國不可一日無君，始皇帝下葬後，鹹陽宮中，宣讀始皇帝遺詔的是趙高，但此趙高非彼趙高，原來，趙高喪失全部修為，淪為一介凡人，當日始皇帝讓趙高撰寫詔書時，怎奈勾陳大帝偷偷藏身於一旁，盜入其身，原本的趙高一介凡人，如何與天庭大帝勾陳抗衡，一瞬間便魂飛魄散。之後，被勾陳附身的趙高擅改詔書，讓殘暴愚蠢的胡亥即位，聽到趙高宣讀的詔書，李斯雖有疑問，但見趙高使了一個眼色，以為趙高有什麼特殊的用意不便言明，出於對趙高的新任，李斯便不再言語，準備在朝會後等趙高的解釋。
如此，胡亥登基。朝會後李斯向趙高問個明白，豈料化身趙高的勾陳突然出手，殺死了李斯，之後再次假宣聖旨，派人賜死公子扶蘇，隨後勾陳指鹿為馬，清除異己，不斷壞去大秦氣運，始皇帝聚百家氣運也於事無補，遂，秦二世而亡。
正所謂大道之下必有一線生機。當日徐福未曾細觀，三千童男童女隻有兩千九百九十九，正如大道三千，遁去其一，自有一線生機。致使死後的始皇帝並未煙消雲散，其魂魄逗留人間，藏於封神榜中。
胡亥登基後號秦二世，迫於無奈降於始皇帝的百萬天兵，得知始皇帝已死，賊性不改，自認為沒有人能製衡他們了，立刻反叛，在貪狼星陳勝和破軍星吳廣的帶領下反攻大秦江山，意欲憑借大秦的國土自立為王，與天庭相立。
始皇帝在地宮中的靈魂看到這一幕，怒火中燒，一怒之下毀掉天庭眾神元神，百萬叛軍消亡大半，隻有陳勝吳廣等為數不多的肉身成神的叛軍活了下來，卻也因為元神被毀，修為大跌，終身難進。至此後，天庭痛失百萬天兵天將，一蹶不振，再無號令天下之日。
感知到叛軍還存在，始皇帝解開當年落於汕水的九鼎之一的徐鼎封印，連帶著天空中懸浮的八鼎，再次成為九鼎之寶，但是，由徐鼎當年鎮壓的鬼物魈經過九萬年的鎮壓同化早已融入徐鼎之中，受徐鼎控製被始皇帝派出。
魈天生人麵猿身，獨腳而奔，頭大如鬥，聲如嬰啼，夜喜犯人，盜人手足，被始皇帝派出斬殺貪狼破軍，很快，破軍吳廣被屬下發現在軍帳中，左手不知去向，首級滾落一旁，這個屬下很倒黴的背了黑鍋，入了那斬仙台，知道吳廣下場的貪狼陳勝害怕不已，連夜帶著馬夫逃亡而去，夜半，亦是被斬去頭顱，雙腿也不知所蹤，備受驚嚇的車夫惡向膽邊生，取陳勝首級獻給秦軍，後被斬首。
雖然消除了天庭百萬天兵的反叛，但是大秦還是沒有避免亡國的下場，氣運已空，偌大的鹹陽城上再沒有那雄赳赳氣昂昂的玄黑應龍守護，終於，劉邦入鹹陽，胡亥死亡的那一刻，大秦國運玄黑應龍支離破碎，大秦，亡……
依靠著天書封神榜視察三界的始皇帝心有不甘，看到大秦二世便亡，情真意悲，想當年自己豪言壯語說出：“朕是始皇，朕的兒子是二世皇帝，至此後三世、四世直至千世萬世，千秋萬世唯我大秦天下！”天庭雖元氣大傷，卻依然明麵上號令三界。心有不甘，始皇帝看著自己手中寶物，雄心不減，意圖東山再起。