日本的湖泊也是重要的觀光資源。最有代表性的湖泊應首推琵琶湖。琵琶湖擁有水麵積794.5平方公裏，最大深度為103.4米。除此以外，就湖深而言，田澤湖深度為423.4米、支笏湖深度為363米、十和田湖深度為326.8米、富士山山中湖深度為981米、木棲湖深度為900米。
日本是世界上海岸線最長的國家之一，海岸線長約30000公裏。西部沿日本海一側，懸崖多，良港少。東部臨太平洋一側，海岸曲折，有許多天然港灣，有利於建造良港。全國主要城市和大部分工業、人口都集中在太平洋沿岸的狹小平原和低地的海港一帶。
氣候
由於日本列島位於世界上麵積最大的歐亞大陸和太平洋的交界處，氣象變化十分複雜。日本海一側和太平洋一側、山地和平地、內陸地帶和沿海地帶等，隨著地區的不同，氣候有著明顯的差異。其主要特征：
急劇的氣候變化和明顯的季節變化
日本人稱每年第一次吹入日本的強南風為“春一號”，“春一號”吹過，春天的氣息便悄然而至。“春一號”一般在每年的二月中旬或三月上旬形成。當“春一號”、“春二號”吹過以後，一場春雨使人感覺春天已經到來。這段時間，移動性高氣壓和低氣壓交替通過日本列島，所以在一周左右的時間裏，氣溫變化較大。暖和的日子與寒冷的日子交替出現，有時還會出現大風天氣。這樣的天氣大概從3月持續到4月。
在日本，梅雨是春季向夏季轉移的標誌。日本人必須忍受綿綿細雨的天氣。日曆上的入梅是6月11日，但實際入梅的日期，每年都有所不同。早的為5月下旬，遲的為6月中旬。“出梅”大概在7月中旬左右。梅雨持續的時間較長，之所以危害不大，是因為梅雨也有間斷的時候。9月初是日本西部遭台風襲擊較多的時候。隨著秋天腳步的加快，襲擊日本東部的台風多了起來，但大多不登陸，向太平洋東部刮去。9月的日本，由於受秋霜和台風的影響，天氣變化比較大。日曆上的立冬一般在11月8日，實際上應在11月20日左右。每年立冬的日子並不一樣，早十天或晚十天的情況也會發生。這時西或西北季節風經常吹過日本，天氣會一天比一天冷。降霜的日子越來越多，終於結霜柱、結冰。由於氣壓配置呈冬季特色，同樣受季風影響的日本海沿岸地區，天氣變壞。相反，太平洋沿岸地區則為持續晴天。
當氣溫降至二度以下的時候，日本列島就會出現雨雪天氣。11月北海道就會出現“初雪”。南部地區的初雪較遲，從關東地區沿太平洋，在南部氣候溫暖的地方，1月初才可見到“初雪”。冬季降雪量會越來越多。到了十分寒冷的時候，下雪的地方會有厚厚的積雪，不肯融化。日本人稱這種積雪為“根雪”。
季節風的影響
日本是受季節風影響較大的國家。夏季有南風吹過，冬季有西或西北風吹過。夏季的季節風並不很強，冬季的季節風有時會像台風一樣的強烈。冬季的強風往往比台風吹過的時間長，並且風向不變。從晚秋至早春，每當低氣壓產生的寒潮襲擊日本的時候，都會刮強風，漁船因此遭難的事時有發生。另外，3月至4月，經常有稱之為“春台風”的大風襲擊日本。這時，移動性高氣壓和低氣壓相互交替活動。因此，當移動性高氣壓較強的時候，從朝鮮向日本海吹過很強的南風。這時不僅海上風浪洶湧，也極易出現雪崩。
大陸性氣候
由於地處歐亞大陸東端，同歐亞大陸相隔狹窄的日本海，氣候反映出大陸的影響。