1989年6月24日，中國共產黨十三屆四中全會召開，全會選舉江澤民為黨的總書記。全會強調：“要繼續堅決執行十一屆三中全會以來的路線、方針、政策，繼續堅決執行十三大確定的‘一個中心，兩個基本點’的基本路線。四項基本原則是立國之本，必須毫不動搖、始終一貫地加以堅持；改革開放是強國之路，必須堅定不移、一如既往地貫徹執行，絕不回到閉關鎖國的老路上去。”當前特別要注意抓好四件大事：“一是嚴格區分兩類不同性質矛盾，進一步穩定全國局勢；二是繼續搞好治理整頓，更好地堅持改革開放，促進經濟持續、穩定、協調地發展；三是認真加強思想政治工作，努力開展愛國主義、社會主義、獨立自主、艱苦奮鬥的教育，切實反對資產階級自由化；四是大力加強黨的建設，大力加強民主和法製建設，堅決懲治腐敗，切實做好幾件人民普遍關心的事情。”這次會議標誌著以江澤民為核心的黨的第三代領導集體的形成。從那時起到黨的十六大，構成了中國社會發展的一個完整的曆史階段。在這個曆史階段，中國改革開放迅猛發展，社會主義市場經濟體係建立，政治、經濟、文化以及社會建設都取得了巨大成就。同時，在這個曆史階段，中國共產黨在推動馬克思主義中國化方麵也取得了重大進展，馬克思主義中國化實現了新的飛躍。
十三屆四中全會以來馬克思主義中國化呈現出一個清晰的發展脈絡，即以鄧小平南方談話與黨的十四大、黨的十五大、黨的十六大為界限構成的三個時期。
從黨的十三屆四中全會到鄧小平南方談話和黨的十四大為第一個時期，這個時期馬克思主義中國化的主題是闡述堅持馬克思主義理論的指導地位和在新的條件下對待馬克思主義的科學態度。重要的理論文獻有：江澤民在建國四十周年紀念大會上的講話；江澤民在黨的十三屆五中全會上的講話；江澤民在全國黨建理論班上的講話；江澤民在全國黨校校長會議上的講話；江澤民在建黨七十周年紀念大會上的講話；鄧小平南方談話；江澤民在中央黨校的講話；黨的十四大報告。在這些重要文獻中，提出了“兩個不動搖”的觀點，即堅持黨在社會主義初級階段的基本路線不動搖，堅持以經濟建設為中心不動搖；提出了用鄧小平建設有中國特色社會主義理論武裝全黨，繼續堅定不移地走有中國特色社會主義道路的觀點。這個時期馬克思主義中國化的發展，為中國特色的社會主義事業進入一個新的發展階段打下堅實的基礎。
第二個時期是黨的十四大到黨的十五大。這個時期馬克思主義中國化的主題是從政治、經濟、文化、黨的建設、科學社會主義等各個方麵發展馬克思主義理論，並對鄧小平理論進行了完整的闡述，確立了鄧小平理論在全黨的指導地位，實現了馬克思主義中國化的第二次曆史性飛躍。重要的理論文獻有：中共中央十四屆三中全會通過的《中共中央關於建立社會主義市場經濟體製若幹問題的決定》；十四屆四中全會通過和製定的《關於加強黨的建設幾個重大問題的決定》；十四屆六中全會審議並通過的《關於加強社會主義精神文明建設若幹重要問題的決議》；1993年《鄧小平文選》第三卷出版發行以及中央的決定、江澤民的講話和黨的十五大報告。在這些重要文獻中，中國共產黨確定了黨在社會主義初級階段的經濟、政治、文化綱領，極大地豐富和發展了社會主義初級階段理論，並且首次提出鄧小平理論的科學概念，把它寫在自己的旗幟上，作為黨的指導思想。中國共產黨還提出了若幹具有突破性的新觀點，如“公有製為主體、多種所有製經濟共同發展是我國社會主義初級階段的一項基本經濟製度”的觀點；“按勞分配與按生產要素分配結合起來”的觀點，等等。
第三個時期是黨的十五大到黨的十六大。“十五大以來的五年，是我們高舉鄧小平理論偉大旗幟不斷開拓創新的五年，是我們經受住各種困難和風險的考驗、繼續沿著中國特色社會主義道路勝利前進的五年。”這個時期馬克思主義中國化的主題是全黨同誌對鄧小平理論的深入學習，以及“三個代表”重要思想的提出、研究、宣傳和教育，並最終確定其為黨和國家的指導思想。重要理論文獻為：江澤民在紀念黨的十三屆三中全會上的報告；2000年初江澤民南方視察時提出“？三個代表”的要求；2001年江澤民“七一”講話與2002年黨的十六大報告。在這些文獻中，中國共產黨全麵闡述“三個代表”重要思想，並確立其為黨必須長期堅持的指導思想；提出全麵建設小康社會的奮鬥目標。