一、噶瑪噶舉派
噶瑪噶舉派是噶舉派的一個重要支派，創始人為都鬆欽巴（1110—1193），最早采用活佛轉世製度，黑帽係是此派最重要的活佛轉世係統。都鬆欽巴被認為是黑帽係第一世活佛，由他修建的楚布寺（1187年建，在今西藏堆龍德慶縣）為此派的主寺。
黑帽係第二世活佛即噶瑪拔希。忽必烈曾因噶瑪拔希另投蒙哥，又因噶瑪拔希有幫助阿裏不哥之嫌，將其投入監獄。獲釋（1264）後，返回楚布寺，於1283年（至元二十年）去世。
黑帽係第三世活佛攘迥多吉（1284—1339）曾奉元文宗圖帖睦爾召進京，於1332年十月抵大都，適值元文宗已去世，他做了元寧宗懿璘質班供養的上師，元寧宗在位僅一個多月即夭亡（7歲），元順帝妥歡帖睦爾即位後，賜給攘迥多吉“圓通佛法性空噶瑪巴”封號，並封為國師，賜玉印、圓符。其弟子2人也受封為司徒。楚布寺內還建立了供奉元文宗畫像的影堂。1334年攘迥多吉返回楚布寺，1336年再次受元順帝之召來大都，為元順帝作法事，祝延聖壽。攘迥多吉還有力地阻止了反對佛教的大臣們提出的，迫令烏思藏以外地區不守清規的僧人還俗，並負擔差稅、兵役的主張。但從此也不難看出，元末已有一部分大臣對皇帝佞佛持反對態度。不久，攘迥多吉因病在大都圓寂（1339）。
黑帽係第四世活佛乳必多吉（1340—1383）也受元順帝之召來大都（1359），與元朝使臣同路進京的沿途情況的記載，是元代在藏族地區設置驛站的重要參考資料，乳必多吉經過宗喀（今青海省湟中縣）時，曾為藏傳佛教格魯派（黃教）的創始人宗喀巴授居士戒，當時宗喀巴年僅3歲。乳必多吉抵大都（1360）後，為元順帝父子講經傳法。元朝末代皇帝順帝時宮闈內部以荒淫著稱的“演揲兒法”（一作“延徹爾法”）及其它醜聞，都與乳必多吉的密法傳授有關。
噶瑪噶舉是藏族地區實力很強大的一個教派。在元代，除薩迦派外，最受朝廷重視。
二、蔡巴噶舉派
蔡巴噶舉是蔡谿（今西藏拉薩市東南郊）貴族噶爾氏直接控製下的噶舉派的一個支係。元朝劃分烏思藏十三萬戶時，蔡巴是其中一個萬戶。噶爾·桑結額朱於1268年被封為萬戶長，後其子仁欽堅讚繼任萬戶長。仁欽堅讚曾到大都向元世祖忽必烈朝貢。忽必烈將蔡巴萬戶的封地擴大，包括現今拉薩河流域和山南地區的瓊結、曲鬆、隆子等地，都劃歸蔡巴萬戶管轄，還頒給仁欽堅讚金印和誥命，深受元廷的優待。仁欽堅讚的次子迦德袞布繼任萬戶長，曾為蔡巴萬戶的事務7次朝元，從內地請了工匠到烏思藏修整寺院，並將刻版印刷的技術從內地傳入藏族地區，藏族學者的著作由是而增多起來，為藏族文化史作出了貢獻。
迦德袞布之孫蔡巴·貢噶多吉（1309—1364）是藏族曆史上的著名人物，14歲繼任蔡巴萬戶長，15歲到大都朝見元泰定帝也孫鐵木兒，受封賜，獲銀印一顆。蔡巴·貢噶多吉任萬戶長期間，曾聯合薩迦本欽申瓦桑布和雅桑萬戶共同反對帕竹噶舉派的領袖人物蜂曲堅讚，當時帕竹噶舉派的勢力後來居上，蔡巴·貢噶多吉在與帕竹噶舉派的鬥爭失敗後，被迫將萬戶長職位讓與其弟紮巴喜饒（1352），自己出家為僧，更名格微羅追。蔡巴·貢噶多吉是藏文曆史名著《紅史》（1363年成書）的作者。《紅史》主要敘述自吐蕃王朝以迄元代的藏族曆史，還對漢族、蒙古族、西夏的帝王係統，以及印度古代的王統世係有所介紹。此外，蔡巴·貢噶多吉還是藏文大藏經《甘珠爾》（經部）目錄的編訂者。《甘珠爾》卷帙浩繁，1683年北京版的《甘珠爾》共1055部；1730年德格版的《甘珠爾》為1114部。蔡巴·貢噶多吉能為《甘珠爾》編訂目錄，證明他是當時佛學知識十分淵博的一位學者。
蔡巴·貢噶多吉之子格雷桑布曾經接受過元朝司徒的封號，但蔡巴噶舉在反對帕竹噶舉的鬥爭中失敗後，大部分領地被帕竹噶舉攘奪，實力已一蹶不振。
三、帕竹噶舉派
帕竹噶舉派是噶舉派中的一個重要支係。此派的主寺丹薩替（1158年建），在今西藏桑日縣境內的帕木竹地方。
12世紀末葉，帕木竹地方貴族朗氏家族控製了丹薩替寺的領導權，從此朗氏家族世代相傳把持了帕竹噶舉派。元朝劃分烏思藏十三萬戶時，帕竹是其中的一個萬戶，當時帕竹萬戶的萬戶長多吉貝曾3次朝元，元朝為他劃定了以現今西藏乃東、澤當兩地為中心的萬戶轄區。
1299年（元大德三年），紮巴仁欽（1250—1310）任帕竹萬戶長，同時兼任丹薩替寺寺主，成為集政教二權於一身的帕木竹地方的領主。由於紮巴仁欽是以喇嘛的身分兼任萬戶長的，故藏語稱“喇本”，即喇嘛墀本（萬戶長），而此前的帕竹萬戶長都稱“墀本”。
紮巴仁欽之後，帕竹萬戶長由其侄輩繼任，其中最著名的是取代薩迦而建立帕竹地方政權的絳曲堅讚（1302—1364）。絳曲堅讚繼任萬戶長時（1338），帕竹萬戶的實力已經構成對其它萬戶的威脅。不久，帕竹與鄰近的雅桑萬戶起釁。最初雅桑得到蔡巴萬戶和薩迦本欽甲瓦桑布的支持擊敗帕竹，絳曲堅讚重整旗鼓後，以優勢兵力攻打雅桑萬戶獲勝。帕竹擊敗雅桑後，實力更趨強大，與薩迦地方政權已形成對峙局勢。
先是薩迦本欽旺秋尊追接任以後，迅速地發動了對帕竹的進攻，幾次交鋒，薩迦的軍隊接連失利。絳曲堅讚的部將宣奴桑布作戰驍勇，領兵一舉攻占了薩迦直屬的貢噶宗（西藏今縣），給薩迦軍以重創，隨後絳曲堅讚又戰勝了烏思地區最強大的地方勢力蔡巴萬戶。此時，烏思地區除止貢萬戶外盡屬帕竹的統治範圍。薩迦內部雖然四個喇章已分裂（1349），但仍具有烏思藏地方政權的合法地位。
絳曲堅讚在取得軍事上的勝利後，經與元朝派駐烏思藏的官員商議，派出以旺秋和喜饒多吉為首的人員赴大都向元順帝朝貢。此時元朝對全國的統治已近沒落，薩迦地方政權也隨之衰微。絳曲堅讚既已在烏思藏節節勝利，元順帝隻得承認其已經取得的實力地位，賜予萬戶銀印、金質腰帶以及大量物品。絳曲堅讚取得元朝皇帝的支持，更加有恃無恐，在14世紀50年代初，擊敗止貢萬戶，接著又利用薩迦內部矛盾，支持本欽甲瓦桑布而向本欽旺秋尊追發動進攻。時本欽甲瓦桑布被監禁，絳曲堅讚以營救本欽甲瓦桑布為名，一舉攻占了薩迦，薩迦地方政權從此崩潰。
1353年（至正十三年），絳曲堅讚派紮格瓦喜饒紮西攜帶四爪齊全的獅皮等貢品赴大都朝貢，元順帝封絳曲堅讚為大司徒，賜以世代執掌烏思藏地方政權的封誥和印鑒，烏思藏地區的帕竹地方封建政權由此建立。
四、其它教派
達攏噶舉是噶舉派的一個支係，主寺達坑寺（1180年建，在今西藏林周縣境）的第三任堪布（住持）桑結雅均喜饒喇嘛（1203—1272）在藏傳佛教界有較高的‘威望，闊端的將領多達那波在羊闊端的信中曾提到他“最有德行”（見本章第一節）。1265年八思巴自大都回烏思藏，路經達攏寺時曾和他行碰頭禮（一說是合十的指尖相接的敬禮），這是地位平等的僧人所行的見麵禮，可見桑結雅均喜饒喇嘛的地位是很高的。桑結雅均去世（1272）後，其侄芒噶拉古如在八思巴的支持下接任達壟寺堪布，元世祖忽必烈曾“賜以大金元室六顆”。表明達壟噶舉派與元朝的關係比較密切。達壟也是烏思藏十三萬戶之一。
噶舉派中的主巴支係，即主巴噶舉派，與元朝有關係的重要人物是鄔堅巴·仁欽貝（1230—1309）。此人曾去鄔堅（古鄔仗那國，在今巴基斯坦斯瓦特河穀）學習佛教，返回烏思藏後，又奉元世祖忽必烈之召到達大都，為忽必烈傳法。忽必烈贈以大量金銀財物，要他留在京師，但是他一毫未取便返回烏思藏，因此他也沒有得到元朝的封號。
寧瑪派也有幾位僧人與元朝有些關係，有的受封為拔希（法師），有的受到王室的優待和賞賜，影響不大。
與元廷有關係的藏傳佛教教派還有夏魯派，又稱布頓派。夏魯是烏思藏十三萬戶之一，八思巴之弟恰那多吉於1265年返回烏思藏後，曾娶夏魯萬戶家一女，因此元廷賜給夏魯萬戶大量財物，至今夏魯寺尚保存元代的琉璃瓦建築。後來，夏魯方戶迎請著名佛教學者布頓·仁欽朱（1290—1364）為夏魯寺寺主，夏魯派一稱布頓派，即本於此。布頓·仁欽朱以編訂藏文大藏經《丹珠爾》（論部）的目錄而著稱。《丹珠爾》共3522部（1724年北京版），布頓·仁欽朱對如此浩繁的典籍都有所了解，佛學知識淵博，與蔡巴·貢噶多吉齊名。元順帝妥歡帖睦爾曾召布頓·仁欽朱到大都宮廷傳法，布頓·仁欽朱固辭，未奉詔。
覺囊派是現已不存在的藏傳佛教中的一個小教派。元代，覺囊派高僧篤補巴（1290—1361）的弟子之一絳巴·代完巴（出身於西夏王族後裔的拉堆絳萬戶家族，故稱絳巴；代完，為大元的藏語譯音，在元代受封為大元國師的藏僧簡稱代完巴），曾在拉堆絳萬戶的所在地建覺囊派著名寺院昂仁寺，今西藏昂仁縣即以此得名。此外，絳巴·代完巴之孫南喀旦巴也曾到過大都，受封為國公、大元國師，賜玉印。絳巴家族與薩迦派關係密切，其先祖於成吉思汗滅西夏時自西夏來投薩迦，被安置在拉堆絳，遂稱之為絳巴家族，後成為烏思藏十三萬戶之一。
第四節 藏族封建社會的發展
13世紀中葉，元朝統一了全國藏族地區，促進了藏族封建農奴製社會的發展，明朝取代了元朝，帶給藏族社會較長時期相對穩定的局麵，藏族封建農奴製度下的經濟和文化，都獲得了很大的發展；藏族和全國各民族的關係，也得到全麵的增進。
一、明朝對全國藏族地區的治理
1368年（明洪武元年），明太祖朱元璋在南京即帝位。翌年即派遣官員到藏族地區，告知明朝已取代元朝統一全國。隨後又派遣陝西行省員外郎許允德前往河州（今甘肅省臨夏市）一帶，招諭各部僧俗領袖歸順明朝。
元朝曾在河州設立吐蕃等處宣慰使司都元帥府。
1370年（洪武三年），明將鄧愈攻克河州，原來元朝設在這裏的宣慰使何鎖南普，以及原來元朝管理藏族地區的鎮西武靖王卜納刺都來降附。明朝接管了元朝所設的地方行政機構，改設河州衛，以何鎖南普任指揮同知，並準予世襲。