行政體製是維持國家日常運作的根本，關係到社會各階層的利益。特別是士大夫階級，他們是國家權利的直接掌控者，安排怎樣的製度，其實也是在安排他們所能獲得的利益。秦國本土派同客卿派之爭再次展開，並且是決定勝負的一戰。
宰相王綰代表著廣大的本土階級，他倡導分封製，認為六國諸侯剛破，各地政權還不穩固，應該分封王子為諸侯，代替始皇帝鎮守邊疆。
本土派提倡分封製，當然有他們的政治考量。作為王朝中最根深蒂固的勢力，他們的家族有著共同的生存模式，依附於王公貴族，上下勾結，共保富貴。分封製的實行，可以讓他們的主子權傾一方，劃地為王，至少在封地上，本土派的特權將得到保障。
分封製對維護士大夫階級有很好的作用，但是客卿們除外。他們在朝中沒有根基，完全依附於始皇帝，分封諸侯的做法，勢必會削弱王權，客卿的利益也會跟著受損。王綰的話剛剛說完，就遭到客卿派的強烈抨擊，這次李斯是有備而來，已經為秦朝的行政結構做出宏偉的藍圖，他要將本土派徹底擊垮。
李斯向始皇帝進言：周朝分封了眾多的同姓諸侯，隨著子孫的繼承，相互之間的血緣關係逐漸疏遠，時常因為利益的關係而爭鬥。周天子把權利下放，結果卻無力平息爭端，致使國家滅亡。事實證明，周朝的封國建藩製度，與皇權是不能共存的。
李斯對統治者的心思了解很深，始皇帝最關心的就是皇朝的延續，既然分封製有很大的漏洞，當然應該不予采納。究竟什麼樣的體製既符合皇權，又對客卿派有益？
秦朝統一天下的過程中，不斷在占領區建立郡縣。這是戰爭時期的臨時地方政權，目的是維護當地秩序，給秦國大軍提供後勤保障。但是從穩定的角度去看，實施的成果很優秀，李斯建議對王子和功臣賜以重賞，而把郡縣製保留下來。這樣就可以很容易的對地方政權進行控製，而且天下百姓隻知道有皇帝，不會再侍奉諸侯為主。
李斯的進言再次搔到始皇帝的癢處，“使天下隻知有皇帝”，縱然明知是請君入甕，始皇帝還是無法抵抗誘惑：“天下共苦戰鬥不休，以有侯王。賴宗廟，天下初定，又複立國，是樹兵也，而求其寧息，豈不難哉。”天下人飽受戰爭之苦，全是因為諸侯的存在。如今好不容易平定天下，又重新分封諸侯，豈不是自己招惹戰禍？
廢除諸侯的建製，本土派失去了賴以生存的保護傘，而客卿階級將以他們的才幹和始皇帝的器重，左右秦朝日後的政局。李斯為首的客卿派，在始皇帝的關懷和領導下，製定了嚴密的中央行政管理製度。這個製度完全架構在一種前提之下，遵循皇權至上的原則。始皇帝就是法律的代言人，他不受法令的限製，可以隨時更改法律，這就是我們俗稱的金口玉言。
始皇帝把官僚機構分化為兩部分，中央行政組織和地方行政組織。
中央行政組織實行三公九卿製：
一，丞相，三公之一。丞相是朝廷的最高行政長官，主要的職責是幫助皇帝處理朝政，總領百官。他可以主持朝議、任免中低級官吏，是除皇帝外最大的實權人物。
二，禦史大夫，三公之一。由於丞相的權利太大，為了防止擅權，秦朝設立禦史大夫，負責監督丞相在內的百官。皇帝的詔令也是通過禦史大夫轉交丞相去執行，可見秦朝的官員之間是相互肘製的關係。
三，太卿，三公之一。太卿是國家的最高軍事長官，負責統領全國軍務。由於軍權的特殊性，太卿本身並沒有控製軍隊的權利，隻有在得到始皇帝的令符後，他才可以調動軍隊。除非在戰爭時期，始皇帝都不會將軍權下放，這也是保護皇權的一種措施。