許崇智與徐樹錚、王永泉，進了福州，便商量建設計劃，徐樹錚毫不客氣，何必客氣。決定依照自己所著的《建國真詮》，設官分職，以製置府名義，任王永泉為福建總撫，統轄軍民兩政。這些消息，傳入陳炯明和北京政府當局的耳朵裏，盡皆擔心。此時陳炯明虎踞廣州，正是全盛時代，立刻便派洪兆麟為援閩總司令，尹驥為總指揮，率部討伐許崇智。洪兆麟雖則接受此項命令，但到了汕頭，便不肯前進，所以此路軍隊，和許崇智並未接觸。北京政府所患的，卻不在許而在徐，所以也派江西的常德盛師為援閩總司令，入閩討伐徐樹錚。常德盛進兵以後，又派李厚基為福建討逆總司令，薩鎮冰為副司令，高全忠為閩軍總指揮。薩鎮冰原屬海軍中人物，得北京政府的好處，便竭力為李厚基想法，因此李厚基得脫離海軍監視，赴南京求援。
許崇智等在福州得了這個消息，便開會討論。李福林道：“孫總統昨天電任我們為東路討賊軍一二三路司令，並說前福建第二師長臧致平，已經回到廈門，一定有所活動，南路可以無憂。常德盛未必肯死戰，我們隻派隊堵截，也不必十分擔憂。至於高全忠並無大不了實力，也不足慮。我們現在要留意的，隻有海軍一方麵罷了。”許崇智等都稱是，便決定防守西北路，一麵向海軍疏通，教他們不要幫助北京政府，至少的限度，要守中立。一麵又通電，就東路討賊軍司令職。
許崇智部許濟，奉了許崇智的命令，在杉關防守，常德盛的軍隊到了杉關，許濟不戰而退。常德盛兵占了杉關，又向光澤進展。許濟接住，稍許抵抗了一會，便退守邵武，常德盛覺得非常奇怪，反而不敢輕進，竟在光澤逗留住，改攻勢為守勢了。許濟得了這消息，立刻電報許崇智，許崇智大笑，和黃大偉又商量了一條密計，隻過了兩日，黃大偉便領著原部，投西北路上去了。
一日，忽然徐樹錚來訪，二人談了一會軍情，忽然說起製置府的事情。許崇智道：“製置府的存廢，現在並無問題，隻有總撫，閩人卻非常反對。還是設法改變的好。”徐樹錚默然，半晌，方道：“我改任王永泉為總司令，林森為省長，軍民分治如何？”許崇智道：“這也是救急之法，不妨如此決定。”次日，徐樹錚果然下令，裁撤總撫，改任王永泉為福建總司令，林森為省長。王永泉初時還不知是怎樣一回事，後來聽說是許崇智的意思，十分不悅，王永泉之反對許崇智，蓋種因於此。對徐樹錚的態度，也漸不如前。徐樹錚見機，於十一月二日，離開福州去了。許崇智和王永泉，卻仍似往日一般共事。