噶爾丹的招募一出，一時準噶爾資用報備，不取給遠方。所以，這一場招賢納士，令準噶爾的生產，生活水平大大的提高了。
而在南疆地區，噶爾丹扶植阿帕克和卓。使其總管理回民地各城，為準噶爾辦理回務。因為能夠管理回民，因此阿帕克和卓，對於維吾爾族人已經很少剝削。
阿帕克和卓每年向準噶爾貴族上繳大量貢賦，而這些貢賦，至少有三分之二來自於回民。阿帕克和卓自然是知道，自己早年所做所為對於自己的子民而言，究竟意味著什麼。
是，作為統治者而言，手中有利器能夠武力鎮壓百姓。作為百姓就隻能夠服從，但百姓心中自有一杆秤。
雖然以前的維吾爾內部動蕩，但至少沒有像如今這樣，給外族納稅的事情出現。當年，對於伊達雅圖的事變，知情人心中都是恨極了這個和卓。
而伊達雅圖自己，心中也不好受。本來以為是能夠從噶爾丹手中，將自己的汗位拿回來，卻沒有想到招來了一個白眼狼。
一方麵是百姓對於自己的反對，另外一方麵又是維吾爾族與準噶爾的戰爭。一旦發生了衝突，受到責難的一定就是伊達雅圖這個和卓。
噶爾丹為緩和維吾爾人與準噶爾之間，統治的矛盾。在商議之後，發布了一條主要針對維吾爾族的敕令。
其中赦令規定，霍屯人的村落之中，所犯的事情。應由霍屯人自己的法庭來裁決。
而至於在霍屯人與準噶爾人之間，有共同的訴訟，應由維吾爾的高等法庭來處理。同時噶爾丹下令，禁止南疆地區的奴隸買賣。
準噶爾貴族還對南疆的代理人實行“人質製”，雖然噶爾丹在維吾爾族增派了兵甲。但是為了保險起見，維吾爾封建主和卓家族。
屬於和卓宗室的，都有自己的親屬作為人質在伊犁生活。噶爾丹覺得，準噶爾貴族允許作為人質的維吾爾貴族數年更移一次，對於雙方來說也是件好事。
而至於被作為人質的維吾爾族人，在伊犁也隻是限定在一定範圍內生活。生活圈子雖然狹小，但是卻並不被任意傷害。
這樣一來，雖然是有些受到屈辱。到底，在南疆的維吾爾族的貴族們，總算是心中要好受一些。作為人質，從來都是不好聽的。
噶爾丹在南疆的統治，雖然是交個了伊達雅圖這個和卓。但是，其實通過維吾爾和卓。回部舊受額勒特統轄的地方，反而是受到了更大的壓迫。
作為已經失去了一部分民心的和卓。伊達雅圖能夠做到的，就是在最少的時間內得到民心。而苛捐雜稅，很顯然是不能的。
所以，噶爾丹需要的賦稅。這個時候，也是因為各項賦稅雖有定額，但其數頗重。所以很大部分，伊達雅圖將重稅加諸在了回人身上。
回人艱難納稅，而其中凡販運各貨以及金銀布帛，多於額外越例抽收。除了稅收，之外就算你是有伊達雅圖庇佑的維吾爾。
準噶爾上層，認為回人與維吾爾是屬於自己的。所以又派人在喀什噶爾、葉爾羌、阿克蘇、和闐四大城辦事之額勒特等人做事。
差人將回人的銀錢、糧馬、婦女，鳥槍等器物，隨意取擄回準噶爾。回眾不堪其擾，如居水火，所以多奔走逃避，未獲寧處。
永和七年之後，又過了兩年。康熙二十一年，噶爾丹又連年向西擴張。從南疆往北疆擴張邊界，出了吐魯番盆地，就是炎熱的沙漠。
在一年的時間之內，噶爾丹率騎兵進攻哈薩克的頭克汗，作為新任部落首領，其父楊吉爾汗曾於順治年間，大敗巴圖爾琿台吉。
噶爾丹率兵進攻，作為哈沙克的大汗，這些年對於噶爾丹的事跡也是知道了不少。所以頭克汗這些年，一直都在防備著。
當噶爾丹的騎兵出發後，頭可汗用計誘噶爾丹軍人城，待雪夜哈薩克援軍一到，內外夾擊，準噶爾騎兵猝不及防，馬匹陷入雪坑，死傷過半。
噶爾丹沒有料到自己居然會在這個地方，受到算計。雖然是失敗了，但噶爾丹也沒有氣餒。“整頓兵馬，我們回去。”
雖折損了兵甲返國，在噶爾丹眼中，卻沒有因為這件事被挫銳氣。“勝敗乃兵家常事。”麵對那些長老會的責備，噶爾丹用這句話來反駁。
如今失敗了，噶爾丹覺得正好，給了自己一個警戒。因此便更加的益征兵訓練如初，雖然是認可了自己的失敗。但是，對於噶爾丹來說卻不代表放棄。
所以準噶爾並遣使警擊北疆哈薩克，汝不來降，則自今以往，歲用兵，夏蹂汝耕，秋燒汝稼，今我年未四十，迨至於發白齒落而後止。
這一番恐嚇之言，實在不是玩笑之話。
為了應證自己說過的話，噶爾丹在次年，再發兵。攻打哈薩克的塔什幹、賽裏木等城市，擒獲頭克汗之子作為人質。