宋江發布的第三道命令，就是將梁山人馬重新整合編製。
宋江為梁山軍大頭領。
吳用任軍師。
公孫勝、朱武任副軍師。
林衝任梁山軍各寨操訓總教頭。
蕭讓為文書頭領。
裴宣任執掌軍紀和賞罰頭領。
金大堅任印信製造頭領。
柴進、蔣敬、朱富、宋清、杜興、段景住任後勤頭領。
戴宗、朱貴、樂和、時遷、孫新、顧大嫂、張青、孫二娘任梁山四方探報頭領。
淩振任製造火器頭領。
湯隆任兵器製造頭領。
孟康任造船頭領。
侯健任衣甲製造頭領。
陶宗旺、李雲任城垣房屋建設頭領。
所有梁山人馬劃分為十四營，其中，步軍十一營，水軍三營。
步軍第一營主將由林衝兼任，孫立、曹正、杜遷、宋萬為副將。
步軍第二營主將呼延灼，韓滔、彭玘、鄧飛、楊林為副將。
步軍第三營主將花榮，朱仝、雷橫、穆弘、穆春、為副將。
步軍第四營主將秦明，黃信、歐鵬、馬麟、施恩為副將。
步軍第五營主將魯智深，樊瑞、項充、李兗、李立為副將。
步軍第六營主將徐寧，李應、李逵、李忠、周通、為副將。
步軍第七營主將武鬆，鄒淵、鄒潤、解珍、解寶為副將。
步軍第八營主將楊誌，燕順、鄭天壽、王矮虎、扈三娘為副將。
步軍第九營主將晁靈，劉唐、石秀、楊雄、白勝為副將。
步軍第十營主將史進，陳達、楊春、石勇、薛永為副將。
步軍第十一營（中軍護營）主將呂方，郭盛、孔明、孔亮、鬱保四為副將。
水軍第一營主將阮小二，阮小五、阮小七為副將。
水軍第二營主將李俊，童威、童猛為副將。
水軍第三營主將張橫，張順為副將。
宋江一上任便連發三道命令，顯然是籌謀已久。
然而，此道命令一宣布，又招來一陣非議，這回卻是宋江的親信率先發起的，矛頭針對晁靈。
王矮虎大聲嚷嚷不服。“讓晁靈做頭領我無話可說，但做一營的主將他沒資格！”
宋江先提拔晁靈做頭領，後推他做主將，一是對眾頭領表示他重視晁天王的後人，二來心中也存著籠絡的意思在裏麵。
那日金沙灘上晁靈假傳晁蓋的囑托，宋江信以為真了。他出身官場，對朝廷對仕途有著濃厚的依戀，到梁山落草，是因為江州黃文柄把他逼到了絕路，迫不得已而為之。長期以來，他心中一直醞釀著一個重大的計劃，那就是帶領梁山人馬接受朝廷的招安，重走仕途之路。為了實現心中的理想，他刻意在梁山上打造自己的形象，每逢有征伐之事他必挺身而出，果然，幾場戰事以後，他的聲望日益拔高，威信甚至超越了晁蓋。
晁蓋在曾頭市戰死，宋江心中確實難過，，一方麵他與晁蓋交情匪淺，另一方麵，是晁蓋把他挺到了梁山的高位，但晁蓋的死同時也讓他心裏輕鬆了許多。以晁蓋倔強的性格是絕不會讓梁山接受朝廷招安的，晁蓋死了，最大的障礙沒了，他的計劃就等於成功了一半。誰知人算不如天算，晁蓋死前居然有囑托帶回梁山，當梁山眾將在金沙灘上振臂高呼，發誓與朝廷不共戴天時，宋江的心裏立時一片灰暗，他真切感受到了計劃實施的艱難。
盡管如此，宋江卻沒有絲毫放棄的打算，他把目光放到了晁靈的身上，晁靈雖然年輕，但因為他是晁蓋的後人，在梁山上依然有著不可小覷的影響力，他決定施恩於晁靈，把晁靈綁到自己的戰車上，他自信地認為，隻要晁靈肯跟他走，他依然有把握順利實施自己的計劃。