義軍遊擊為主的作戰雖殺傷有限，但它巨大的牽製效果卻顯現出來。
接連發生的襲擊，後路不穩，讓日本侵台軍感到步履維艱，開始明白要想一下子占領全台並不是那麼容易的。
本來，日軍眼看推進不利，為加速占領全台，還準備調集兵力，在台灣南部如打狗（高雄，平埔族語‘takau’，意為竹林，與中文‘打狗’音相近，故高雄也被稱作打狗）、安平（今台南海邊，荷蘭入侵時築城，就是史上著名的赤嵌城，鄭成功驅逐荷蘭人後,改稱安平城，亦稱台灣城）或哪個港口來一次登陸，先搗台南，再南北夾擊。
但現在北部這麼亂，打亂了日軍的企圖。
接受教訓的樺山資紀決定改變“南征”計劃，暫緩南進，先完全控製台北新竹間的局勢後，再全力南侵。
樺山組織重新製定了一個掃蕩台北新竹間抗日力量的計劃。
整個作戰分兩期實施：第一期，清剿台北至大嵙崁和中壢的義軍；第二期，驅除和追擊大嵙崁至新竹間鐵路線右側的義軍，並向新竹以南進兵。
樺山一麵加緊派兵在台北新竹間進行掃蕩，一麵還加緊對台北人民施行殘暴的統治，以穩固占領區。這個不難理解和想象，對待中國人民，鬼子的方法五十年延續的始終是這一套。
樺山以所謂“欽命台灣總督”的名義公布了《台灣人民軍事犯處分令》，其第一條便規定了“八項死罪”，包括抵抗、破壞、投毒、幫助抗日軍、偵測日軍情況等，儼然將自己視為“正統”，賊喊捉賊地將台灣抗日軍民汙蔑為賊寇、反叛者。[ 據《日清戰爭實記》]
殘酷的鎮壓根本嚇不住以犧牲為榮的反抗者。怕死的人，也根本不會組織起來抗擊倭寇了。
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當時，台北新竹間的抗日義軍主要有三支，讓敵人屢遭痛擊。
第一支義軍，以胡嘉猷為首。
胡嘉猷(1839—1920年)，又名阿錦，號甫臣，新竹安平鎮人，原籍廣東梅縣。其父胡珠光從軍來台，留居新竹城。甲申年法軍侵台，胡珠光為清軍修槍械，以功授糧總官，所以胡嘉猷襲封父親官職，賞戴五品藍翎。台灣民主國成立後，胡嘉猷起而響應，組織義軍備戰。日軍占領新竹，胡嘉猷以安平鎮為根據地，所率義軍擅長的是利用居民房構築工事，屢屢襲擊日軍兵站補給線的就是他們。據日軍森田工兵少尉致東京友人書稱：“其隊伍之剽悍，與一聞炮聲即逃之清兵相比，實不可同日而語。他們在叢林中實行堅固的家屋防禦，經常襲擊我兵站線，奪我糧食，殺戮我兵。我先頭部隊有此後顧之憂，而不能向新竹以南進兵。”[ 《日清戰爭實記》]
日軍決定進攻安平鎮，但打了三次才得手，總算是勉強攻下。
第一次，敗回。
6月28日，淩晨4時，近衛第一聯隊第一大隊從中壢出發，向安平鎮前進，行進途中便多次遭到義軍襲擊。麵對敵人攻擊，義軍“以竹叢中的家屋為據點，頑強地抗禦”，日軍往往防不勝防，腹背受敵，攻擊毫無辦法，隱蔽也無處藏身，連傷員都沒有安全的地方進行救治，仗打得十分狼狽。大隊長三木一少佐見久攻不下，便施出縱火的慣伎，命令士兵“收集茅草，在竹林中放火，但不知何故，火總是燒不起來”。[ 《日清戰爭實記》]
從上午8時戰至10時半，三木技窮，下令撤退，抬著傷兵回到中壢。
第二次，再度敗回。
經過28日之戰，三木有了心得，發現義軍防禦的特點是“以家屋為陣地，周圍有土壘、堡壘或竹林環繞，加之四麵全是水田，敵軍隻從牆壁上的牆眼裏向外射擊，難攻易守。”所以，他增調了一個炮兵中隊和一個工兵中隊，於7月1日，又率隊卷土重來。
上午7時半，日軍炮兵中隊首先發炮轟擊。胡嘉猷就用舊式大炮還擊敵人，沉著應戰。戰至下午3時，義軍氣勢毫未減弱，而日本“炮兵已將炮彈全部打光，攻擊卻毫不奏效”。三木命工兵上去爆破屋牆，費盡力氣終於炸開了一個缺口。但是，義軍彈如雨注，難以近前，而且三木隻注意了他所謂的家屋，未料到義軍還會從日軍背後進行抄襲。打到5點，日軍丟下死者的屍體，“背負著輕傷的十一名傷員”，“用擔架抬著剩餘的八名重傷員”[ 《日清戰爭實記》]，撤回中壢。
第三次，終於攻進了安平鎮。
7月6日，日軍步炮聯合部隊重整旗鼓，再次強攻，然而竟發現，安平鎮空無一人。日軍迅速進入鎮子，取得了燒毀全部房屋的“輝煌戰果”。
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實際上胡嘉猷隻是因水井被炮轟塌，沒有水吃，“汲飲維艱，乃退龍潭陂”。然後又把這裏作為根據地，繼續“時而襲擊中壢，時而破壞沿途交通”，成為日軍的心腹之患。
然而不幸的是，敗類中敗類——漢奸，及時地向敵人報告了胡嘉猷的行蹤。於是，北白川能久立刻增派軍隊，由近衛步兵第二旅團長山根信成少將親自出馬，率步兵第三聯隊第一大隊、炮兵第四中隊及工兵中隊等人馬，組成一個混成支隊，於7月12日自台北出發，前往鎮壓。
對一部民間義軍來說，這種“待遇”也是夠高的了，按兵力對比看，肯定是高於對同等數量的正規清軍能享受到的。
山根混成支隊按日軍慣用的戰法分兩路進兵，山根旅團長率支隊主力沿鐵路線經中壢到龍潭陂，實施主要攻擊。