宇宙世紀，第三新東京市，此時整個第三新東京市已經被聯邦司令部直屬部隊G獵犬給團團包圍，而協助G獵犬部隊的則是聯邦遠東方麵軍，原本責任上更多應該是協助NERV對抗使徒的部隊，此時卻因為聯邦司令部的命令而成為了NERV的敵人。
在這無數包圍著第三新東京市的聯邦軍之中，其中還有一台看上去和柯西高達特別相似的機體，這是一台叫做潘娜洛浦的高達，也是柯西高達的兄弟機。
包圍著城市的聯邦軍在短暫的向NERV再一次的給出通告，並遭受到了拒絕之後便毫不猶豫，根本沒有一丁點遲疑的便朝著整個城市發動了攻擊，無數的光束，導彈從這些聯邦軍的機體之中飛射而出，落在這夜色的城市裏，伴隨著轟隆的爆炸聲，整個城市也開始被火光映照上了一層紅色。
誰都知道第三新東京市真正核心的地方是位於地底的一個巨大空間裏，而從地麵開始，中間則有著許多層的裝甲板牢牢保護著第三新東京市的真正核心，所以這支聯邦部隊要做的，便是將整個地麵城市徹底摧毀，找到NERV隱藏起來前往地底的道路。
在多層裝甲的保護下，NERV作戰部的人員此時雖然看著這一切的發生，心中憤慨的同時對於聯邦軍的做法也是無能為力，看著熟悉的城市燃燒起了大火，一棟棟樓房在聯邦軍的破壞下崩潰倒塌，心中的情緒自然是極為的難受和憤怒。
他們想要阻止這一切的發生但卻根本沒有任何辦法，因為此時的NERV之中，在將初號機和零號機送到了勝利艦隊，聯邦遠東部隊也成為了敵人之後，NERV除了依靠著多層裝甲自保之外，真的也沒有太多辦法去阻止這一切。
“快啊，快啊，勝利艦隊，你們要加快速度啊，城市一旦被毀滅，保護我們的裝甲也不能堅持多久啊。”
作戰指揮部裏，不知道有多少人心中有了這樣或是相似的想法，將一切希望寄托在了已經正在趕來的勝利艦隊身上。而碇源渡雖然表現的相當平靜，其實內心同樣也同樣焦急，他也明白單靠著上麵的裝甲板根本不足以抵抗聯邦軍太多的時間，而對於強大的敵人來說，比如蕭然，比如有些特殊的使徒，隻是一擊就可以將所有的裝甲板全部擊穿，防禦幾乎等於零。
這些裝甲板存在的意義，不過就隻是拖延那些一般力量的時間，給予他們這些人更多的安全感罷了。
聯邦的部隊在步步逼近，城市的破壞也越來越大，而就在這個時候，一道黑色的光忽然出現在了第三新東京市當中，巨大的燃燒軍團號，噴射著綠色粒子的托勒密號，會飛的潛水艇丹奴之子號，粉色公主的座駕永恒號，還有大和號，擬·阿卡姆號，拉·凱拉姆號全部出現在了第三新東京市的上空。
猛然一出現，各艦的屏幕之中就出現了下方城市那火焰滔天的景象，還有那無數聯邦MS部隊進入到城市之中肆意的破壞著地麵裝甲層的畫麵。
燃燒軍團號上，蕭然和瑪琉也通過屏幕看見了外麵情情況，蕭然在沉默了一下之後，便開口說道：“這次戰鬥的指揮交給布萊德負責，布萊德，要怎麼做你來決定。”