當時大總統剛當上國民政府主席，心緒頗佳，不僅未責備何應欽，反而任其為前線總指揮，兼國民空軍司令。大總統為勉勵何應欽，親自出任第三次圍剿紅軍的作戰總指揮，但是，最後仍慘遭失敗。
何應欽貌似是換工作最頻繁的一個人，不久，何應欽又任湘贛粵閩邊區“剿共”總司令。但是，因為日軍已經進逼華北，大總統認為何與日本關係素來較好，於是命令何應欽去職北上，出任中央政治會議特別事務委員會委員，去和小鬼子拉關係。
日軍占領熱河後，突破長城防線。何等表麵上協助張學良阻止日軍進攻，實質上是欲取而代之。
張學良被迫辭職，何應欽繼任北平軍分會代理委員長，秉承南京政府“一麵抗日一麵交涉”的國策。與日本關東軍副參謀長岡村寧次簽訂《塘沽停戰協定》。
何應欽貌似很怕日本人，不久又和小鬼子簽訂了《何梅協定》。
後來，張學良、楊虎城拘捕了正在西安督師的大總統，發動了震驚世界的“西安事變”。當時，何應欽等主張出兵攻打。但是孔祥熙、宋美齡等主張和平談判，畢竟大總統的安危重要。
馮玉祥、李烈鈞等國民元老出於國家民族安危，支持主和派政治解決。經過一連幾個晝夜爭吵不休。宋美齡害怕大總統被張學良、楊虎城殺掉，一再央求何答應張、楊部分要求和平解決，可是何態度堅決。
後來，端納帶著宋美齡、孔祥熙的秘密使命飛抵西安，會見了大總統，並向大總統遞交了宋美齡的親筆信。宋美齡在信中建議他下令何應欽停戰。
在何等的挾持下，國民政府通過了“討伐”張、楊的決定，授何負責軍事，代行大總統的總司令職務。
何一方麵與日本駐華使館及桂係、四川聯係，促汪精衛回國主持大計，對人事作出內定，一方麵出任討伐總司令，調動兩個集團軍向西安推進，令空軍轟炸張、楊部隊。
蔣鼎文由西安飛抵南京，向何應欽出示了大總統停戰手諭。
何應欽這才罷手。
“西安事變”和平解決後，大總統飛返南京，何應欽率員到機場歡迎，大總統對他特別表示親切。次日，南京舉行了20萬人參加的“慶祝大總統返京大會”，大總統又讓何應欽代表自己在大會上致答謝詞，這應該說是大總統給予何應欽的殊榮。
事後，大總統在各種場合都說到，西安事變之所以能夠和平解決，張學良之所以禮送他回南京，都是因為何應欽的討伐和施加軍事壓力的結果。這也就是說，何應欽的討伐給了大總統的麵子和一個很好下的台階。
在大總統回南京後，何仍留任軍政部長一職。
1943年2月7日，何以參謀總長的身份，偕同史迪威等飛赴印度檢閱中國遠征軍，3月3日返抵重慶。
何此行奠定了中國軍隊駐印訓練及遠涉緬甸叢林配合英美盟軍作戰的基礎。
1944年任中國陸軍總司令。
為什要重點介紹何應欽呢？因為接下來李正就要和他打交道了。
大總統見是何應欽，立即滿臉堆笑。
“何司令說的極是。隻是眼下還不是時機！”大總統說道。
“是啊！現在李正勢頭正旺，確實不是時機。”何應欽點頭，然後又說道：“現在八路發展的很快，具我知道的消息，八路現在的兵力已經達到了一百萬。他們可是發展迅速啊？不得不防！”
何應欽的話，所有人深以為意。
“不能任由他們發展！眾位又和高見啊？”大總統不失時機地問道。
眾人七嘴八舌，有說裁軍的，有說打擊八路的，還有的說取消八路編製，沒有編製，政府不承認，他們就不合法，還能蹦躂多久？
大總統的眉毛皺了起來，娘希匹的，能這麼做？老子還不做嗎？老子也不是傻子，想不到這些嗎？
“以我之見，隻需兩點，即可解決此事！”何應欽等眾人都嗆嗆完了，才說道。何應欽的為人就是這樣，總想著在關鍵時刻突出自己。