地球圈現在處於戰爭的時代。
人類分成二個派別開始互相鬥爭。
一個是住在地球上的“自然人（Natural）”，另一個就是住在宇宙的殖民地=PLANT的“調整者（ator）”。
相對於自然人是自然誕生的人類，調整者是在出生之前將優秀的遺傳基因組合，如字麵那樣進行了“調整”而誕生的人類。
相對於擁有優秀的遺傳基因、在各方麵淩駕於自然人的新人類，對於可以說站在父母的立場的舊人類來說，舊人類打算取得支配性的立場。那說不定是對優秀的人的恐怖心理。可是，對被支配的當事者來說，這除了意味“迫害”以外就沒有其他東西了。
——Co**ic Era(統一曆)70年。
雙方的對立成為了既定的事實。居住著調整者的PLANT的其中一個，“尤利烏斯7”被自然人破壞了。這就是世人稱為“血染情人節”的悲劇。
因為這個事件，很多調整者的生命散落在宇宙之中。
到了這裏，調整者的容忍達到了界限。他們將在很久以前為了保護自己的同胞而組織的軍隊“ZAFT”真正地起動。
ZAFT軍，立刻就開始行動。為了與作為父親的自然人們作戰，對作為母親的地球開始作出攻擊。
相應的，地球的各國超越利害關係，互相配合組織起地球連合軍。
開戰當初，從沒有人會想到以壓倒性的物質資源為傲的地球連合的勝利會被動搖。
可是，那個預測被辜負了。
ZAFT軍一直開發著推翻到那時為止的常識的人型機動兵器“Mobile Suit”。
富有通用性和機動力的Mobile Suit，以少數的軍力就壓倒了地球連合軍。
少數的優秀兵器和大軍互相碰撞。在以扭曲了的形式將軍力平衡下的戰爭中，雖然局部地區的戰鬥能終結，但是大局的終結已經無法看到了。
戰局陷入僵局，從開戰到現在11個月過去了。
即使在這個看不到盡頭、被拖長的戰爭中，人們也必須要活下去。“活下去”這件事對自然人和調整者是沒有差異的。
成為了日常的一部分的戰鬥，為特定的職業帶來了巨大的變革。
回收被破壞的機械循環再用的廢物商。
在戰爭的時代，破壞以超越生產的速度進行著，令以重新利用為業的他們的工作地重要度增加了。
同時，更直接地將“戰鬥”作為職業的人也出現了。
那就是雇傭兵。為了報酬而作戰的他們，工作並不涉及主義或主張。對他們來說，無論是自然人還是調整者都沒有關係（實際上，存在著大量由自然人和調整者混編的雇傭兵部隊）。重要的隻是報酬。因此，如果隻要承諾給予確實的報酬，無論是ZAFT軍還是地球連合軍都能雇傭。一同作戰的同伴，第二天將槍口相向這樣的事一點也不新奇。
這就是，在艱苦的戰爭歲月，堅強地活下去的人們的故事。