畢方濟之所以這麼重視這兩千部西書的下落，根本在於他是一向主張走上層路線傳教，也是“學術傳教”路線，通過傳播學術的手段來發展信眾。
畢方濟本來就是走上層路線的大高手，若幹年後他不但獲得了南明隆武帝的極大信任，中國天主教在這一路線的指引上甚至通過瞿安德神父有了一個在中國天主教曆史絕無僅有的成功典範。
趁著永曆帝在外地的機會，瞿安德神父成功對整個永曆帝的整個宮廷進行了洗禮，從兩宮太後到皇後甚至太監都受洗成了天主教的信徒，永曆帝事後也不得對這個事實予以默認。
幾個月之後，瞿安德又對皇太子進行洗禮，讓天主教覺得自己可以借中興之功而在中國生根茁壯發展壯大,甚至培植出第一位信奉天主教的中國皇帝，。
正因為畢方濟是上層路線的大高手，因此畢方濟也對兩千部西書被盜造成的威脅特別敏感。
徐光啟、孫元化等許多縉紳都是這種“學術傳教”路線所獲得的豐碩果實，而一名縉紳入教往往就代表著整個家族甚至幾個縉紳家族成為天主教的忠實信徒，而“學術傳教”之所以能取得成果在於東西方科學技術上的極大落差，不管是人文科學、自然科學還是軍事科學，歐洲都領先中國幾百年。
天主教雖然在歐洲處於被動局麵，但是在中國卻是以文明與知識的領路人而自居。
而七千部西書來華，可以說是“學術傳教”路線的頂點，金尼閣是費盡了九牛二虎之力用盡了全部熱情在歐洲奔波逾年才辦成了這麼一件大事。
雖然由於南京教案的影響導致七千部西書入華以後並沒有發揮足夠的影響，但是所有在中國的西方傳教士不管是不是學術傳教路線的支持者，都認為這七千部西書與其包含的西方知識是中國天主教團的最大財富。
但是這兩千部西書的遺失卻可以說是打斷了中國天主教團的幻想，讓他們清楚得認識到現在不僅僅是他們意識到西方科學技術的真正價值，天主教的敵人同樣企圖想走學術傳教的路線。
不然天主教的敵人根本不會關注這些他們可能根本看不懂的書籍，藏在上海的兩千部西書都是拉丁文、意大利文與法文，整個中國能看懂並翻譯這些書籍的明人很可能不超過一百位，對於絕大多數中國甚至是中國的官僚們來看，這兩千西書根本毫無任何價值。
可是王真潔既然放棄那些價值更高的金銀珠寶，而是直接從徐光啟家中劫走這兩千部西書，就代表她手上不僅僅認識到這兩千部西書的真正價值，而且手上也有一批能夠翻譯解讀並開發利用這兩千部西書的精英人才。
她與她背後的教團跟那些對天主教一知了解等於盲人摸象的邪教徒不同，對天主教即使不是了若指掌也是知之甚深，他們本來就是中國的本土教門最接地氣，若是走學術傳教的上層路線就等於打斷了天主教的脊柱。
而孫元化則是回答道：“多半是與海北鎮有關，除了海北鎮，誰會對這兩千部西書有這麼大的興趣？而且這兩千部西書運到上海本來就是作為與海北鎮談判的籌碼。”
大多數中國士大夫和官僚並不知道這七千西書是什麼，也不願意深入了解這七千部西書的真正價值，即使有個別士大夫知道這七千部西書，也以為是奇淫巧技不上大雅之堂，當今中華之世，真正十分看重這七千部西書的大人物隻有海北鎮的柳鵬柳總兵。
但是這位柳總兵可不是天主教眼中最合適的合作對象，雖然他在自己的土地不斷引進西方技術，並有多位歐洲顧問替他效力，可是柳鵬對天主教了解很深而且有著很深的警惕心，因此他提出的合作條件也讓天主教覺得左右為難。
雙方雖然都有合作的誠意，但是談判一直進行不順利，而且伴隨海北軍發展的蒸蒸日上，海北軍提出的合作條件也變得越發苛刻起來。
但不管海北鎮提出怎麼樣的苛刻條件，畢方濟都認為柳鵬是天主教在中國最合適的合作對象，即使柳鵬堅持自己後宮如雲，絕對不會加入主張一夫一妻的天主教，但是畢方濟仍然對柳鵬寄以厚望。
正是因為在畢方濟的堅持之下，中國天主教團才會從澳門轉移兩千部西書到上海，沒想到這批西書抵達上海沒有多久就被王真潔劫奪而去。
而孫元化所說的這一切卻是畢方濟最擔心的現實，這位叫作王真潔的魔女可能用這批西書作為籌碼跟柳鵬達成進一步合作，因此他隻能下了決心：“我會請丁宮丁專員幫我打聽這批西書的去向，他雖然不是天主教徒，但卻是我們的老朋友！”