而發生了這樣的事情之後，畢自肅覺得自己堂堂三榜進士出身、官居遼東巡撫職位，卻被一群亂兵捆綁毆打數日，受此奇恥大辱，無顏麵對朝廷，無顏麵對同僚，於是在自己的官衙內上吊自殺了。
想到這裏，袁方不禁擔心起現在的畢自肅來，他催促馬夫行快一點，早一點趕到寧遠，畢自肅的生命就有獲救的希望。
然而，當他們趕到中左所的時候，就得到了畢自肅上吊自殺的消息，袁方他們還是晚了一步。
他們快馬加鞭地趕到了寧遠，王之臣和袁方連總督府衙門都沒進，直接就奔著軍營去了。
此時的軍營，已徹底失去控製，當官的都不敢進來了，袁方走在最前麵目視兩旁的兵士，他們被袁方的氣勢所鎮住，紛紛向後退讓，分開了一條路讓袁方一行人進入。
袁方領著王之臣走上將台，王之臣連忙向兵士們宣讀了皇帝的諭令，宣讀完畢就叫兵士們各自回營。
“下一步我們怎麼辦？”
人群散去之後，王之臣問袁方。
袁方道：“先把帶頭的抓起來，然後再宣布隻懲治首惡，餘者不糾。此後便可相安無事。”
此後王之臣照做，先是讓人把楊正朝、張思順二人抓了起來。
王之臣又是誘惑又是逼供，很快就從這二人這裏把其他人都供了出來，他們是田汝棟、舒朝蘭、徐子明、羅勝、賈朝吹、劉朝、奇大鄒、滕朝化、王顯用、彭世隆、宋守誌、王明、宋仲義、李友仁和張文元，總共十五名軍官。
王之臣當眾宣布這十五人的死刑，並立即斬首。
楊正朝、張思順舉報有功得以寬大。
王之臣沒有食言，當眾宣布其他參與此事的兵士無罪。
這次兵變不是所有部隊都參與進來了，被馬世龍、何可綱所掌控的中軍不但沒有參與，而且還一直處於警戒的狀態，以防韃子的突襲。
王之臣把在這次事件中嚴重失職的中軍部將吳國琦殺掉了，以警示後人。
事件處理的結果與曆史上基本吻合，兵變平息，袁方也沒有必要再留在寧遠，等王之臣留下來處理後麵的事情，他先行返回了遵化。
這次兵變看似輕輕鬆鬆就這樣解決了，其效應卻是深遠的。
這次兵變平息得很快，快刀斬亂麻地殺了十幾個人，其餘的人都不再追究。這種處理模式，導致以後大明軍隊中鬧餉兵變事件層出不窮。
而第一個效果顯著，指的是兵亂平息的很快，這個結果很顯著，袁崇煥一到寧遠，隻是殺了十幾個小兵，兵亂馬上就平息了。
第二個效果顯著則是，從今往後大明官軍之中鬧餉嘩變的事情，從此層出不窮。更為難料的結果是，到了崇禎末年，聽調不聽宣的驕兵悍將到處都是，就連袁方也獨樹一幟，鬧起來獨立。
這一結果袁方現在是想不到了，沒想到他出的主意為自己以後的起事創造了有利的條件。