但李善長也不知進退，辭退了仍在老家興風作浪。胡惟庸案大發時，由於胡惟庸乃是他極力推薦，但老朱那時並沒殺他。
但他仍不知收斂，自以為大功，老朱不會殺他。居然以七十七歲高齡，向湯和借兵五百，為其擴建宅院。這就更加嚴重的觸犯了老朱的大忌，曾經的文官之首，居然和武將元勳勾結起來了。老朱沒當時殺他就不錯了，但已有強烈的殺機，在等一個機會。
很快機會就來了，此時有人告發李善長的弟弟李存義曾與胡惟庸準備謀反。如果放在胡惟庸案發當初，老朱肯定不理會，但如今殺心早起，說不定這個告密的人就是老朱安排的。
李存義被抓之後，很快招出，李善長曾與胡惟庸密謀，說自己現在老了，等自己死後允許胡惟庸謀奪大明。也有的說胡惟庸當時允諾，事後封李善長為淮陰王，李善長頗為意動。又說胡惟庸通蒙古，李善長知而不告。
說白了借口老朱隻需一個就行了，隨即下令，李善長滿門七十多口全部被抓。朱標得知後，立即前往乾清宮和老朱理論。
兩人言論不和早已，這不過是個大的借口。可能是朱標口氣過衝，老朱大怒，竟拿起瓷瓶砸向朱標，幸虧朱標閃的快。隨後，老朱竟拿起劍，要追著刺向朱標。
幸虧朱標早有防備，把那副當年馬皇後，背著朱元璋逃跑的畫露出來。朱元璋撿起來，看了後，赫然心神為之一震。又想起了當年攻打陳友諒自己兵敗，被追殺，是這個女子以柔弱之軀，背著自己逃跑的場景。
朱標也得以逃脫，回來後心神未定，才有老夫子前來。朱允炆也挺佩服朱標的，能把馬皇後那件事做成畫，關鍵時刻拿出來用。
敘述完後，朱標問道：“允炆啊，你已十三歲了，讀書也這麼多年了，說說你對這件事的看法。”
原來是考我啊，朱允炆笑著道：“其實，父王不必為此事多過擔憂。”
朱標疑惑道：“為何？”
朱允炆問道：“那你為何要擔憂啊？”
朱標大聲道：“李善長乃開國元勳，百官之首，威望極高。殺了他朝政動蕩，再說他年紀如此之大再大的罪過也不該死。”
朱允炆繼續道：“父王可知，從洪武十三年開始，皇爺爺為何要如此興師動眾的誅殺功臣？因為在皇爺爺的眼中，父王太過於懦弱。他怕他百年之後，你鬥不過這些權臣。所以他要幫你把這些棘杖上的刺，全部清除，他才放心。”言下之意就是，這可都是為了你，你丫的別不識好人心。
朱標和劉黃兩人都目瞪口呆，朱允炆也顧不得放肆了。接著道：“再說胡惟庸此人，擅權結黨，當政期間害了多少人，死有餘辜。李善長以功賣功，肆意妄為，年老尚不知進退。殺之也沒什麼。”
朱標無比驚奇的看著自己的兒子，放佛不認識他一樣，口吐不清的道：“你說什麼，你說李善長該死，你可知道他已七十七歲，他滿門老小七十餘口，難道都應該死？。”說到最後時，幾乎是吼出來的。
朱允炆也大聲道：“是不該死，那又怎麼樣。父王你忘記了你的身份，你是太子，但也隻是太子。雖然說與皇位隻有一步之遙，但也有可能永遠都登不上去。你一天沒有坐上那個位子，大明當家作主的就永遠是皇爺爺。”
朱標驚奇的看著兒子，臉色慘敗。朱允炆接著道：“父王也是熟讀史書之人，也應該知道漢武之太子劉據，唐玄宗之太子李瑛和太子李亨。漢武帝和唐玄宗可算得上是千古一帝了，可死在他們手上的功臣還少嗎。並不是每個皇帝都能與功臣和平相處，誅九族這種大刑，難道父皇你還覺得奇怪嗎？”