白山派黑山派爭鬥
白山派和黑山派是十七世紀形成的伊斯蘭教的兩大宗教政治派別。
兩大宗派長時期你來我往的殘酷爭鬥，給塔裏木河流域廣大綠洲，造成了一個世紀以上的血腥歲月。
這災難年代的到來，肇始於一個名叫阿帕克和卓的神職人員，他是天山南部伊斯蘭教中伊善派的首領之一。
正是他借助準噶爾貴族的軍事支持，於1680年推翻了葉爾羌汗國。從此，天山以南地區由教權取代了政權，開始了維吾爾曆史上政教合一的又一曆史階段。
白山派和黑山派的形成過程，實際上就是伊善派在塔裏木河流域地區由宗教勢力向政權勢力演化的過程。伊善派首領之一阿帕克和卓就變成了白山派的首領，由他建立的天山南部白山派政權，是一個典型的中世紀式政教合一的政權。
白山派和卓政權的建立，並沒有結束和卓爭奪統治權的鬥爭。後來黑山派的和卓，也效法阿帕克和卓，將天山以北的準噶爾兵引入塔裏木河流域，取代了白山派，建立了黑山派和卓政權。
“租卓”是波斯語，也譯作“和加”、“霍劄”、“火者”等等，原意為“主人”、“顯貴”、“富有者”，是穆斯林用來專指伊斯蘭教“聖裔”，也就是對穆罕默德後裔的稱呼。其實，在自己名字上加“和卓”的不一定都是“聖裔”，有許多伊斯蘭教上層人士和野心家，為了騙取穆斯林的尊敬，以達到出人頭地的目的，也都費盡心機編造“聖裔係譜”，以“和卓”來標榜自己。
阿帕克和卓就很難說與穆罕默德有什麼關係。他是烏孜別克族，祖籍撒馬爾罕（今烏茲別克斯坦），生於新疆哈密，出身於宗教世家，父親是白山派早期酋領。阿帕克和卓12歲時，跟隨流亡哈密的父親重返喀什噶爾。
葉爾羌汗國的曆代汗王，不是依靠這一部分和卓，就是依靠那一派的和卓，這些和卓把天山南部的塔裏木河流域變成了他們爭奪權力的角鬥場。白山派和黑山派在無休止的角逐中，互相進行血腥屠殺。雖然都是伊斯蘭教徒，但兩派之間卻視如仇敵，～直處於你死我活、勢不兩立的境地。
在葉爾羌汗國後期，阿帕克和卓父子煽動拉失德後裔尤勒巴斯發動政變，奪取了汗位，阿帕和卓父子從而把持了汗國政權。他們對黑山派進行了瘋狂的報複，不願歸服者遭到殘酷殺戮。後來黑山派組織暴動，又將尤勒巴斯和阿帕克和卓的父親殺死。阿帕和卓失敗後逃亡國外。
阿帕克和卓最終勾結蒙古勢力，建立了塔裏木河流域曆史上最黑暗的政權。
對宗教政權統治下人民的苦難，《伊米德史》作了如下記載：“和卓們有時草草禮拜幾次，有時酗酒作樂。，他們飽食終日，無所用心。和卓們不過問庶民疾苦，佞臣們像狐狸一樣包圍著和卓們，像狼一樣魚肉著百姓。他們掠奪庶民的生命財富，摧殘人們的心靈精神。這些暴虐的偽君子在和卓們麵前受到寵愛，祖輩以傳播伊善派為職業的和卓們，聽不到人民痛苦的呻吟。賦稅沉重，民不聊生，境況甚至到了這樣的地步，百姓不敢住在自己的家裏，他們都逃到戈壁上去了。夜裏回來做些吃的，然後將鍋碗瓢盆埋藏起來，天亮之前又逃往戈壁沙漠中去。”
他們把大量的土地變成“瓦哈甫”土地（即伊斯蘭教寺院占有的土地），這樣的土地上實行農奴製的剝削。遍布塔裏木河流域各綠洲的宗教寺院土地，成為維吾爾地區農奴製的主要標誌。大量的農民被驅使來為那些寄生蟲們耕種，這些農民就淪為農奴。例如阿克蘇“瓦哈甫”土地的一個占有者拜塔，他從庫車帶了500個民夫，讓他們背井離鄉來到阿克蘇的地方。那裏是一個高崗，崖下是一片荒灘。他讓人們截住阿克蘇河的水，兩山之間立刻蓄滿了水，然後留出一個缺口，河水便飛瀉而下。接著在這裏修築了三個城堡，讓民夫們運來木材建築了房屋。後來又遷來一批民夫，使他們占有的“瓦哈甫”土地和農奴不斷擴大。
至於在喀什，阿帕克和卓家族占據的“瓦哈甫”農田，更是遍及東北部喀什噶爾河流域的所有肥沃土地。
阿帕克和卓掌握政權後，立刻廢除了葉爾羌汗國的一切政治經濟製度，徹底實行宗教封建主統治。由他任命的宗教法庭和法官，肆意對百姓濫施酷刑和監禁。對黑山派穆斯林，則強迫改宗和血腥屠殺，他一次就親自設計誘殺了黑山派的一個頭目和數百名信徒。他對本派白山派信徒實行愚民政策，以所謂“聖裔”
身份和顯示“奇術”（巫術）的手段欺騙愚弄群眾，要人們像神一樣崇拜他，絕對馴服和聽命於他的統治和驅使。據說他利用這種手段，使他的盲目崇拜者一時競達十萬之眾。