趙銘給兩個同知、六個僉事配備幕僚，使他們成為一個類似六部的職能機構，處理治下的政務。
趙銘自己也開幕，將浙東收服的華夏、王家勤等人，收為幕府書吏，來幫助自己處理政務，形成一個類似秘書處的班子。
現在馬士鼇、陳明遇、陳於階、馮京第、戴之俊、徐孚遠、華夏、王家勤、楊文琦、屠獻宸、董德欽等人，便是趙銘屬下文官班底。
此外還有一個夏完淳在崇明，不過他並非浙江都指揮使司的官員，而是朝廷官員，備加了監軍的頭銜，算是朝廷派到東海，監視趙銘的人。
在過一段時間，夏完淳就將來到金塘島，行使職責。
其實趙銘這麼做，到不是想做軍閥，隻是這樣做，能使得他緊握大權，不受外界幹擾，不被人坑。
在任命完後，趙銘遂即正色道：“現在職責劃分後，本帥希望大家都能負責好各自的事務！”
眾人紛紛表示會盡職盡責，各人臉上都帶著興奮之色。
趙銘微微頷首，“從明日起，各位便各自行使職責，將東海諸地治理好！”
現在趙銘控製的地方，主要有三處，崇明、舟山、台灣北部一塊區域，然後便是沿海眾多島嶼。
趙銘對陳明遇道：“陳先生，這次本帥從浙東帶回來不少人馬和物資，你要召集書吏，盡快清點統計。原來金塘、舟山、崇明、台北四衛若是編蠻，可再設一衛，發往台灣屯田！”
浙江都指揮使司現在其實有五衛，還有一衛，乃是四明衛，隻是這一衛，在四明山中，處於敵戰區，不好直接管理，所以趙銘給王翊很大獨立性。
明軍一衛為五千六百戶，每戶出正兵一人，其餘男丁為餘丁，趙銘的意思是，每滿五千六百戶，就可增設一衛。
這個衛，即是軍事單位，也是行政單位，就相當於一個縣。
趙銘準備以後得到的人口，達到一百二十戶，就增設百戶所，達到一千一百二十戶就設千戶所，達到五千六百戶，就設一衛，並都發往台灣，以衛所方式來開發台灣。
台灣島上有荷蘭人，有西班牙人，還有少民，若是普通移民，肯定無法站穩腳跟，衛所既能屯田自足，又是軍事組織，有一定戰力，可以站穩腳跟，比普通移民更容易生存下去。
趙銘打算，開發完台灣，今後拓殖海外，也可以采用衛所製度。
陳明遇對於這些已有經驗，他微笑起身，拱手道：“卑職領命，五日後，便會將文冊呈於大帥案上。”
趙銘點零頭，陳明遇做事能直接出期限，還是相當幹練的。
接下來，趙銘又吩咐了一些事情，如各百戶所設立蒙學，千戶所設中學，衛設立衛學，鼓勵各衛屯田開荒，倒也思路清晰，事事井井有條。
這讓新投靠之人，都露出驚訝的神情，趙大帥不僅善於打仗，也能治理地方，頗有威勢。
在處理完行政上的事情後，趙銘開始關注手下軍隊。
這次他從李成棟、鄭成功、張名振處，借調了不少軍官，同時也收攏了不少浙東義軍，再加上原來的兵馬，他已經有了一鎮兵。
這些兵馬同樣需要建立一個軍事體係，來進行管理。
不過此時，需要兵備科，先給新來的將士登記造冊，趙銘便先將注意力，轉移到了水師身上。