另一個大臣說：“可汗秦的大軍一到，張格爾勢必棄城遁逃。可汗秦自然要向我們追究。那時，我們將進退兩難。與其這樣，不如現在就派兵前往喀什噶爾。如果喀什噶爾城破，我們可以得之。如果城不破，我們也能以興師問罪之名予以推脫。”
於是，“三千名士兵被派往喀什噶爾城下。”
《伊米德史》的這段記載，很難查證是否屬實，但是浩罕汗國確實越過邊境，參與了張格爾的軍事行動。
“當時，喀什噶爾有漢、回兩個城池。漢城在回城中。為了相讓起見，第二天，張格爾將自己的軍隊退出了包圍圈。把一切全讓給了伊列汗。”
伊列汗的如意算盤打得好，卻不料上了張格爾的圈套。
張格爾把戰場全部讓給了伊列汗。如同《伊米德史》描述的那樣：“伊列汗的軍隊投入了廝殺。他們在漢城城牆下埋下了火藥。時機一到，火藥爆炸，一時天昏地暗，日月無光，城牆被拋人空中。伊列汗的軍隊乘硝煙彌漫，敵人神智尚未清醒之際，潮水般地向城中湧去。異教徒進行了驚人的抵抗，炮火發出了震耳欲聾的轟鳴聲。雙方軍隊廝殺在一起，號角長鳴，殺聲震天。穆斯林被四次趕下城牆。第四天，因為屍體和傷員堵住了通往城牆的去路，穆斯林已無法接近城邊。伊列汗看到自己的軍隊慘敗如此，捶胸頓足，嚎啕大哭。”
張格爾不怕擔當出賣盟友的罪名，是因這時他又有了新的支持者。他的身邊開始有了英國顧問，在他的軍隊中也有些英國人充當教官，幫助他訓練隊伍，教授使用火器的技術。
張格爾有了新盟友，更是有恃無恐，公然火並伊列汗的部隊，擴充自己的軍事實力。
1826年9月，喀什噶爾城被張格爾攻克。喀什噶爾參讚大臣慶祥自殺身亡。張格爾舉行隆重的入城儀式，宣布自己為“賽義德·張格爾·蘇丹”，這個稱號的意思是“聖裔世界之王”。
接著，英吉沙、葉爾羌、和田等地相繼失陷。張格爾占領的地區，包括了喀什噶爾河流域、葉爾羌河流域、玉龍喀什河——和田河流域，以及克裏亞河流域的廣大地區。
天山以南的大勢已去，清朝政府再不能坐視不管了。
由於那些平庸愚昧，缺才少德的清朝官員的失職而失去了新疆半壁河山，現在又要清朝政府損失大量兵力財力來挽回。治政不利、治軍不嚴的苦果，由清朝政府自食。
1826年8月，清廷任命伊犁將軍長齡為揚威將軍，行使總．指揮權。任命陝甘總督楊遇春、山東巡撫武隆阿為參讚軍務。組成了高規格、強有力的前線指揮機構。同年10月，從黑龍江、吉林、四川等地調來軍隊近四萬人，並從伊犁等地調撥馬二萬、牛駝數千，還從河西走廊及伊犁等地調運采辦軍糧，全部齊集於阿克蘇河一帶，很快完成了軍隊、物資調運和軍事作戰部署。
年底前在阿克蘇河之南的柯坪打響了平叛的第一戰役，叛軍後撤至巴爾楚克（今巴楚縣）一帶。因嚴冬季節不便行動，雙方就在這一緩衝地區對峙著。
嚴冬過去，長齡率清軍主力二萬二千人，首戰巴爾楚克告捷。巴爾楚克是一個戰略要地，喀什噶爾河流經它的西部，葉爾羌河則從它的東部流過。清軍在這裏建立了後勤基地，一是因為這裏水草充足，二是可以預防叛軍沿葉爾羌河北上威脅清軍大本營阿克蘇。
清軍沿喀什噶爾河突擊，擊退張格爾布陣的五萬守兵。在離喀什城五十裏的地方沙布都爾，遭到叛軍十萬人的抵抗。清軍一鼓作氣，橫掃千軍，越戰越勇，且戰且勝，沿渾河下遊直搗喀什噶爾。是夜狂風大作，飛沙蔽天，清軍先在城下佯攻，集中炮火轟擊敵陣。清軍主力則強渡渾河，突入叛軍陣地。在內外夾攻下叛軍士崩瓦解，清軍在拂曉時分一舉攻克喀什噶爾城。
喀什噶爾戰役之後，清軍分兵進剿各地叛軍，英吉沙不攻自破，葉爾羌城百姓配合清軍活捉叛軍頭目，開城接應清軍。隨即，和田城宣告克複，黑山派信徒協助清軍，將向克什米爾逃竄的叛軍全數殲滅。
西四城即喀什噶爾、英吉沙、葉爾羌、和田等也被清軍全部收複。
揚威將軍長齡的英明之處，就在於從實際出發，否定了朝廷最初發出兵分兩路各取喀什和葉爾羌的指示，而是相機集中全力先取喀什噶爾，然後對葉爾羌、英吉沙、和田各個擊破，從而取得了決定性勝利。
為了除惡務盡，長齡將軍對張格爾殘餘不是緊迫不舍，而是設計巧取。時值陰曆年關前夕，清軍派歸附者進入帕米爾深山，對張格爾報告說：“官兵全撤，喀什城空虛，穆斯林翹首以望和卓。”走投無路的張格爾信以為真，於陰曆年關率步騎五百經開齊山入卡，潛行至阿圖什，企圖乘清軍過年不備突襲喀什噶爾。