朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》中說：“朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。”朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討，並稱自己的舉動為“靖難”，即靖禍難之意。因此，曆史上稱這場朱明皇室內部的爭奪戰爭為“靖難之役”。
朱棣初起兵時，燕軍隻據北平一隅之地，勢小力弱，朝廷則在各方麵都占壓倒性優勢。所以戰爭初期，朝廷擬以優勢兵力，分進合擊，將燕軍圍殲於北平。朱棣采取內線作戰，迅速即攻取了北平以北的居庸關、懷來、密雲和以東的薊州、遵化、永平（今河北盧龍）等州縣，掃平了北平的外圍，排除了後顧之憂，便於從容對付朝廷的問罪之師。經過朱元璋大肆殺戮功臣宿將之後，朝廷也無將可用，朱允炆隻好起用年近古稀的幸存老將長興侯耿炳文為大將軍，率軍13萬伐燕。建文元年八月（真定之戰），師至河北滹沱河地區。燕王在中秋夜乘南軍不備，突破雄縣，盡克南軍的先頭部隊。繼而又於滹沱河北岸大敗南軍的主力部隊。建文帝聽到耿炳文軍敗，根據黃子澄的推薦，任曹國公李景隆為大將軍，代替耿炳文對燕軍作戰。
李景隆本是絝絝子弟，素不知兵，“寡謀而驕，色厲而餒”。九月，李景隆至德州，收集耿炳文的潰散兵將，並調各路軍馬，共計50萬，進抵河澗駐紮。當朱棣偵知李景隆軍中的部署後，笑著說，兵法有五敗，李氏全犯了，其兵必敗無疑，這就是政令不修，上下離心；兵將不適北平霜雪氣候，糧草不足；不計險易，深入趨利；求勝心切，剛愎自用，但智信不足，仁勇俱無；所部盡是烏合之眾，且不團結。為了引誘南軍深入，朱棣決計姚廣孝協助世子朱高熾留守北平，自己親率大軍去援救被遼東軍進攻的永平，並告誡朱高熾說：“李景隆來，隻宜堅守，不能出戰。”朱棣還撤去了蘆溝橋的守兵。
朱棣這一招果然靈驗，李景隆聽說朱棣率軍赴援永平，就率師於十月直趨北平城下。經過蘆溝橋時見無守兵，禁不住歡喜，說：“不守此橋，我看朱棣是無能為力了。”這時朱高熾在北平城內嚴密部署，拚死守衛。李景隆則號令不嚴，指揮失當，幾次攻城，皆被擊退。南軍都督瞿能曾率千餘精騎，殺人張掖門，但後援不至，隻好停止進攻。又因李景隆貪功，要瞿能等待大部隊一起進攻，錯過了時機。燕軍則因此得到喘息，連夜往城牆上潑水，天冷結冰，待到次日，南軍也無法攀城進攻了。朱棣解救永平之後，率師直趨大寧（今內蒙古寧城西）。