1645年，朱聿鍵在鄭芝龍的擁護下，登基做了皇帝，到1649年隆武五年初，他終於擺脫了傀儡的命運，便立時開始了他的布局。
在做傀儡皇帝的日子裏，隆武皇帝對於明朝如今的局勢，已有深刻的認識。
現今明朝最大的問題，除了滿清的外部威脅，就是地方勢力做大，皇權旁落的問題。
如果不重塑中央權威，加強皇帝威嚴，帝國便是一盤散沙，即便能夠擊敗滿清，也會向漢末割據演變。
雖然依靠現在地方督撫還有武將，隆武或許能夠恢複基業，但是隆武覺得這個機會渺茫，而且即便恢複，江山也不能算是他的。
現在隆武雖貴為皇帝，但卻無法拿地方督撫怎麼樣，甚至不敢換掉那些不聽話的督撫，這算什麼皇帝，算什麼子。
此時，朱聿鍵有不少忠臣，不過這些忠臣，大多手握重兵，使得朱聿鍵投鼠忌器，很難控製他們，對他們也不放心，所以他決定重用他的兄弟，讓他們來掌握權力。
雖然藩王做大，同樣會威脅他的位置，可相比於大權旁落，異性奪權，朱聿鍵情願接受今後宗藩做大的苦果。
再者，現在先利用宗藩，來穩固皇權，解決眼下軍閥割據的問題，等以後宗藩做大，他照樣可以削藩。
房間內，朱聿鍵與唐、豫兩王暢談，讓他們明白朱家江山麵臨的危機，與兩人相談一夜。
次日，朱聿鍵便留下唐王朱聿鐭坐鎮贛南，又讓豫王朱聿鍔南下廣州。
如此一來，朱聿鍵移駕長沙後，親自掌控湖廣，又有兩個兄弟，分別控製江西和廣東，他才能逐漸成為帝國真正的主宰，重新掌握生殺大權，成為乾坤獨斷，一不二的帝王。
那時朱以海雖得浙係擁護，但是也比不上他。
浙係由一幫軍閥組成，朱以海拿手軍閥其實沒有辦法，不過朱以海和浙係眾將之間的關係，並不是誰壓服誰，而是一種有默契的合作，朱以海不會對他們提無禮過分的要求，浙係眾將也不將其視為傀儡，希望靠擁戴朱以海登基，來獲得政治上的利益。
這是由兩人此時的位置決定，朱以海隻是國儲，需要團結眾人，給他們利益，來獲得他們的支持，從而登上大位，而朱聿鍵已經是皇帝，他考慮則是如何恢複皇帝的尊嚴，加強他的皇權，不使得大權旁落。
在贛州幾日後，朱聿鍵遂即起駕進入湖廣，於二月底，進駐長沙，受到長沙百姓的熱烈歡迎。
朱聿鍵遂即下旨，改長沙為西京，為朝廷臨時行在，並下旨不建宮殿，以示決心光複之意，並決議，從楚贛將士中，揀選精銳，重組京營兵，另外派出十三員禦史，巡查地方，嚴懲貪汙，重建朝廷威信。
朱聿鍵移駐長沙後，在袁州與清軍的對持的李過高一功，自江西撤回湖廣，西線戰事徹底平息。
於此同時，滿將浙江總督張存仁，撤出嚴州，浙東馬光輝也放棄對四明山的圍剿，撤回寧波城，東線也進入休戰的狀態。
至此，因為鄭芝龍降清，引發的一場波及浙、閩、贛、楚四省的戰事，終於停歇，明清雙方又退回到了開戰前的疆域。