向西遷移的是回紇汗國潰敗後的主要部眾。
西遷的回紇人分成三支，一支遷往河西走廊，就此止步；一支西出陽關，到達高昌（今吐魯番）；另一支遷往中亞草原。
在河西的一支以甘州（今張掖）為中心，聚集力量、休養生息，逐漸強大起來，由寄人籬下的逃亡者，一躍而為河西地區的主宰者。到十一世紀初葉，河西回紇被西夏政權征服。十三世紀以後又經曆蒙元統治時期，在漫長的歲月裏，他們發展演變成為今天的裕固族。回紇人曾信奉過薩滿教、摩尼教、佛教，河西的這部分回紇人一直沒有改奉伊斯蘭教。
進入新疆的一支，在北庭（今吉木薩爾）擊敗吐蕃，進而攻占西州（即高昌，今吐魯番盆地），建立了高昌回鶻王國，先信奉摩尼教，後以佛教為國教。高昌王國以吐魯番為中心，控製著東起甘肅西部、西至龜茲、北越天山的大片土地。高昌回鶻王國的政權，一直延續到元朝中期，始終與中原王朝保持著友好關係。他們留下的回鶻佛教文化遺存，成為傳世瑰寶，震驚世人。
這裏要特別提到的是第三支回紇人，他們遷到了中亞草原。後來，塔裏木河流域的曆史由他們改變。曆史也注定了他們的命運，使他們榮登塔裏木河流域廣大地區主人的位置。
這部分回紇人起先主要在帕米爾高原（蔥嶺）以西活動，所以稱為蔥嶺西回紇，或蔥嶺西回鶻。
十至十二世紀，從漠北高原西遷的回鶻人在中亞反客為主，建立了強大的喀拉汗王朝。“喀拉”的突厥語意為“黑”，所以漢文文獻稱他們為黑汗王朝。
新生的黑汗王朝摧枯拉朽，所向無敵，在中亞消滅了薩曼尼王朝，攻占其都城布哈拉（今烏茲別克斯坦的布哈拉城），並將勢力擴展到阿姆河以南地區。在東部，喀拉汗王朝攻占了蔥嶺以東的疏勒（今喀什）、於闐。
喀拉汗王朝的統治中心，起先在巴拉沙袞（今哈薩克斯坦境內），後來遷至塔裏木河上遊著名古城喀什噶爾（即喀什）。
塔裏木河流域的吐蕃統治勢力，阻止過喀拉汗王朝東征的馬隊，結果以失敗而潰逃的自然是吐蕃。
喀拉汗王朝向往塔裏木河流域豐饒的綠洲，他們最初的勝利僅限於喀什、阿克蘇一帶，他們的目的是占據整個塔裏木盆地。但是在龜茲（庫車），喀拉汗王朝的軍隊與他們的同宗一一高昌回鶻王國相遇，遭到頑強的抵抗。高昌回鶻阻止了喀拉汗王朝北上的勢頭，庫車就成了這兩支原為回紇汗國勁旅、現為兩個王朝政權支柱的軍事分界線。
從此，喀拉汗王朝就開始了漫長而巨大的建立帝業、開拓疆土的計劃和行動。
喀拉汗王朝的可汗蘇圖克·布拉格汗是一個傳奇式人物，他秘密地信奉了伊斯蘭教。在一個深夜，帶領自己的數十名親信，殺死繼承他父親汗位的叔父，成功地奪回了汗位。
於是，在新疆全境推行伊斯蘭教、對新疆曆史產生劃時代影響的大事件，就由蘇圖克開始了。
“聖戰”大旗如颶風
唐朝無可挽回地消亡了。
新疆成了回鶻人的天下，但不是一統天下，而是三分天下。
除了位於吐魯番盆地的高昌回鶻王國，另外兩個王國都居於塔裏木河上遊，一個是於闐李氏王國，基本是由回鶻人統治；另一個就是以喀什噶爾為中心的由回鶻人建立的喀拉汗王朝，形成三足鼎立之勢。
蘇圖克因皈依伊斯蘭教，才在喀什噶爾成功地發動宮廷政變，所以他奪取了王位之後，就公開舉起了伊斯蘭“聖戰”的旗幟。首先在佛教盛行的疏勒（喀什）、莎車、阿圖什、阿克蘇等地推行伊斯蘭教，在喀什噶爾河、葉爾羌河、阿克蘇河這些塔裏木河的源流，到處飄揚起伊斯蘭新月旗。
蘇圖克執政以後，就揭開了在塔裏木河流域、天山南部進行延續數世紀之久的“聖戰”的序幕。他在伊斯蘭“聖戰”旗幟下奮鬥一生的功績，都與他第一個信仰伊斯蘭教、用伊斯蘭教取代佛教、把伊斯蘭教引入整個新疆並成為維吾爾等民族全民信仰的宗教，緊密地聯係在一起。因而在伊斯蘭教文獻中，留下了許多高度讚美和神化他的記載。
蘇圖克在他占據的地域內，用武力推行伊斯蘭教，毀壞佛教寺院和一切偶像崇拜的宗教設施，徹底消滅敢於抵抗的異教徒。
蘇圖克在位45年間，雖然發動了對篤信佛教的於闐國和高昌回鶻王國的伊斯蘭“聖戰”，但直至他於公元955年辭世時仍未取得勝利。據說蘇圖克汗王本人正是為了伊斯蘭“聖戰”，而死在征伐異教徒的戰爭中。
因此，蘇圖克在伊斯蘭教曆史中確定了他很重要的地位。事實上他的確是塔裏木河流域曆史轉折的弄潮兒，是把伊斯蘭教播撒全新疆的第一顆火種，是維吾爾的民族航船駛入伊斯蘭王國的舵手。當然，他也是將輝煌數世紀的佛教文化毀滅於戰火中的第一個發動者。