1998年11月，中國人民銀行進行大區行改革，省級分行體係被9個大區分行、2個管理部和21個地方監管辦取而代之。深圳分行因此被強行劃為廣州分行下屬的中心支行。深圳的金融地位悄然發生了變化。
145、深滬之爭20年
1999年，深圳市國內金融機構人民幣各項存款餘額達到558.99億元，在全國大中城市中居第四位；貸款餘1848.16億元，居全國大中城市第四位；外彙存貸款餘額分別為76.31億美元和65億美元，居全國大中城市的第五位；黃金飾品產值、產量占全國60%以上，深圳的銀行、證券、保險業的機構密度、外資金融機構數量以及從業人員比例均居全國前列，全國主要金融機構都在深圳設有分支機構；金融市場體係、專業監管體係和金融宏觀調控體係已基本建成，區域性金融中心的地位和作用初步確立。
將中國人民銀行深圳分行改為廣州分行下屬的中心支行確實與理不通。但不愉快的念頭一閃即過了。“5?19”大牛市頂托，深圳新股一日數發，如水銀瀉地一般，像一個巨大無比的吸盤瘋狂地吸引了國內外資金。僅每月平均凍結的新股申購資金就達3000億元，令人難以想象。這些奔騰呼嘯的資金不但讓深圳證券業泡在幸福的海洋裏，還催生了其他產業的新一輪大發展格局。
特區建設初期，幾乎是在一張白紙基礎上起步的深圳經濟特區受到了資金匱乏的製約：全市僅有8個銀行網點，百來家信用社散落在偏遠的自然村落間；全部存款餘額僅1.01億元，少量的居民儲蓄和來自港澳同胞、海外華僑的彙款成了深圳金融業主要的資金來源。建設資金緊缺，成為製約特區建設的“瓶頸”。
金融業扛起了突破資金“瓶頸”的曆史重擔。作為中國金融體製改革開放中的第一個“吃螃蟹者”，在銀行、證券、保險等行業領域裏創造了中國金融史和經濟史上的一百多項“第一”。引進了建國以來第一家外資銀行；組建了全國第一家股份製保險公司中國平安保險公司、第一家以公眾持股為主的股份製商業銀行深圳發展銀行、國內最早一家法人持股的商業銀行招商銀行；創立了我國第一個外彙調劑市場深圳外彙調劑中心；率先在金融機構中全麵推行資產風險管理，加快與國際慣例接軌的步伐；成立了國內唯一能參與國際市場交易的外彙經紀中心，並作為我國外彙交易及管理人才的培訓基地發揮著重要作用；擁有全國最早投入營運的證券公司、證券登記公司和證券交易所；首創貸款證製度並由人行總行向全國推廣；組建了全國第一家城市合作銀行……
深圳金融發展史，可以說是一部金融業務創新史。僅就儲蓄而言，首先開辦了旅行支票儲蓄、消費儲蓄、住房儲蓄、養老保險儲蓄等種類，儲蓄方式則有本、外幣定期、活期“一本通”，集各幣種、各期限為一體的“一卡通”，全麵提供理財服務的電話銀行等；貸款方麵，在全國最早試行抵押貸款、樓宇按揭貸款、金融債券特種貸款、進出口押彙、信托提貨和打包放款等；銀行中間業務覆蓋麵不斷延伸，代收各種費用、企業資信評估、技術谘詢、外彙買賣等；在結算製度上最早辦理商業票據承兌、貼現業務，較早建立電子清算係統並組建電子清分機中心，使深圳成為全國結算手段現代化程度最高的地區。
20年來，深圳金融業不但成為特區經濟建設的開路先鋒，而且義不容辭地擔當了我國金融改革開放、創新和發展的先鋒，其貢獻不可謂不卓越，其影響不可謂不深遠。
2000年10月，後來被人們所稱的“己卯之變”張於發生。中國證券管理委員會突然下發文件，責令深圳證券交易所的A股新股發行及上市立即停止。新股停發的消極作用立竿見影，且影響之大、之遠、之廣，令深圳口瞪目呆。