劉裕憑借北伐收複洛陽和長安的威望，東晉朝廷給予宋公封號及九錫，為稱帝掃清最後的障礙，經過精心的部署東晉“禪讓”，正式稱帝，國號宋。東晉正式滅亡，宋國和北方的魏國並立，南北正對立式開始。
劉宋的開國君主劉裕作為寒門出身的皇帝，重新奪回了門閥手中奪的大權，君主專製集權重新確立。皇族為了鞏固勢力又提拔了寒門的恩幸集團，但複雜的局勢又讓恩幸集團變得不可靠，所以南朝變成了皇族與門閥大族和恩幸集團間政治權力鬥爭，再加上北朝的威脅，這造成了南朝政權更替頻繁。
劉裕借助北府兵建立新的政權，北府兵在劉宋初由東晉徐兗二州控製的方鎮武力變成由皇帝直接指揮的中央禁軍。南朝各代雖政權更迭頻繁，皇位繼承也往往伴隨激烈的軍事衝突，禁軍的構成及地域來源不斷變化，但禁軍一直是中央借以控製地方的主要武裝。禁軍將領幾乎全是各代創業者的扈從親信或皇帝信任的寒人武夫，他們通過軍功上升，以致出將入相，南朝時期的門閥士族因此喪失了他們在東晉時期專兵的特權。
以劉裕為代表的寒門庶族的文化素質普遍較低。高門大族雖然讓出了中樞大權，但是門閥士族製度與九品中正製度相結合的封建國家選官製度的基礎沒有發生根本動搖，政權中的絕大多數職位仍然掌握在士族手中，他們的社會地位和文化素養還是次等士族所無法企及的，他們的統治經驗還是必須要加以借鑒的。
劉裕即帝位後，規定隻能由皇子作刺史；又因揚州為都城建康所在，是立國基礎，也必須由宗室親近充當刺史。其他重要州鎮也多由皇室控製，高門士族人士隻能作州府屬下。南朝各代沿用這一慣例，並不斷削弱荊州等軍事重鎮的實權，又由中央直接委派典簽之類的州府小吏，挾皇威以監視州鎮。因此，東晉時期門閥士族控製州鎮，尤其是控製荊州以對抗建康的形勢為之改觀，門閥士族對皇位繼承不再由有發言權，隨著專製的到來，伴隨皇位更替而來的是宗室殘殺，沒有門閥的製約，集權專製的結果是南朝政局更加混亂。
典簽是為了避免西晉的諸位混戰的局麵，所以典簽權力很大，甚至諸王的生活、行動都要受典簽的控製。但也不足以解決朝廷與地方間的矛盾。雖然典簽是皇帝的親信，但他們也可以參與諸王地方集團對朝廷的反抗。
劉裕登基兩年就病死了，即位的長子劉義符被輔政的權臣傅亮等罷免，另立劉裕第三子荊州刺史宜都王劉義隆為帝，即宋文帝，改年號為元嘉。劉義隆有較強的政治能力，所以能夠平衡宗室、權臣、士族之間的關係，政局相對穩定。加上文帝發展生產、緩和社會矛盾的一係列措施，使百姓能致力農耕，元嘉時期成為東晉南朝社會經濟最為繁榮的時期。南朝大的政治格局就基本確定。
伴隨著劉宋宗室內鬥南朝更替就開始了。蕭道成禪宋建齊。蕭道成建齊所依靠的力量主要為青徐集團。蕭衍齊末在雍州起兵，與荊州蕭穎胄集團結成聯盟，取得滅齊之戰的勝利。南梁蕭衍借鑒宋齊內鬥的教訓厚待宗室，但是造成了南梁政治高度腐敗，引起了激烈的社會矛盾。自梁武帝開始，從寒門庶族中選拔人才，通過考試錄用人才成為常設製度，也就是說以考試錄取人才常態化了，這為以後隋唐時期科舉製度奠定了基礎。