謎團五：外太陽係是否存在更多的矮行星？
到目前為止，已經公認的矮行星有3顆——穀神星、冥王星和鬩神星。柯伊伯帶距離太陽大約50個天文單位，它內部可能有200多個矮行星。夏威夷雙子星天文台的天文學家查德·特魯吉洛說，在柯伊伯帶外距離太陽大約100個天文單位以外的地方，可能存在大量矮行星大小的天體，“因為它們非常昏暗，而且運行非常緩慢，因此以前沒有人看到過它們。如果一個天體運行到距離太陽200個天體單位以外，即使它像火星一樣大，我們現在的觀測方法也無法發現它。” 特魯吉洛注意到，在即將到來的10年中“全景觀測望遠鏡和快速反應係統”(Pan-STARRS)和(LSST)大口徑綜合巡天望遠鏡“應該能填補我們有關這方麵知識的空白。”
謎團六：矮行星來自哪裏？
有理論認為，根據現在的軌道可以看出，數十億年前，外太陽係中的矮行星可能居住在太陽係內部。特魯吉洛提出疑問，如果事實確實如此，“它們的表麵為什麼有那麼多冰，這些冰又是從何而來?”人們一般認為，由於陽光照射，太陽係內部的天體都失去了冰層。特魯吉洛和他的同事懷疑現在在這些矮行星上看到的冰相對來說比較新，它們來自這些天體的內部，在“火山作用”下噴出地表。當然，目前還需要通過進一步的研究來證明是否這種冰在從太陽係內部到達外太陽係的長途旅行後，還足夠覆蓋這種矮行星。
謎團七：宇宙射線來源於太陽係周圍的汽泡？
當從太陽吹來的帶電粒子超聲速風與在恒星間發現的稀薄氣體相撞時，太陽風猛烈吹擊這種星際介質中的泡沫。星際介質是已知的球狀日光層。科學家認為，微弱的宇宙射線——從太空飛向地球的高能粒子——來自日光層。科學家認為這些射線來自邊界激波(termination shock)，邊界激波是一個被壓扁的衝擊波，當太陽風突然爆發，衝擊星際氣體時，就會產生強放射性粒子。邊界激波距離太陽大約75到85個天文單位。
然而，“旅行者1號”沒發現這些在邊界激波中產生的反常宇宙射線的跡象。麻省理工學院的天體物理學家約翰·理查森說：“可能它在不適宜的時間或地點穿過邊界激波。”
或者有關這些反常的宇宙射線是怎樣產生的常規看法是錯誤的。2007年，“旅行者2號”穿過邊界激波，它的穿越點距離“旅行者1號”在2004 年的穿越點大約100億英裏，科學家正在分析它獲得的相關數據。理查森解釋說：“它的數據或許能幫助我們了解這些粒子產自哪裏。據悉，宇宙射線能對地球上的氣候產生影響，因此，了解它們的來源非常重要。”此外，來自衝擊波的高能粒子由太陽日冕物質拋射的猛烈爆發產生，這種爆發可破壞飛船，並對宇航員造成傷害。更好地了解這種邊界激波或許有助於了解這些潛在的威脅粒子。