每個師又下轄兩個旅，以及工兵團、炮兵團等直屬部隊，但不設偵查兵部隊。約一萬三千人編製。
每個旅下轄三個團(團的編製實際是原來的營編製）及偵查兵中隊，五千人編製。
每個團下轄三個營（營的編製實際為原來的標編製），每個營下轄三個連。連及連以下的編製沒有做什麼改變。
具體的整編如下：
以原青龍營、厚土營、青木營和隨燕無為出征的部分台軍為骨幹，吸納一部分明軍擴編為大明第一軍，又稱青龍軍，繼承青龍營軍旗，以燕無為為軍長。下轄兩個師分別為第一師和第二師。
以原朱雀營、烈火營為骨幹，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵擴編為大明第二軍，又稱朱雀軍，繼承朱雀營軍旗，以為柳若非代軍長。下轄兩個師分別為第三師和第四師。
以原白虎營和銳金營為骨幹，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵擴編為大明第三軍，又稱白虎軍，繼承白虎營軍旗，以吳三桂為軍長。下轄兩個師分別為第五師和第六師。
以原玄武營、寒冰營、騰蛇營為骨幹，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵，擴編為第四軍，又稱玄武軍，繼承玄武營軍旗，以周通為代軍長。下轄兩個師分別為第七師和第八師。
以黔軍為骨幹，吸納明軍及廣寧軍、關寧軍士兵，擴編為第五軍，又稱騰蛇軍，繼承騰蛇營軍旗，以熊兆璉為軍長。下轄兩個師分別為第九師和第十師。
按照規劃，第一軍完成對***的征伐後，將第一師駐守福建，第二師駐守廣州，軍部設在福建，協同地方部隊主要負責東南沿海諸省及江西等地的安全防務和作戰任務。
第二軍則將駐守西北，協同地方部隊主要負責西北方向的安全防務和作戰任務。
第三軍結束遼東戰事後，將駐守遼東，協同地方部隊主要負責東北方的安全防務和作戰任務。
第四軍第七師駐守京城，第八師駐守淮南，軍部設在北京，協同地方部隊主要負責中原、京師、山東、河北、江南的安全防務和作戰任務。
第五軍在完成對東籲的討伐後，第九師將駐守貴州、第十師將駐守雲南，協同地方部隊主要負責西南方向的安全防務和作戰任務。
此外，在京城、貴州、福建設三處新兵訓練基地，以後部隊的兵員將都由這三處新兵訓練基地提供。部隊不得私自招收兵員。
在此基礎上，在北京設立參謀總部，由董宣武負責，負責擬定各種戰略預案。並下設大明高級軍官學院，所有團及團以上軍官必須經過高級軍官學院培訓後才能任職。
大明高級軍官學院名義上的校長是大明皇帝，但具體事務，也是由董宣武負責。
另外，原明軍其他部隊也將以旅為單位，陸續進行整編成乙種地方部隊，徹底取消原有的衛所軍戶製，改為募兵製。不過這方麵的改編涉及方方麵麵，不可能像五行衛那般迅速，估計要延續很長一段時間。