而在農業革命之後，這種生態浩劫還要經過無數次小規模再次重演。在一座又一座島嶼上發掘的考古證據，都看到同一出悲劇一再上演。在這出劇的第一幕，充滿著豐富多樣的大型動物族群，而沒有任何人類的足跡。第二幕，我們看到一具人骨、一個矛頭或是一片陶片，告訴我們智人來到此地。劇情很快來到第三幕，舞台中心隻剩下人類的男男女女，而多數的大型動物以及許多小型動物，都已經黯然退場。
距離東非大陸約400公裏有一個大島：馬達加斯加。這裏有一個著名的例子。島上的物種經過數百萬年的隔離，展現出獨一無二的風貌，像是象鳥，高3米、重約半噸而無法飛翔，這是全球最大的鳥類，另外還有巨狐猴，這是全球最大的靈長類動物。但在大約1500年前，象鳥、巨狐猴以及馬達加斯加島上多數的大型動物都突然消失，而這正是人類第一次踏上馬達加斯加的時間。
在太平洋，大約在公元前1500年開始了一波物種滅絕的浪潮，當時源自中國台灣的波利尼西亞農人開始移居到所羅門群島、斐濟和新喀裏多尼亞，直接或間接造成數以百計的鳥類、昆蟲、蝸牛和其他當地物種的滅絕。自此，這股生物滅絕的浪潮又逐漸向東、向南、向北席卷，侵入太平洋的心髒地帶，種種特殊的動物群慘遭毒手，受害地區包括薩摩亞和東加（公元前1200年）、馬奎薩斯群島（公元1年）、複活節島、庫克群島、夏威夷（公元500年），最後來到新西蘭（公元1200年）。
在大西洋、印度洋、北冰洋和地中海星羅棋布的數千座島嶼幾乎無一幸免，都慘遭類似的生態浩劫。甚至在最小的島嶼上，考古學家都發現曾有鳥類、昆蟲和蝸牛在那生活無數世代，但在人類第一次出現後便就此消失。隻有極少數極度偏遠的島嶼，直到現代才被人類發現，於是島上的動物群還能幸存。其中一個有名的例子就是加拉巴哥群島（Galapagos Islands），在19世紀前仍無人居住，因而保持了獨特的動物群，像是島上的巨龜也像古代的雙門齒獸一樣，對人類毫無畏懼。
第一波的滅絕浪潮是由於采集者的擴張，接著第二波滅絕浪潮則是因為農民的擴張；這些教訓，讓我們得以從一個重要觀點來看今日的第三波滅絕浪潮：由工業活動所造成的物種滅絕。有些環保人士聲稱我們的祖先總是和自然和諧相處，但可別真的這麼相信。早在工業革命之前，智人就是造成最多動植物絕種的元凶。人類可以說坐上了生物學有史以來最致命物種的寶座。
或許，如果有更多人了解了第一波和第二波物種滅絕浪潮，就不會對現在自身所處的第三波浪潮如此漠不關心。如果我們知道自己已經害死了多少物種，就會更積極保護那些現在還幸存的物種。這一點對於海洋中的大型生物來說更是如此。與陸地上的大型動物相較，大型海洋生物受到認知革命和農業革命的影響相對較小。然而，因為工業汙染和過度濫用海洋資源，許多海洋生物都已經瀕臨絕種。事情再這樣發展下去，很快鯨魚、鯊魚、鮪魚和海豚也會走上和雙門齒獸、地懶、長毛象一樣滅絕的道路。對全世界上所有的大型動物來說，這場人類洪水的唯一幸存者可能隻剩下人類自己，還有其他登上諾亞方舟但隻作為人類盤中佳肴的家禽家畜。