撚軍現在已經打散混入到了鄉村之中，李明峰會合了袁甲三和苗沛霖的大軍之後，在撚軍活動地帶進行了兩次大規模掃蕩。
最初張宗禹和龔得樹、侯仕維有些自不量力，把李明峰當成了李鴻章之流，三人也組織起了五萬大軍在淮安附近和清軍展開了大規模軍團戰。
李明峰隻調用了劉銘傳、宋慶兩鎮兵馬就將其打的落花流水，潰不成軍。張宗禹、龔得樹、侯仕維看到形勢不妙，連忙撤退。但是在撤退的過程中，又遭到了袁甲三、苗沛霖的追擊堵截，五萬大軍被打的七零八落，死傷至少兩萬人。
這一戰之後，撚子徹底放棄了正麵作戰，完全深入民間，展開遊擊戰。
戰役過後，所有城池都被撚子放棄，清軍可以直接進駐蘇北。從明麵上看，除了幾個賊首沒有被捕，撚子已經近乎於徹底覆滅了，於是朝廷又對參戰軍隊封賞了一番。李明峰以前所受封賞太高，這次隻得了一盤朝珠，以示恩榮。
當然，老李對這一盤價值幾百兩銀子的朝珠沒有任何好感，直接放到庫裏鎖了起來。
李明峰、袁甲三、苗沛霖看到撚子撤走，都趁機搶占地盤，山東南部，袞州、臨沂，和蘇北的宿遷、海州等大片土地為李明峰的常勝軍所占據。處於四省交界處的徐州地區被苗沛霖搶到，袁甲三所獲最小，僅搶到幾個縣城。
果然不出李明峰所料，撚子的遊擊戰效果極其明顯。雖然常勝軍和袁家軍、苗家軍暫時占據了城市，但是撚子在各地的不斷襲擾，讓清軍頭疼不已。
袁甲三、苗沛霖最初沒有意識到遊擊戰的厲害，和往常一樣管理新獲取的城池。但是隨著時間的推移，他們才驚覺撚子竟然還能給他們帶來巨大的損傷。
現在正是秋季，收割的季節，苗沛霖、袁甲三都在垂涎當地豐收的糧食，所以派出部隊到各個村子去收繳稅糧。但是村子何其多？撚子活動地區至少有數千所村莊，所以也要派出大量的收糧隊，每支收繳稅糧的軍隊多則百十人，少則數人。
這樣一來，就給了撚子偷襲的機會。每股撚子或者數百，或者上千，通過當地老百姓傳遞的情報，總能埋伏到正要去收繳稅糧的清軍，或者剛剛收繳完稅糧的清軍。
得到遇襲情報之後，袁甲三和苗沛霖總要派大軍前去支援，但是大軍抵達戰場之後，卻發現留下的隻有清軍的屍體，撚子早就逃的無影無蹤了。即便是在附近鄉村打聽，也沒有一點頭緒。
隻不到半個月時間，袁、苗兩軍就遇襲上百次，死亡數千人。
不單如此，有時候撚子還會聚集起大規模部隊，攻擊兵力較少的縣城。攻陷之後，隻是搶掠屠殺一番，然後就揚長而去，絕不和清軍主力對抗。這樣一來，袁甲三和苗沛霖都被打的焦頭爛額，損失也是極大。
袁、苗二人甚至想要讓出城池，不和撚子再這麼糾纏下去。
幸虧李明峰早就料到了這種作戰方式的威力，占領各大城池之後，老李嚴令常勝軍士兵出城必須至少百人同行，而且免除當地百姓當年的稅糧，這樣就讓常勝軍避免了陷入人民戰爭的泥潭。
別人不去管，老李單單在自己的轄地開始了籌劃已久的清鄉運動。
李明峰先任命常勝軍的中層將領擔任臨沂知府、海州（今江蘇連雲港）知州、袞州（今山東菏澤、棗莊）知州等職，州府下麵的縣令也全部是常勝軍將領擔任，然後又設立清鄉保甲製度。
以戶為單位，每戶人家設一戶長；十戶為甲，設一甲長；十甲為保，設一保長。各保就該管區域內原有鄉鎮界址編定，或並合數鄉鎮為一保，但不得分割本鄉鎮一部編入他鄉鎮之保。
大鄉鎮假如有好幾個保，則設保長聯合辦公處，由保長互推一人為主任。戶長基本由家長充任，保甲長名義上由保甲內各戶長、甲長公推，但縣令查明不能“勝任”，或認為有更換必要時，可以命令原公推人另行改推。
戶長須一律簽名加盟於保甲規約，並聯合甲內戶長共具聯保連坐切結，聲明如有“為撚、通撚、縱撚”情事，聯保各戶，實行連坐。甲長受保長指揮監督，負責維持保甲內安寧秩序。聯保主任受縣令指揮監督，負維持各保安寧秩序總責，但各保應辦事務仍由各該保長負責。
其實保長、甲長的工作很簡單，就是檢查所轄之地是否有撚子罷了。一旦發現，必須立刻上報，否則十戶人家實行連坐，全部受刑，輕則蹲大牢、發配，重則掉腦袋。