他對學生的要求很嚴格。那時，清華有一套“體力測驗及格標準”，如爬繩15曲尺、100碼13秒，跳遠14英尺、遊泳20碼等等，有一項不及格便不能畢業。他嚴格照章辦事。著名的文學教授吳宓在校讀書時，功課全是優等，但跳遠不及格，被馬約翰“扣留”，半年後補試及格方準予出國。新生一入學，馬約翰就有一個總的安排，定出計劃，什麼時候練什麼項目，什麼時候檢查身體，成績差的如何跟上去，成績好的如何提高，都有通盤考慮。馬約翰的普及工作做得很徹底，1952年，學校中有一批結核病患者，集中住在一幢宿舍內，以不動或少動為主，有的是絕對臥床。長期的病房生活使他們精神很苦惱，有的人意誌消沉。馬約翰了解到這個情況後，主動找校醫院大夫聯係，對病人施行“體育療法”。他到病房對大家說：“肺不是紙做的，動一動撕不破的！”每天和大夫一起來病房，根據不同病情組織不同的活動，逐漸加大活動量，後來有的人可以打羽毛球和排球了。經過一段體療，加上藥物配合、加強營養，絕大多數病人都有好轉，有的痊愈後恢複了工作或學習3。特別是在精神上，使病員們都建立了康複的信心。
馬約翰以自己的辛勤勞動和工作熱忱，普及體育，為祖國輸送了一批又一批體魄健全的人才。他常引以為驕傲的是許多學有成就的校友在校讀書時都是體育愛好者，如前北京大學校長周培源在校讀書時是三個中距離賽跳項目的全校冠軍。
在教學上，國立清華大學以培養“為國家社會服務之健全品格”作為教育目標，在教育思想上受“自由教育”（“通才教育”）影響頗深，學製四年，實行學分製。改辦大學之後，學校繼承了清華學校時期治學嚴格的教學作風。清華大學的教師多是嚴師、良師，教學嚴謹，對學生嚴格要求。許多重頭課，特別是基本課程，要求很高。例如“靜動力學”，被學生稱之為“天下第一關”。除了課堂教學之外，對學生的作業、實驗、實習、繪圖等基本訓練，都有嚴格的要求。考試很多，考題很難，嚴禁作弊。淘汰率很高，理學院、工學院沉重的淘汰率，一般都在50%以上，最低也在30%以上。在學生中養成了用功勤學的作風，在四年大學期間受到了良好的教育和嚴格的訓練，一生受益無窮。
從清華誕生到新中國成立前，雖經艱難、曲折和戰亂，但由於清華師生深諳教育的基本規律，又負報國之誌，更兼振興民族文化的責任心和使命感，教者嚴於治學，學者勤奮讀書，教學相長，確立了清華大學在國內作為名校的地位。名校、名師，也造就了一批成名的學子，成為國家的棟梁之材。從1928年國立清華大學正式建立，到1948年清華園新生，共培養大學本科畢業生2549人，並選派了一批留美公費生，為國家、為民族培養了大批優秀人才，其中不乏佼佼者。