順治皇帝彌留之際，指定玄燁做繼承人，這年玄燁才八歲。因為玄燁太小，順治皇帝又讓索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鼇拜四人輔政。
第二年，玄燁登上皇位，宣布建元康熙(康熙元年為公元1662年)，小皇帝每天不是讀書就是玩耍，朝廷大權都落在輔政大臣手裏。
在四個輔政大臣當中，鼇拜是最跋扈的，隨著時間的推移，他的野心日漸顯露出來。康熙漸漸長大，有了自己的看法，但鼇拜決定了的事，如果康熙不同意，他就終日在朝廷上鬧，逼康熙同意。哪個大臣有異議，他就找個借口將其殺掉。這時，鼇拜的權力已經超過皇帝了，這是封建帝王根本不能允許的。但是，康熙帝由於年齡小，無力管住鼇拜的越權行為，隻能記在心裏。
一轉眼六年過去了，康熙帝十四歲了，根據順治皇帝的先例，他可以親自管理國家大事了。鼇拜本該把權力交給康熙帝，可是他不但不這樣做，反而比以前更專橫了。
康熙帝不甘心這樣，想製鼇伏拜，好好幹一番大事業。但他知道鼇拜長期把持朝政，樹大根深，隻要稍不謹慎，就會走露風聲，打草驚蛇。他動了一番腦筋，終於想出了一個辦法。
為了對付鼇拜，康熙帝挑選了上百名十幾歲的皇族少年，在宮中練習摔跤。鼇拜見了，感到好笑，心想：“這群孩子，真是淘氣。 皇帝也就隻知道打鬧!”更不把康熙放在眼裏了。
康熙八年(公元1669年)初夏的一天，鼇拜假裝生病，沒有上朝。康熙親自到了鼇拜的家。鼇拜神色十分緊張，康熙帝的一個侍衛警覺地掀起席子，原來下麵藏著一把利刃。鼇拜嚇得麵如上色，康熙帝若無其事地笑著說：“刀不離身是我們滿人的傳統，不足為奇!”說完，他又囑咐鼇拜好好調養，然後回宮了。
幾天後，康熙帝得知鼇拜要進宮奏事，就把那些每天跟他摔跤的侍衛叫到身邊，問：“你們是怕我呢，還是怕鼇拜?”侍衛們齊聲說：“我們隻怕皇上!”康熙帝站起來，激動地高聲說：“鼇拜是輔政大臣，但他違背了先皇的重托，排斥異己，亂殺大臣。那天的事你們也看見了，他膽敢害到我頭上了。國家大事他都在家裏商量好了，才向我啟奏，我這個皇帝還能做什麼?大清朝照他這麼專權，何時才能安定富強?”他見小侍衛們都很氣憤，就放低聲音說：“你們雖然年輕，卻是我的左膀右臂，我要靠你們除掉鼇拜這個老賊!?”侍衛們群情激動，紛紛喊道：“願聽皇上吩咐!”康熙高興地說：“好!等會兒鼇拜來了，看我的眼色行事。”
過了一會兒，鼇拜進宮了。他仍像往常一樣，大搖大擺地走上殿來，康熙皇帝使了個眼色，那夥少年一哄而上。鼇拜是久經沙場的猛將，還以為是鬧著玩呢!等他意識到真相時，已經被捆得結結實實的了。
康熙皇帝召來了大臣審訊鼇拜。眾大臣列舉了鼇拜三十條罪狀，一致要求將他處死。鼇拜一把脫下上衣，露出身上的傷疤說：“這是老臣跟隨先皇打仗留下的呀! ”
康熙皇帝點點頭，說：“看在他有過戰功，免死。”但鼇拜被終生監禁，最後死在獄中。
十六歲的康熙皇帝機智地擒拿權臣鼇拜，掃除了掌握朝政的一個大障礙，開始精力充沛地全力治理國家。
尼布楚條約
從明朝以來，沙皇俄國就開始向我國東北部的黑龍江流域擴張。東北是清朝的發祥地，向來受到清朝政府的重視。沙皇肆無忌憚地吞並黑龍江流域的領土，中國軍隊多次前去驅趕侵略者，可是每次中國軍隊得勝回師後，沙俄匪徒很快又卷土重來。
康熙二十一年(公元1682年)，康熙親自到盛京勘測地形、了解情況，一切準備就緒後，公元1685年春，清軍對雅克薩發動進攻。清軍用火炮攻城，給侵略者以沉重的打擊，迫使他們投降。清軍撤走後，就在當年，沙皇侵略軍又偷偷開進了雅克薩。清軍聽到消息，又一次包圍了雅克薩。沙俄侵略者進行了頑固的抵抗，最後，戰鬥持續了三個多月，清軍又攻克了雅克薩。
沙皇見勢不妙，隻好答應進行邊界談判。
康熙二十八年(公元1689年)八月，雙方代表集中在黑龍江流域的尼布楚城，開始了具有曆史意義的邊界談判。
在談判中，俄方代表戈洛文搶先提出土地要求，建議以黑龍江為界，北岸劃歸俄羅斯帝國，南岸屬於中國。清朝代表索額圖胸有成竹地反駁：“黑龍江兩岸曆來是我國領土，現在是貴國把我國的領土占為已有。”他頓了頓，又一板一眼地說：“貴國應該將尼布楚、雅克薩等地歸還我國，退到色楞格河(發源於今蒙古人民共和國，流入前蘇聯貝加爾湖)以西的地方去。”雙方各不相讓，一直辯論到晚上。
第二天繼續談判。在康熙帝的旨意下，索額圖表示可以做出讓步，以尼布楚為界。戈洛文不但不領情，反而使談判陷入了僵局。
戈洛文為了進行武力恫嚇，在尼布楚哨卡增派了三百名火槍手。但中國代表並不畏懼，絲毫不做任何妥協。戈洛文堅持以黑龍江為界，是妄圖占領中國大片領土。這時他十分擔心談判破裂，回去無法向沙皇交差。
戈洛文正在著急的時候，中國代表團的翻譯前來議事。他覺得有機可乘，馬上熱情接待。中國代表團的翻譯是耶穌會傳教士張誠(原名革比勒，法國人)、徐日升(原名佩雷拉，葡萄牙人)。原來他們表麵上是為中國皇帝效力，私下裏卻在幹一些竊取情報的事。索額圖在談判中隱隱約約感覺到這兩個翻譯和俄國人有些關係，但是由於中國方麵沒有人能勝任翻譯，所以隻好仍讓他們二人翻譯。
他們向戈洛文透露了有關清政府的情報。徐日升低著聲音說：“皇上為了西北部噶(gá)爾丹的叛亂很不安，而且朝廷內外都知道是俄國指使的。”張誠說：“皇上要全力對付噶爾丹，所以急於和你們締約。如果你們能在尼布楚和雅克薩之間找一個地方為界，或許更現實一些。”
戈洛文把他們的話暗記在心中。第二天，中國使團又一次決定讓步，提出以格爾必齊河(在尼布楚東北，流人石勒喀河)為界。戈洛文仍堅持索取雅克薩，拒絕了中國使團的建議。在中國使團的堅定立場和人民的起義下，戈洛文慌了手腳。同時，他們又查明額爾古納河流域有豐富的礦藏，於是，同意以額爾古納河和格爾必齊河為界，再沿外興安嶺向東直到海邊為中俄邊界。河東、嶺南屬中國，河西、嶺北屬俄國。他們還保證拆毀雅克薩城堡，把軍隊撤離中國領土。
九月七日晚上，中俄雙方舉行了隆重的簽字儀式。索額圖和戈洛文分別代表中、俄雙方在條約上簽了字，這就是著名的《中俄尼布楚條約》。
《中俄尼布楚條約》雖然把原來屬於中國的一部分領土讓給了俄國，但這是出於清政府戰略上的考慮，是雙方商議的結果，是中俄曆史上第一次平等的條約。此後，在長達一百五十年的時間裏，這段邊境一直很平靜。
噶爾丹叛亂
沙皇俄國在與我國簽訂《中俄尼布楚條約》後，又挑撥蒙古族準噶爾部頭目噶爾丹發動叛亂。製造我國內部的民族不和。
元朝滅亡後，蒙古族的大部分退回塞外，逐漸形成了漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古三大部分；漠南蒙古是清朝最可靠的盟友，漠西蒙古不肯與清朝合作。
漠西蒙古的準噶爾部首領噶爾丹野心勃勃地妄想奪取大片領土，康熙皇帝勸他返回阿爾泰地區，他不但不聽，反而想和康熙皇帝較量一下，而且他的行動受到了沙俄的支持，他自以為有了靠山，更加無法無天。
康熙帝看到噶爾丹這樣猖狂，而且又威脅到內地的安全，就在康熙二十九年(公元1690年)下令征討噶爾丹。康熙皇帝禦駕親征，在離北京隻有七百裏的烏蘭布通和準噶爾兵交戰。
噶爾丹在烏蘭布通擺好了陣勢。他依山列成“駝城”，用幾萬峰駱駝，把它們的腳捆住，讓它們臥在地上，在駝背上搭起箱垛，蓋上濕氈。士兵們隱藏在“駝城”裏發射火器或弓箭；清軍隔河列陣，先用大炮轟擊“駝城”，炸死不少駱駝，騎兵和步兵隨後衝殺過來，大敗準噶爾兵。噶爾丹看到清軍很強大，知道自己打不過，當晚就把軍隊撤到高處，第二天一大早就派人來求和。
康熙皇帝接到噶爾丹乞降的報告，擔心受騙，命令清軍防備噶爾丹，但為時已晚，噶爾丹已經逃走了。
噶爾丹雖然遭受失敗，但仍不死心，與俄國的關係也越來越密切，揚言要興兵深入內地。
康熙皇帝忍無可忍，決定第二次親征，兵分三路，中路由他親率。中路軍要穿過茫茫沙漠，在沙漠裏行軍，糧草常常接濟不上。康熙皇帝和土兵一起吃幹肉，喝馬奶，日夜兼程，走了七十多天．才探聽到噶爾丹的消息。有的大臣怕苦怕累，聽說敵人還很遠，就很泄氣，勸康熙說：“道路迂回曲折，很難走，糧食又供應不上，走了七十多天，還不見敵人，皇上不如暫時先回去吧!”康熙聽了非常生氣，堅定嚴肅地說：“朕已告祭了天地宗廟，現在還沒見到敵人就回去，讓朕如何麵對天下百姓? ”他當即下令開拔，直奔敵人駐地——克魯倫河。
噶爾丹根本不相信康熙皇帝會親征到此，當看到克魯倫河南岸清營的黃幄龍旗的時候，嚇得六神無主，自言自語地說：“哪能來得那麼容易!”然後，連夜向西逃去，丟下了無數營帳和貴重的軍需備品。
兩天以後，西路清軍在昭莫多山下和噶爾丹相遇並進行了決戰雙方整整打了—天，最後清軍分作兩路，一路橫衝入陣，一路偷襲敵軍的輜重，噶爾丹陣營大亂，清軍大獲全勝，殺死叛軍一千多人，俘虜了三千多人，這樣，噶爾丹的主力幾乎完全被消滅了。
康熙皇帝在取得昭莫多的勝利之後，決定將噶爾丹叛軍徹底消滅，康熙三十六年(公元1697年)，他第三次親征，這時的噶爾丹已經眾叛親離了。他左右的親信不是遠逃就是投奔了清營。無論噶爾丹駐紮在哪兒，都不斷地有告急的警報，連覺都睡不了。他常常迷惑地對別人說：“世界上的人真是不一樣嗎?聽說皇帝走到沙灘，沙灘就要湧山甘泉，石頭上也會長出青草，是天在助他嗎；如今我該如何是好呢？”噶爾丹走投無路，最終自殺了。
這次叛亂被平息以後，蒙占地區逐漸安定下來。