當然，作為新人的新手任務，我們的小管家剛一進入《超級機器人大戰》位麵，自然是不會去執行那種拯救宇宙，或者是毀滅地球文明一類的逆天任務的。
他與十七名新手玩家，是以“在戰爭中意外登上宇宙軍艦的平民”身份，出現在一代名艦，“大天使號”上的。沒錯，他們所經曆的劇情主線，正是高達seed中，劇情剛開始的那一段時間。
在人工衛星生活的調整者“COORDINATOR”（基因改造人），由調整者居住的殖民衛星組成的“Z.A.F.T.”（紮夫特）政權和地球聯邦的對立日漸明顯，終於雙方放棄了所有的外交努力，撕下臉皮開始了軍事行動，慘烈的宇宙戰爭自此爆發。
開戰一年後，在中立的資源衛星國家赫立奧波利斯（屬於地球中立國家奧布）上發生了一場戰鬥。
為了奪取“大西洋聯邦”秘密研製的新型高性能機動戰士“GUNDAM”高達，紮夫特軍隊機動戰士部隊突襲了地球聯合軍。這個冒險的軍事行動由於策劃充分而且行動迅速，打的地球聯合軍措手不及，搶走5台地球軍的新武器——“高達”中的4台，分別是暴風高達，決鬥高達，迅雷高達，聖盾高達。
劇情主角基拉大和和好友阿斯蘭都是生活在人造衛星上的調整者少年，他們從小住在一起，對未來有著同樣的希望和夢想。阿斯蘭因為“血色情人節”事件（地球聯邦軍陰謀炸毀了一座衛星都市，造成大量調整者死亡）中母親的去世而決定加入紮夫特軍隊，成為一名機動戰士駕駛員。而在這次偷襲行動中，阿斯蘭也是其中成員之一。而此時的基拉大和還是一名工業學校的學生，在紮夫特軍的突襲中，他被地球聯合軍上尉瑪琉－拉米亞斯（未來的巨/乳艦長）帶入未被搶走的強襲高達（STRIKEGUNDAM），而在隨後的戰鬥中，精通編程的基拉在1分鍾內就把強襲高達原有的自然人用操作係統修改為調整者用操作係統，擊敗了紮夫特的吉恩，展現出驚人的戰鬥天賦。然而紮夫特軍隊的追擊如影隨形，為了保護身邊的朋友，基拉大和不得不繼續駕駛強襲高達，和一群地球聯邦的軍人與他的幾名同窗好友一起登上了剛建造完成的地球聯邦軍最新型宇宙戰艦“大天使號”，開始了逃亡與爭鬥的旅途。當然，和他們在一起的，還有被主神強插進去的遊戲者了……
劇情正式開始，而這群遊戲者所接到的主神任務，最初看來，倒是並不困難……“生存至大天使號成功前往地球上的國家奧布”……
原本大家都以為這僅僅隻是一場像看好戲一樣的劇情任務，畢竟原劇情上看，大天使號最終是有驚無險的成功到達的。
但是當大天使號幾次三番差點被敵軍擊沉，一些本不該死的劇情人物陸續陣亡後，眾人終於意識到，這裏不是原著世界！如果自己再不去做些什麼的話，那麼肯定大天使號是撐不到前往地球國家奧布的。
於是，在一些頭腦清醒的積極分子的帶領下，這群遊戲者紛紛自告奮勇，去接手大天使號宇宙戰艦上的一些力所能及的工作，從後勤管理，機體整備，到炮台操控，戰艦維修，都有玩家去做，甚至還有人經過短期的機師培訓後，獲得了駕駛沒有駕駛員的太空戰機直接參加作戰的權利。