對於戰後軍隊整合這件事，朱由檢思考了很久，但始終沒有拿出自覺最為合適的方案，這件事可以說這是他穿越過來後遇到的最為棘手的問題。
因為這會牽扯到眾多原來統兵的總兵大將最終安置問題，這是會產生深遠影響的大事，必須盡量考慮周全才好。
因為功臣的安置問題在大明是有前車可鑒的，其中尤以太祖太宗為最，兩者截然不同的做法，對後世也是影響比較大的。
在朱由檢的眼中，從一個乞丐到君臨天下的太祖朱元璋，的確是一位了不起的大英雄，但他對待功臣們的手段卻並不值得稱道。
在這個問題上可以看出老朱眼光上的局限性。
老朱太狠了，也太過涼薄，小家子氣盡顯。
難道苦大仇深成功之後，就要翻臉不認人才對？
兔死狗烹、鳥盡弓藏，這個典故在他身上體現得淋漓盡致，同時也給自己的子孫後代埋下了君臣離心離德的禍根。
當初跟著他打天下的那幫文武重臣，最後僅有寥寥幾人得了善終，大多數都死在了老朱的屠刀之下，其中甚至包括他的親侄子朱文正，這得多狠？連親侄子都殺！
這一點上，老朱明顯不如他兒子朱老四。
在對待功臣的問題上，朱棣做到了仁至義盡，現在大明還存續的勳貴們，基本都是靖難功臣的後代。
所以，朱由檢準備以朱老四為榜樣，不去學朱八八。
但是，這裏有個非常重要的問題：職位不好安排。
大明現在這麼多總兵大將，雖是多年來參與過剿賊平奴、抵禦靼虜等等諸多戰事，但論起個人的功績來，根本無法與開國和靖難功臣們相提並論，要是給他們封爵，這些將領的功勞明顯是不夠分量的。
有些人明顯是守成有餘、進取不足，例如鎮守宣大的楊國柱、虎大威，坐擁數萬邊軍，多年來也隻是苟且在堅城之中，從無一絲一毫揚威塞外的雄心壯誌，抱著一種得過且過的心態混日子，根本沒有真正替朝廷解憂祛煩的打算。
而其餘的大多數軍將則是沒有任何的戰略眼光和思維，好一點的唯命是從，私心重的幹脆陽奉陰違，或者出工不出力。如果不是還有像洪承疇、盧象升、孫傳庭這樣的重臣支撐，這群武將根本指望不上，最後的結果就是順應曆史潮流，換個主子繼續效勞。
不過，說一千道一萬，自從朱由檢穿越過來後，這些軍將在剿滅流賊的戰鬥中還是發揮了非常重要的作用的，並且在這次關外會戰中也是拚盡了全力，尤其是宣大邊軍，在楊國柱、虎大威指揮下，給與了清軍以重大殺傷，單從這一點上，如果戰後酬功不合理，很可能會引發將領士卒們的不滿，對軍隊接下來的整合帶來不利影響。
有這幫老將在上麵壓著，後起的秦軍、勇衛營、京營、川軍這幾隻新軍中那些當打之年的年輕將領想要拔擢就很難了。
在朱由檢的設想中，在後金覆滅、東北基本安定的情況下，大明未來在北方和西北方將會采取戰略攻勢，以收複漢唐疆域為主要目標。這種情況下，騎兵將會成為重中之重，像曹變蛟、羅世芳、馬科、李重進等一幹騎將就要得到重用，而這次賞功就必須體現出來。
這次軍隊的整合其實就是變相的讓這幫傳統將領讓位，給渴望建功立業的年輕一輩騰出晉升的空間，裁汰不合格的兵卒，打造和長期保留幾支精兵，以此來維護政權和社會的穩定。
在這件事上，朱由檢已經密詔楊嗣昌和兵部幾名堂官入宮商議了數次，但還是沒有就此事拿出一個合適的方案，但是在關外大戰結束的情況下，這個問題必須要盡快解決了。