蔡善繼接受了巡撫的招安，成為了福建水師中的一員官員。蔡善繼被福建巡撫安排在水師中，也算是物盡其用了，蔡善繼帶領著那些一起被招安的部下，被編入了水師中抵抗海盜和荷蘭人的隊伍中。蔡善繼受到了重用，對於鄭芝龍來說這，無疑是一個非常好的消息。
於是鄭芝龍接受招安一事便再無顧忌，鄭芝龍將所有的部下都進行了遍整，之後在福建巡撫的要求下鄭芝龍率領部下，對抗在台灣海峽繼續橫行的海盜倭寇，以及荷蘭人。鄭芝龍憑借著自己優異的人力，以及自己在人數上的優勢，多次的挫敗了荷蘭人以及當年，那些稱兄道弟的海盜的陰謀。
崇禎六年早已經是福建總兵的鄭芝龍，再次率領著部下從金門出發，擊敗了荷蘭人的船艦。這次戰爭被稱為，金門海戰。在此之前鄭芝龍已經返回過了鄭氏的老家，福建泉州的南安。鄭芝龍成為了為數不多的幾個，不但迎娶了倭寇女，同時作為海盜被朝廷招安。還能回到老家，鄭芝龍這樣的海盜式少之又少的。也是因為鄭芝龍在泉州從來都是劫富濟貧，所有鄭氏一族族長，對於鄭芝龍並沒有厭惡。
鄭芝龍自己的人生經曆，足以是見得是極其的不同尋常。
靠著當海盜搶奪來的資源，鄭芝龍快速的成為了泉州的首富，稱霸一方。而作為擊敗了荷蘭人的英雄，鄭芝龍獲得了從福建到台灣，再到澎湖以及本州的海權。大明王朝自從鄭和七下西洋後，航海一事便漸漸地被明朝的其他皇帝所拋棄了。
國庫空虛，每年的稅收尚且不足以支持國家開支，又怎麼還會有剩餘的錢財來給他人白送？當商人們發現了海運是一件極其快捷的獲取財富的道理後，江南商戶七八戶閉門出海，剩餘兩戶也是在收集瓷器或者是茶葉。隻是朝廷對於商業，從來是采取打壓的模式，於是當越來越多的商人要出海後，大明王朝便頒布了禁海令。
沿海住民凡不往內地遷移八十裏之人，將會被朝廷處罰。
所有鄭芝龍不費吹灰之力就得到了整個東海，南海的所有海域權，明思宗朱由檢為了表示對於鄭芝龍的嘉獎，並沒有為難鄭芝龍的上奏。皇帝很快速的就批閱了鄭芝龍的奏折，這也使得已經的鄭成功有了與大清朝，對抗的資本。
鄭芝龍將自己手下的兄弟，派往南亞等地收取各國的商船船舶的停靠費用，鄭芝龍也因為這個原因，財富越積越多。明朝建國初年，江南有一方首富，富可敵國，人稱沈萬三。如今的鄭芝龍，便依靠著這樣的商業方式，快速的發家致富。鄭芝龍此時此刻，就儼然是成為了閩南地區的海上霸主，就算是此時的福建巡撫，對於鄭芝龍也是無可奈何。
而明思宗在燕京城一點也不知道，自己的帝國中已經有了一個人，在錢財上已經威脅到了自己的皇位的安全。這就是一個封建君主的愚昧，夜郎自大的心理顯露無遺。天朝上國的美夢一直沒有清醒過來，閉門造車的眼光，總是如此的短淺。
鄭芝龍將海盜式商業發展，已經是延續到了不少地方。比如一旦向鄭家交了保護費的船隻，便會得到一隻鄭家旗。這種鄭家的令旗就是同行的證明。在整個鄭芝龍控製的海域，隻看鄭家令旗。若是沒有鄭家令旗，隻怕是難逃被 搶 的命運。鄭芝龍如此翻臉不認人，如此蠻橫的做法，領荷蘭東印度公司苦不堪言。
於是荷蘭人不再滿足於，向鄭芝龍交付保護 費，以求得到通過。荷蘭人想要找到別人，將鄭芝龍取而代之，隻是鄭芝龍的勢力在多次的戰爭和角逐之下，不但是沒有任何的消散和減退。反倒是令鄭芝龍的隊伍更加的壯大不少。荷蘭人鍥而不舍的聯合他人，想要將鄭芝龍取而代之，隻是荷蘭人與其他海盜之間的交流並不是真的很流暢，所有荷蘭人多次的出兵，都被鄭芝龍打敗。
鄭芝龍多年財源滾滾，與朝廷形成了鮮明的對比，荷蘭人不能打敗鄭芝龍，反倒是總是被鄭芝龍打敗。所有荷蘭人不得不最後屈服，而大明朝朱氏一族，因為北方尤其是陝北的旱災沒有緩解，朝廷貪墨事件，早已經沒有了辦法製止。朝廷的賑災欠款，能夠進入災區的，還不足一分。
官員不作為，百姓怨聲載道，在外麵的北方燕京城僅僅是幾百公裏的山海關外，女真族聯絡著蒙古人賊心不死。對於海外尤其是台灣，明思宗早已鞭長莫及。要是鄭芝龍能夠很好的將台灣收在自己的手中，對於明思宗來說這又何嚐不是一件，非常好的事情呢？