那個故事很簡單，卻也很浪漫，至少曾經我們哭的很難過，哪怕是現在也是依舊如此。也許我們仰望著同一片天空卻看著不同的地方，然而或許我們的心總有一天會在一起吧，隻是我不知道要用什麼樣的速度才能與你相遇，就如同櫻花落下的速度一樣，也許這一秒剛剛好，下一秒卻總是會隨風飄散。
“呐，你知道嗎？櫻花飄落的速度是五厘米哦。”女孩說道。秒速五厘米，那是櫻花飄落的速度，那麼怎樣的速度才能走完我與你之間的距離。男孩抬頭望望天空說道。或許明年還能陪她一起看櫻花吧，隻是或許也許就是不可能了吧。
當男孩看著另一個她的暗示，卻莫名其妙的想起了那句話：誰都不可能和誰在一起一輩子。人就是這樣，必須去習慣失去。有的時候一朵花墜落的速度，就連時間都放慢了腳步。然而橫亙在我們麵前的是那沉重的人生與漫長的時間，讓人望而卻步。
男孩因為父母調職而轉校來到小學，每天上學放學跟平常一樣。時間飛逝，女孩也轉校來到同一班級。兩人因體弱多病，不擅長運動，而喜歡獨自待在圖書館。雖然年紀還小，可是兩人還是互相吸引，對方在自己心中的存在漸漸變得無法取代。
但是，兩人親密的世界因為女孩再度轉校而悲哀地告終。之後，男孩一直努力地適應沒有女孩的世界。但在中學的夏天，當男孩收到女孩寫給他的信時，感情一下子再度湧現。他們開始通信，並再次得到能夠互相傳達心意的幸福。那年冬天，他們也許會比現在分開得更遠，可能再也不能見麵。於是兩人在信中約定了再見麵的時間。
女孩每次想起男孩對自己說的話，嘴角總會不自覺的翹起，回到了熟悉的小學，兩人很快成為好朋友，在相處中互相喜歡，都決定報考同一所中學。然而小學畢業後因為女孩搬家的緣故，而不能與女孩在同一所中學。過了半年，中學的夏天，開始收到女孩的來信，而以每月一封的次數與女孩互相通信。
同年冬天，在搬家到金銀島時，在信中與女孩約定了再見麵的時間。在那次的見麵中，彼此交換了初吻。初中的時候，兩人繼續保持著書信往來，升入高中後逐漸斷開了聯係。男孩直到後來某次閑逛中，與女孩在鐵道上相遇並擦肩而過。
此時時間是20世紀90年代，兩人原本是同班同學的好朋友，自從小學畢業之後，兩人都沒有再見一次麵。分隔兩地的兩個人，靠著書信往來保持聯絡，直到終於要到更遠的地方，於是兩人約定了再見麵的時間。計劃好的行程，卻遇上了暴風雪……
兩人互相抱著特別的思念。畢業之後雖然兩人在那之後再也未見過麵，但借著夏季某一天的書信而再次有了連絡。那年冬天，男孩在某天下大雪的日子前往去和女孩見麵。女孩隻是女孩，愛幻想的女孩，她遇見了他，然而那嘴唇上的初吻卻是不見了。
中學再次開學了，班上新來了一個轉校生，她叫允兒，看到從男孩時，就已經喜歡上他。無論上課時還是放學後，甚至帶狗在海邊散步時，允兒都會在視線的一角尋找他的身影。為了和他在同一所高中而拚命溫習，雖然愛的很愛了但還是沒有向他告白的勇氣，一直都暗戀著那個男孩。
高中三年級的夏天，雖然允兒對男孩的思念愈來愈強烈，但隻是為了裝作偶然遇上而一起回家。在高中生活隻剩下半年時，感到焦急的允兒做了一個決定:能夠再次遇見他，就向他表白。
允兒，在男孩轉學到班上開始，就暗戀著男孩。因為想和他上同一所高中而拚命地用功，最終終於成功考上。在高中三年級的夏天得知男孩要考大學後打算向男孩告白，卻發現男孩的心裏並沒有她，而忍住了告白，但依然喜歡著男孩。最終目送他乘坐飛往燕京的班機。
男孩長大後，繼承了家業，過著忙碌的日子，出來社會工作後，季節和季節、年和年之間的區分變得曖昧起來，不知不覺就過了數年。也許遇見愛你的人，就不要放手，那條女孩當夜更新的QQ簽名，他選擇了給自己放個假期。他既覺得有無數的理由要他這樣做，同時又覺得能令自己接受的理由其實一個也沒有。不久空氣慢慢變得暖和，櫻花的季節也到訪天山。
在一個恬靜的平日，中午過後，男孩披上薄外套，走在街上。經過鐵路平行道時，與迎麵而來的女子擦肩而過的瞬間，猛然想起那是多年未見的女孩。當走過鐵道回過頭時，卻被疾馳而過的急線列車擋住了視線。那一刻，一念之間，天涯咫尺。
允兒喜歡男孩，為了能和男孩上同一所高中而努力學習，最終如願。但卻一直無法向男孩表達自己的感情。後來允兒知道了男孩要前往燕京的大學後心裏打算將心意訴說出來，卻發現男孩的心裏一直沒有她，所以她忍住了，最終目送他乘飛機去了燕京的大學。
其實男孩是不想再傷害允兒，在允兒衝浪成功的那一天，最努力的那一天，就在允兒拉住男孩襯衣的時候，男孩已經知道了允兒想說什麼，但卻沒有讓允兒說出來。男孩在每一次給女孩寫不會發出去的日記、信息的時候，每次看到允兒的過來都會默默把手機蓋上--對男孩而言，允兒應該是不忍傷害的一個。
有的時候他承認，他那樣的性格傷害了很多愛他的女生、他喜歡的女生。以至於後來，哪怕是遇到再愛的女孩，卻總是在不經意間傷害了對方，哪怕彼此之間在一起多久，也總是沒法在一起一輩子。
允兒為了和男孩讀同一所高中而拚命複習的女孩，一個清晨躲在樹後做好打招呼後才敢現身的女孩，一個晚上總喜歡躲起來獨自一人等待晚回家的他卻裝作是偶然相遇然後一起回家的女孩，一個在填未來意向的時候迷茫，當他告訴她自己也很迷茫，偷偷和小狗卡布說心理話的女孩，一個想在登上衝浪板浪尖時候表白卻又沒說出口的女孩，一個知道注定和他沒有結果卻依然喜歡著他的女孩。
她沒有得到過像女孩一樣青梅竹馬般自然的陪在男孩身邊的時光，沒有體會過像其他人一樣男女朋友般依偎在身旁的溫暖，但就是這麼一個默默柔情，秋水伊人般的女子，點亮了自己的癡情，也承載了自己的思念。溫柔訴說了一段純潔的愛情，沒有豪邁的言語，沒有壯烈的舉動，甚至沒有擁抱沒有牽手，樹影斑駁中的等待，夜幕降臨下的剪影，平凡而唯美，心醉而心碎。
兩人在鐵軌處擦肩而過，互相認出了對方。當兩人走到鐵軌的兩邊時，不約而同的轉過了頭。這時，飛馳的火車將兩人的視線阻隔在了兩邊。當火車駛過後，男孩發現女孩已經離開。然後，在以每秒5厘米的速度飄落的櫻雨中，男孩帶著一絲微笑轉身離開。
其實在小時候相遇諸如在鐵軌處相遇，但終究兩人走到了不同的地方就好像走到了鐵軌的兩側，雖然彼此心中都有掛念因為兩人不約而同的轉過了頭，但種種困難橫跨在兩人之間如同飛馳的火車將兩人的視線阻隔在了兩邊，也許在回憶中迷茫，不接受任何新的幸福，如同麵前飛馳的，不斷變化卻毫無改變的車廂，當繁華落盡，女孩找到了幸福，離開也是一種慢幸福，而男孩也終於從迷茫中走了出來，帶著一絲微笑轉身離開。