完全擺平各方的反對的聲音，五行營各種軍製改革才正式全麵拉開。這時，新兵招進營已經有一月有餘，實際訓練中，已經完全按照新軍製進行的。
原來的十六名小旗，正好對應新編製的十六個連，基本都被授予中尉軍銜。一些有潛力，表現好的士兵則被挑選出來，擔任副連長、排長、和副排長，授予少尉軍銜。
其他的老兵則被授予上等兵、下士等軍銜。原則上，上參加過肉搏戰的士兵都被授予了下士軍銜，而沒有直接參加戰鬥的老兵，被授予上等兵軍銜。
這些老兵一部分被分散到隊伍中擔任班長、副班長職位。另外一部分則被抽去組成偵查排、偵查班。
而新招進來的新兵，一律都是列兵，如果沒有戰事，他們需要等到一年之後才上等兵，到時軍餉也會多上一錢銀子。
五行營的主官當然是董宣武，軍銜定為少校。
軍法處的主官自然還是熊廷弼，軍銜準將。
監察及後勤總處的主官是馬忠，軍銜少校。
五行營的五個標，分別被命名為青龍標、白虎標、朱雀標、玄武標和騰蛇標。
其中青龍標主官是燕無為，軍銜上尉。
白虎標主官是熊兆璉，軍銜上尉。
朱雀標主官是周通，軍銜上尉；副標長是刁德嗣，軍銜上尉。刁德嗣同時還是五行營的參謀長，朱雀標實際是由他來掌管，因為更多時候，周通要負責董宣武的安全。
玄武標主官暫由熊廷弼代管。
騰蛇標主官暫由董宣武代管。
規定雖然這樣規定，但實際訓練中，所有訓練事宜仍舊以燕無為、熊兆璉為主官。
功勳製度也迅速落實，經過商討，目前設立的分為四等，分別是集體一等功，集體二等功，集體三等功和集體四等功。要獲得集體功勳的門檻不低，即便是上次反夜襲作戰，也隻有最先參加作戰，及時趕到圍牆缺口，並有效阻止了進攻賊匪勢頭的原第二、第三、第六、第七小旗，現青龍標二連、三連，朱雀標六連、七連獲得了集體四等功，各得到一麵錦旗。
同時原第二、第三、第六、第七小旗的士兵各得到一枚鋼質英勇勳章，以表彰他們在這次戰鬥中鎮定英勇的表現。這讓這些老兵在其他老兵麵前揚眉吐氣了一把。走路都把胸脯挺得高高的，眼睛幾乎長到腦門頂上了。
沒有得到英勇勳章的老兵，一個個摩拳擦掌、忿忿不平：這算什麼真本事、真好漢？隻是他們運氣好，賊匪主要攻擊點在他們那裏。下次，下次逮住機會，殺幾個真韃子讓他們瞧瞧。鋼質英勇勳章算什麼？要拿就拿銅質無畏勳章、銀質長城勳章、金質寶鼎勳章。
鋼質英勇勳章、銅質無畏勳章、銀質長城勳章、金質寶鼎勳章，分別代表著由低到高四個不同等級。其中金質寶鼎勳章是授予個人的最高榮譽，授予標準極高，能獲得者，將會成為軍中的傳奇。
無論是英勇勳章、無畏勳章，還是長城勳章、寶鼎勳章，都代表著軍人至高無上的榮耀，是五行營所有將士最想得到的東西。因為憑著這枚勳章，就可以拍著胸脯說：“我為大明，曾經浴血奮戰過，我才是真英雄，好男兒！我無愧於祖宗和胯下的那根把！”（董宣武原話）