中山當即統率永豐、永翔、楚豫、豫章、同安、廣玉、寶璧各艦出動，由黃埔經過車歪炮台，駛至白鵝潭，當令各艦對大沙頭、白雲山、沙河、觀音山、五層樓等處的粵軍發炮。粵軍因沒有障阻，不能抵抗，死傷的約達六七百人，大部頓時潰走。艦隊沿長堤向東前進，不料魏邦平所部陸軍，竟不能如期策應。粵軍乘勢複合，發炮抵抗。中山知道亂事不能即平，隻得暫時率艦回至黃埔，商量第二次進剿方法。那陳炯明見海軍擁護中山，知道不收買海軍，決不能消滅中山的活動能力，便進行運動海軍中立。因海軍正在憤激的時候，急切未見效果，便勒軍廣州城內，實行其大放假的預約，搶掠燒殺，愈久愈烈，甚至白晝奸淫，肆無忌憚。有女子輪奸至五六次之多，腹脹如鼓而死者。殘酷的情形，令人聞之發指。中山在艦上聽見這些消息，愈加傷感，因陸軍力量薄弱，當即寫信給前敵李協和、許崇智、朱培德、黃大偉、梁鴻楷等，教他們迅速回粵平亂，有“堅守待援，以圖海陸夾攻，殲此叛逆，以彰法典”等語。自己又從楚豫艦移到永豐艦辦公。
此時各處起義的軍隊頗多，在黃埔一帶的，有徐樹榮、李天德、李安邦等所部約一千多人，軍威稍振。中山正思攻取魚珠、牛山各炮台，為掃滅叛軍的預備。忽然有人進來報說：“伍總長廷芳逝世。”不覺吃了一驚，把手中的筆，跌落地上，因流淚向左右說道：“本月十四日，廖仲愷因赴陳炯明惠州之約，不想被扣石龍，生死未卜，已使我十分傷感，現在伍總長忽棄民眾托付的重任，先我而逝，豈不可傷？”海軍將士聽了，也十分悲憤，誓必討賊。廖仲愷被扣事，亦屬重要，述諸總理口中，亦省筆之法也。並全體填寫誓約，加入中華革命黨，表示服從總統，始終不渝的決心。這時粵軍運動海軍，正在猛進，故各艦中的不良官長，已頗有不穩的舉動，因此也有帶兵來問中山道：“我們官長和叛軍訂立條約，是不是已得到總統的許可？”中山不好明言，又不願追問，隻微微點頭而已。此等處不但顯見中山之仁厚寬大，其智慮亦非常人所及。蓋如一追問或明言己所不許，則事必立刻決裂矣。海圻各艦兵士，以此都疑心溫司令有不利中山之舉，要想拒絕司令回艦。中山聞知，再三調解，方才沒有實現。其實這時的海陸軍有顯明從逆的，有態度暗昧，主張中立的，不過尚在醞釀之中，尚未完全成為事實。所以中山唯出以鎮靜，全以至誠示人，大義感人，以期眾人感動，不為賊用。陳炯明此時本在暗中操縱指示叛軍的行動，並不曾公然露麵，但是輿論上已唾罵的非常厲害。陳炯明沒法，隻得差鍾惶可帶了自己的親筆信，到永豐艦上，晉謁總統，懇求和解。原信道：
大總統鈞鑒：國事至此，痛心何極！炯雖下野，萬難辭咎。自十六日奉到鈞諭，而省變已作，挽救無及矣。連日焦思苦慮，不得其道而行。唯念十年患難相從，此心未敢絲毫有負鈞座，不圖兵柄現已解除，此正怨尤語也。而事變之來，仍集一身，處境至此，亦雲苦矣。現唯懇請開示一途，俾得遵行，庶北征部隊，免至相戕，保全人道，以召天和。國難方殷，此後圖報，為日正長也。專此即請鈞安。陳炯明敬啟。六月二十九日晚。
中山見了這封信，還沒下什麼斷語，忽然魏邦平來見，中山便把這封信交給他看。魏邦平把信看了一遍道：“看他這封信，也還說得很懇切，或者有些誠意，不知總統可準調解？”中山正色道：“當初宋亡的時候，陸秀夫恐帝受辱，甚至負之投水而死。魏同誌！今日之事，不可讓先烈專美於前，我雖才疏，也不敢不以文天祥自勉。宋代之亡，尚有文、陸，明代之亡，也有史可法等，如民國亡的時候，沒有文天祥、陸秀夫這樣的人，怎樣對得住為民國而死的無數同誌，作將來國民的模範。既自汙民國十一年來莊嚴璨爛的曆史，又自負三十年來效死民國的初心，還成什麼話？”聲裂金石，語驚鬼神。魏邦平見中山說得十分嚴正，不覺勃然變色。正是：
正語忽聞嚴斧鉞，厚顏應須冷冰霜。
未知他如何回答，且看下回分解。
以中山先生之仁厚寬大，而竟有利用其仁厚寬大，以逞其幹法亂紀悖逆不道之事者，則信乎叔世人心之不足恃，而君子之不易為也。然而盤根錯節，正以造成偉大人物之偉大曆史，而最後勝利亦終操於偉大人物之手。彼陰賊險狠之小人，徒為名教罪人，天壤魔蠢而已。吾人觀於先生與陳氏之事，乃又覺君子不易為而可為，小人可為而終不可為也。