進了建築技術和藝術的進步，使得寺刹建築成為其建築文化的重要組成部分；今日東亞建築史研究之對象，佛教寺刹仍為主要部分。