沙俄政府在雅克薩失敗以後，並不甘心。就在尼布楚條約簽訂的第二年，又唆使準噶爾部（蒙古族的一支）的首領噶爾丹進攻漠北蒙古。
那時候，蒙古族分為漠南蒙古、漠北蒙古和漠西蒙古三個部分。除了漠南蒙古早已歸屬清朝外，其他兩部也都臣服了清朝。準噶爾是漠西蒙古的一支，本來在伊犁一帶過遊牧生活。自從噶爾丹統治準噶爾部以後，他野心勃勃，先兼並了漠西蒙古的其他部落，又向東進攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一陣失敗了，幾十萬的漠北蒙古人逃到漠南，請求清朝政府保護。康熙帝派使者到噶爾丹那裏，叫他把侵占的地方還給漠北蒙古。噶爾丹自以為有沙俄撐腰，十分驕橫，不但不肯退兵，還以追擊漠北蒙古為名，大舉進犯漠南。
康熙帝召集大臣宣布他決定親征噶爾丹。他認為噶爾丹氣勢洶洶，野心不小，既然打進來，非反擊不可。公元1690年，康熙帝分兵兩路：左路由撫遠大將軍福全率領，出古北口；右路由安北大將軍常寧率領，出喜峰口，康熙帝親自帶兵在後麵指揮。
右路清軍先接觸噶爾丹軍，打了敗仗。噶爾丹長驅直入，一直打到離開北京隻有七百裏的烏蘭布通（今內蒙古昭烏達盟克什麼騰旗）。噶爾丹得意揚揚，還派使者向清軍要求交出他們的仇人。
康熙帝命令福全反擊。噶爾丹把幾萬騎兵集中在大紅山下，後麵有樹林掩護，前麵又有河流阻擋。他把上萬隻駱駝，縛住四腳躺在地上，駝背上加上箱子，用濕氈毯裹住，擺成長長的一個駝城。叛軍就在那箱垛中間射箭放槍，阻止清軍進攻。
清軍用火炮火槍對準駝城的一段集中轟擊，炮聲隆隆，響得震天動地。駝城被打開了缺口。清軍的步兵騎兵一起衝殺過去，福全又派兵繞到山後夾擊，把叛軍殺得七零八落，紛紛丟了營寨逃走。
噶爾丹一看形勢不利，趕快派個喇嘛到清營求和。福全一麵停止追擊，一麵派人向康熙帝請示。康熙帝下令說：“快進軍追擊！別中了賊人的詭計。”果然，噶爾丹求和隻是緩兵之計，等清軍奉命追擊的時候，噶爾丹已經帶了殘兵逃到漠北去了。
噶爾丹回到漠北，表麵向清朝政府表示屈服，暗地裏重新招兵買馬。公元1694年，康熙帝約噶爾丹會見，訂立盟約。噶爾丹不但不來，還暗地派人到漠南煽動叛亂。他揚言他們已經向沙俄政府借到鳥槍兵六萬，將大舉進攻。內蒙古各部親王紛紛向康熙帝告發。
公元1696年，康熙帝第二次親征，分三路出擊：黑龍江將軍薩布素從東路進兵；大將軍讚揚古率陝西、甘肅的兵，從西路出兵，截擊噶爾丹的後路；康熙帝親自帶中路軍，從獨石口出發。三路大軍約定時期夾攻。