劉銘傳帶領騎兵向西一路狂追，奔襲兩千裏，殺入浩罕國境內，將阿古柏之子胡裏伯克誅殺。李明峰讓韋誌俊帶領一萬步兵跟著劉銘傳殺入浩罕，等到誅殺了胡裏伯克之後，劉銘傳、韋誌俊又在浩罕國境內耀武揚威一番，給當地的領主以震懾，然後才返回新疆。
在兩人遠征的過程中，李明峰又讓哈密回王伯錫爾給葉爾羌（今新疆莎車）、和闐（今新疆和田）、烏什、庫車、喀喇沙爾（今新疆焉耆）五座城池的回王領主寫信，要求其迅速放下武器，歸順朝廷。
南疆有八大城池，現在喀什噶爾和英吉沙、阿克蘇都在常勝軍掌握之中，剩下的這五座城池則還處在叛軍手中。此時李明峰風頭正盛，對這些反叛之人也比較苛刻，老李命令這五大城主立刻無條件的到喀什噶爾來投降，否則就發動進攻，全都格殺。
一手軟一手硬，一邊讓伯錫爾寫信勸降，李明峰一邊又派蔡宜群、李秀成、宋慶等人帶兵到這幾座城池附近駐紮，對他們進行軍事威脅。
這些人看到阿古柏已經敗亡，知道抵抗隻有死路一條，紛紛自縛到喀什噶爾請降。他們認為朝廷還得依靠他們來統治新疆，所以這次雖然會受一定懲罰，但是小命還是能保住的，所以才如此大膽的到喀什噶爾求降。
不過，事情的發展卻出乎了他們的預料，這些回王到喀什噶爾之後，立刻就被李明峰關押了起來。他們的城池領地也被常勝軍給控製了起來，一時間，整個新疆都被平定了。
南疆的回王基本都沒有得到朝廷的冊封，隻是得到朝廷的默認罷了。他們的產生也比較複雜。有的是大財主，然後招兵買馬，最終靠自己的實力成了一方領主。有的是伊斯蘭教的阿訇，在當地德高望重，被當地百姓推舉為領主。
南疆分離主義鬧的很嚴重，幾百年來都是這樣，甚至可以說，這都成了當地的風俗了。這些領主基本也無視朝廷的存在。朝廷掌握新疆的時候，他們礙於大清的軍事威懾，明裏是表示恭順的，但是背地裏，他們也在積極的謀求南疆的獨立。
這幫維吾爾人倒還有幾分忠心，兩百年前，維吾爾人的統治者就是瑪罕木特。瑪罕木特是伊斯蘭教白山派的最高領袖，是個和卓。和卓是阿拉伯語譯音，又翻譯為為“火者”、“霍加”，也就是聖裔的意思。
瑪罕木特在位的時候，維吾爾人是蒙古人的奴隸，被準格爾汗國所奴役。後來清朝出兵討伐葛爾丹，解救了維吾爾人。康熙皇帝最初也準備以仁義治理新疆，想在新疆培養一個類似於哈密回王家族這樣的忠於朝廷的當地貴族，然後進行委任統治。
瑪罕木特作為維吾爾人的最高領袖，就理所當然的成了康熙重點培養的對象。瑪罕木特的兩個兒子，波羅尼都和霍集占也被朝廷重點培養。
但是當朝廷消滅葛爾丹，主力撤出新疆之後，和卓家族就開始不老實了。瑪罕木特去世之後，新疆大權落入波羅尼都和霍集占的手中，兩兄弟趁著朝廷在新疆兵力稀少的時候，發動叛亂，建立汗國，自稱大汗。
這時候已經是乾隆年間了，乾隆帝聽聞新疆叛亂之後，立刻發兵征討新疆，經過數年大戰，徹底撲滅了叛亂，史稱“大小和卓叛亂”。
這其中的小和卓，就是霍集占，李明峰原本對此人倒還有幾分好印象，都是受了金庸的毒害。在金庸的《書劍恩仇錄》之中，老金替霍集占說盡了好話，將其寫成為了民族獨立而抵抗侵略的英雄。《書劍》中的兩個重要女角，霍青桐和香香公主，就是霍集占的女兒。
但是現在，李明峰是恨這些分離主義分子入骨。這麼多年來，他們屢次叛亂也沒有成功，不但給朝廷帶來了損失，也讓新疆連年征戰，不得消停。
大小和卓之亂數十年之後，朝廷對新疆的控製力度又減弱了，這個時候，逃入浩罕的大和卓波羅尼都的孫子張格爾再度返回喀什噶爾，在南疆興兵造反。張格爾雖然隻身一人，但是他到喀什噶爾振臂一呼，南疆百萬維族百姓都歸附其旗下，這樣一來，又讓朝廷耗費了好幾年的時間來征討。這個事件被稱為“張格爾之亂”。