“已故劉有慶子劉必遠，賈良琦子賈文鬱，宋可成子宋哲，李祖白子李實，湯若望義子潘盡孝俱斬立決。”
此案牽連甚廣，可以說湯若望一案，死人百餘不算少。因為處斬的日子需要再一次的協調，所以湯若望以及南懷仁被嚴刑拷打之後羈押在監牢。
後因京師地震，湯若望遇赦，隻殺了李祖白等五名欽天監官員。這裏麵也有太皇太後的手筆，當年昭聖太皇太後病急，全靠了湯若望的醫治。
倒不是太皇太後對於湯若望多麼感激，而後因為太皇太後知道，自己今後若是再有什麼疾病，太醫不一定能夠治好。
救下了湯若望，以後自己的身體或者能夠得到一個保障。
誰，不想能夠活的長長久久呢。位高權重的人，更是更加的惜命。
雖然最後鼇拜妥協，不殺南懷仁以及湯若望。但是，新曆法要被廢除。
時憲曆亦遭廢止，因為鼇拜的原因，楊光先乃出任欽天監正，吳明煊為監副，楊光先的官位高升代表著舊曆法的勝利，最後複用大統舊術。
舊曆法是大明時期的所著，已經行使了好些年，一直沒有人編排過於是誤差日益擴大。
湯若望因為遭受了一番嚴刑，最後不得不躺在病床上。而持新法之比利時傳教士南懷仁等與持舊法之楊光先等交爭不已。
本來以為是自己勝利的楊光先，怎麼也沒有想到南懷仁居然冥頑不靈。康熙七年十一月，特派員察勘兩造實際觀測，證明新法優於舊法。
也是因為皇帝已經不能忍受作為幕後主事者的鼇拜，對於自己的挑釁，所以到了康熙七年皇帝終於等不及要下手了。
楊光先被革職，皇帝任命南懷仁為欽天監副，康熙八年鼇拜被革職後。於康熙九年複行時憲曆，經過這場鬥爭，新法終於戰勝舊法。
隻是，湯若望已經死。在生前，湯若望蒙受的冤屈，雖然皇帝再其死後已經洗刷了。可是南懷仁作為信奉耶穌的人，還是覺得湯若望不能被主接受。
這樣的事情，一點點的寒了南懷仁的心。
想要擺脫這些日子，顯然是不可能的。但是也不是沒有機會不是，康熙十五年，隨著沙俄使團的來訪。
南懷仁覺得自己看見了希望，隻要能夠幫助耶穌會達成東方到沙俄再到歐洲的商路，南懷仁覺得自己就能夠得到主的救贖。
南懷仁在俄國使團逗留京師的幾個月間，進行了大量的翻譯工作。
他作為譯員，參加了中俄雙邊會談，並翻譯了一些官方文書，他將沙皇至皇帝的信。
及沙俄使臣與大清朝官員之間提出的12條談判綱領譯成中文，又將一些中文文件譯成拉丁文。
將這些東西當作是藍本，以此來取得兩邊的信任。隻是，南懷仁希望得到的東西，是耶穌會的更高職位以及上帝的聖意。
南懷仁希望給耶穌會士開辟一條從歐洲經過沙俄到達東方的交通線。
這也是耶穌會給出來的唯一要求，以沙俄為通道和橋梁，擴大歐洲在東方的力量。
為了耶穌會的利益，南懷仁在尋找進入莫斯科的機會。
因此他把由於受玄燁信任而得以掌握的清廷外交活動的情況，告訴了俄國使臣，以便讓沙俄使臣了解中方目的。
為了沙俄與耶穌會的利益，犧牲一些東方的利益，在南懷仁看來是可以的。
在尼果賴即將返國之際，南懷仁請尼裏賴帶一封信給沙皇。
他在信中強調，他通曉多種語文，為了基督教的利益，他本人願意為沙皇效勞。他還將他的拉丁文著作和《坤輿全圖》作為禮物贈送。
隻是，後來南懷仁的盤算，因為戰事的原因而被擱置。
此後大清與沙俄關係越來越緊張，最後發展到交戰，直到康熙二十四年才出現新的局麵，重開談判之門。
這也是南懷仁唯一的機會，就算南懷仁已重病在身，但對即將舉行的兩方談判會議的背景卻有著清醒認識。
他知道沙俄在歐洲連年戰爭，疲於奔命，不可能勞師遠征東方，因此隻可能在東方追求貿易利益。
而中這麼多年對於皇帝的了解，南懷仁清晰地認識到，玄燁這方麵既不要戰爭，也不要貿易。
作為皇帝玄燁的目的很明確，隻要求把自己認為屬於大清的土地與沙俄勢力隔絕，使這些地區安然無事。
更加重要的是，皇帝有些厭倦了這樣無休無止的戰事。玄燁主要目的是將蒙古和黑龍江流域封閉，不讓沙俄進入。
因此經過這些年的研究，南懷仁知道兩國不要戰爭、謀求和平是他們的共同目的，而這一目的也恰恰符合耶穌會的目的。
開辟羅馬－沙俄—東方陸路交通，以此來謀得黃金白銀，以及東方的香料。因此南懷仁想，如果耶穌會士能在這次邊界談判中進行調解。
自己能夠再有一次施展外交才能的機會，促其兩國實現和平，締結和約，那麼兩國都會感激耶穌會士，同時自己的地位會更上一層樓。