林鳳祥怒道：“胡虜占我河山塗毒中華，你恬不知恥助妖為孽，今日遭擒非但不思悔改，反而口出狂言，不殺你天理難容。”
陸建瀛臨死還嘴硬，剛說聲：“要殺便殺、、、”林鳳祥就揮刀砍去，寒光閃處陸建瀛人頭落地，可嘴裏仍然發出最後四個字：“不必多言。”
下午時分，林鳳祥所率敢死隊正向南京城縱深推進，突然遇到兩千滿族旗兵的拚死阻擊。敢死隊傷亡很大，暫時停止前進。
與此同時，南麵李開芳部從聚寶門、漢西門、水西門攻進城來；殿左二檢點朱錫琨率大部隊由儀鳳門缺口前來接應林鳳祥。幾處兵馬基本控製了南京外城局勢。
當晚，雙方疲勞各自休兵。次日晨，李開芳、林鳳祥同時由南北兩麵夾擊內城。太平軍人數多出清軍十倍，而且還在不斷增兵。
江寧將軍祥厚站在內城明故宮的高殿上，聲嘶力竭地大喊：“弟兄們，我們是朝廷派駐金陵的精華，我們是優秀的滿族旗人，我們與長毛發匪勢不兩立、不共戴天，隻要我們活著一人，就不要讓發匪安穩地進入內城。”
這兩千旗人拚死抵抗，戰鬥十分激烈，無奈兵力太少顧此失彼。太平軍架雲梯四麵登城，用強攻打進內城。一場驚心動魄的肉搏戰之後，兩千滿族旗兵悉數全殲，江寧將軍祥厚、副都統霍隆武死於亂軍之中。
自此，太平軍占領全部南京城。收拾打掃戰場，恢複社會秩序，安定城內百姓，從容幹好這些戰後工作後，東王、北王、翼王先後由聚寶門、儀鳳門、水西門進入南京城內。
洪秀全坐在八抬大轎上，由聚寶門入城，受到熱烈歡迎。他對那些鞭炮鑼鼓、狂熱歡呼早已習以為常。他心裏隻是略有激動，麵帶微笑地看著人們，任轎子抬進兩江總督署。
總督署改為天王府，洪秀全住進去以後，就深居簡出，很難離開王府了。
占據南京以後，廣大天軍將士依然保持良好軍風紀，不搶掠、不濫殺、不、、、。男女分營居住，既夫妻不得同宿。隻有洪秀全、楊秀清、韋昌輝、石達開等四個王爵有女眷隨館居住，這已是公開的秘密。
太平軍一到南京便開始實行有飯同食，有衣同穿的“共享太平”生活。他們開倉放糧救濟貧苦，給百姓帶來福音。廣大勞苦民眾感到盼來了救星，情不自禁地唱起歌謠表達心聲：“早也盼，晚也盼，太平軍來了窮人安；你不怕，我不怕，太平軍來了富人怕。”
“洪楊到，百姓笑，白發公公放鞭炮，三歲孩童扶鞍馬，鄉裏大哥吹角號。”
貧窮落後的廣大民眾主觀上希望出現一個救苦救難的救世主，初入南京城的太平軍正好迎合了這一民眾心理。
占領南京，無疑是太平天國軍事上的重大勝利。此時長江以南清軍兵力極為薄弱。如果太平軍集中精力鞏固江南半壁河山，徹底掃除後顧之憂再行北伐，也許能夠統一整個中國。但是，最高首領們被勝利衝昏了頭腦，以為既得金陵天下大定，進了南京就等於進了小天堂，可以營建安樂窩了。一到南京就開始大興土木擴建宮殿。戰略上也出現麻痹輕敵。