崇州五縣單列出來，海陵府就剩下海陵、興化、皋城、建陵四縣，林縛薦吳梅久出知海陵，；除此之外，其他諸人，基本都進入樞密院體係。
林縛也是信奉“槍杆子裏出政權”，不希望在軍政上給外人製肘，淮東諸人也應主要團結在樞密院周圍，也不應給分散開。
這邊大義名份定下來，林縛就大張旗鼓的組建樞密院。
依照淮東軍司之前的架構，樞密院仍舊設水軍、步軍、馬軍三司以及糧械、戰訓、教習、律紀、軍情、軍醫等監，曹子昂都將調回江寧來，以補充人手的不足，與秦承祖、高宗庭、宋浮、林夢得、孫敬軒、孫敬堂、王成服、孫文炳、胡致誠、朱艾、武繼業等人一起，又將虞萬杲的子侄虞文澄、虞文備征入樞密院任將職，將樞密院的體係撐起來。
崇州五縣裂為崇國，林縛委任李書義為崇國相，階同知府，以掌民政；但海貿、厘金局、工坊、軍械、鐵作、船場等事務，有專人分管的，依舊由孫豐毅、周廣東等人分管，沒人分管的，由樞密院直領，最終還是歸屬到樞密院諸監司體係之下。
步軍司所轄長山軍、崇城軍、淮陽軍、鳳離軍保留不動，津海軍除一旅精銳留在崇州為衛營外，其他悉數調入江寧。
林縛並無意將禁衛跟京營軍分成兩個係統，徒增麻煩，他一身兼領衛尉、京營都督兩職，實際將京營軍及禁衛統稱禁營，也仿樞密院分設水、步、馬三軍：
設禁營水軍，將原津海、廟山等部水軍編入，補入輜兵，兵額定為一萬，以楊一航為都指揮使。
設禁營步軍，以趙虎都指揮使，以原津海軍主力為骨架，補入輜兵，兵額定為兩萬，負責皇城、外城以及京畿諸縣的防務。
設禁營馬軍，以周普為都指揮使。淮東就那麼點騎兵，也隻能一套班子掛兩套牌子。
當然，禁營三軍也都受樞密院水步馬三司轄管，以最終保證軍政大權能集中使用。
禁營軍主要衛戍跟控製江寧，作戰的任務減輕下來，故而不是林縛接下來要加強的重點。
浙東地區脫離戰事的威脅，與海陵、淮安兩府，都將改由江寧六部直轄，但在閩東、浙西、徐泗、池州、淮西、荊湖、湘潭、南陽、河中等地，都還直接麵臨戰事的威脅。
林縛將在樞密院下設行營轄這些地方的軍政，嶽冷秋以樞密副使、江西招討使兼領池州行營總管、知池州府事，負責池州行營，以六萬兵額為限，調拔錢糧。
董原以樞密副使、河南招討使兼領淮西行營總管，負責淮西防區，加兵部尚書銜。以十一萬兵額為限，扣除地方稅賦後，補撥錢糧。
胡文穆以樞密副使任荊湖行營總管，負責荊湖防區，共六萬兵額。
原潭州知府兼督兵備事張翰以樞密副使，加兵部侍郎銜，兼領潭州行營總管，負責湘潭防區，共編五萬兵額。
浙東諸府縣脫離戰事的威脅，浙東行營裁撤，另設浙西行營，傅青河兼領總管，分設水步都指揮使，周同任浙西行營步軍都指揮使，原浙東行營軍，除必要留戍地方兵力，步軍都編入崇城軍，兵額增加四萬；任粟品孝為浙西行營水軍都指揮使，孫文輝任副都揮使，原浙東行營水營兵馬，與白淖軍整合編入，兵額為一萬。
設閩東行營，以周同為總管，所轄兵馬為原閩東行營軍不變。
設徐州行營，劉妙貞任行營總管，與徐泗行營軍合並兵額也增至四萬。
此外，弋江、青陽、南陽三縣從池州府分割出來，與廬州府一起，合並為一個防區，為江寧西屏，敖滄海兼領弋江鎮守，東海府軍將編入長山營，兵額四萬。以內河戰船為主的第三水營，將與第二水營換防，進入弋江協防，實際淮東屯於弋江、廬州的兵力，將多達六萬眾。
山陽為徐泗防線內側最重要的支撐，將山陽、泗陽、沐口等城寨分割出來，當列一防區，以寧則臣兼領山陽鎮守，第二水營也將主要駐戍於淮口，總兵力約計四萬。
除去地方兵備不算，江寧所轄，由樞密院及兵部造冊的正卒兵額約計五十二萬有餘，其中淮東兵力一增再增、一擴再擴，此時已經達到二十四萬之巨，除了地方衛戍兵馬及水軍外，野戰步卒就達到十二萬之眾。