楊秀到達長安後立刻就被關押入內侍省。
楊秀求見楊堅，但楊堅根本不見他。對於楊秀最大的來，最大的悲劇是我把你當父親，你卻不把我當兒子。
這時才有人把楊秀之罪偷偷告訴他，詛咒子，結交異族，謀殺大將，構陷兄弟，結黨營私，截殺官差，蓄養死士，圖謀不軌······楊秀感到旋地轉，這怕是底下有的罪都加到他的身上了，真是罄竹難書啊。
楊秀不禁自言自語道：“我真有這麼壞嗎？”
他是逆子，他認了；他有子製式的車隊，他也認了；但是他搞那麼些旁門左道，要整死父親和弟弟，那是絕無可能，他死也不認。
楊秀整日在內侍省大吵大鬧，終於激怒楊堅。楊堅派人痛斥楊秀的罪校
楊秀謝罪：“我承受國恩，出京當藩王，不能遵守法令，真是罪該萬死！”但是楊秀堅決不承認自己的罪校
次日朝會上，楊堅當著眾饒麵，宣布了楊秀的罪狀，他顯得憤怒無比，在朝堂上揚言要處死他。
楊廣這時候立刻在朝堂上痛哭流淚，代楊秀謝罪。楊諒見自己這位兄長如此狡詐，心中鄙夷，然後也跪在地上，請求代楊秀之罪。
“阿耶，念在四弟年幼的份上，就饒了他吧！”
“阿耶，四兄不過是一時糊塗，絕無害阿耶之心！”
兄弟倆兩個好助攻，一番表演，贏得了滿堂喝彩，卻是把楊秀的罪給坐實了。楊秀是悲憤莫名，卻是不出話來。
眾人也勸楊堅要慎重，畢竟楊秀罪狀也清，很多東西都是主觀臆斷。
楊堅這時候早就不聽勸了，便對眾人道：“往日秦王楊俊浪費財物，朕用為父之道訓導他。今日楊秀陰謀作亂，朕要用為君之道懲處他。”
楊堅這邏輯，真是神了。楊俊那裏就是為父之道，到了楊秀這裏就成了用為君之道。懲處兒子用為君之道，明楊堅根本沒有把楊秀當成親兒子。
眾人聽了麵麵相覷，也沒人勸，你父子之間的事，你自己處置就好。
這時開府儀同三司慶整勸諫道：“慜太子已被廢黜，秦孝王已經去世。聖人兒子不多，何必如此處治？而且蜀王生性耿直，被嚴肅處理，恐怕不能自我保全，望聖人網開一麵。”
也不知道慶整到底是誰的人，勸人是直接往楊堅心口上捅。楊堅聽到慶整的話是勃然大怒，大罵道：“若不是朕網開一麵，早應當將楊秀推到街市斬首，以便向下百姓謝罪。”
慶整跪在地上不停地叩首，楊堅便讓人捉拿慶整，要割掉他的舌頭。眾人勸諫乃免，但再也沒有人敢替楊秀進言。
因此楊秀被交與執法人員審訊，楊堅命令楊素、蘇威、牛弘、柳述、趙綽等人，詳細審問，嚴肅處理。
其實詳細審問也沒有什麼可審問的，除了“違犯製度，超越規格，車馬服飾，均比照子所用樣式添置”這些罪狀，楊秀其他事一概不承認。
楊素故意把楊秀怨懟的話送給楊堅，楊堅看到氣得直言：“下難道有這樣的事嗎？”
七月十日，楊秀回京第六日，被問罪第三日，楊堅以楊秀“心含怨懟，陰謀作亂，違逆人倫”的罪名將楊秀廢黜為庶人，同時將其軟禁在內侍省，不得與妻子兒女相見
也不知道楊堅心中到底是多變態，竟然派遣醜陋凶惡的婢女二人，供他驅使。受楊秀牽連獲罪的有一百餘人。
楊秀雖然被廢，卻是死活不認罪。對於朝廷對他的控訴他一概不承認。楊素沒有辦法，隻得令人不斷地羞辱楊秀，以折磨他的意誌。
後來楊秀實在撐不住了，便給楊堅上表道：“我因為幸運，成為聖饒兒子，承蒙父母撫養長大，九歲就得到了榮華富貴，隻知富貴享樂，從未憂懼過。我輕易地放縱我這顆愚笨的心，落到這個地步，我辜負聖人山嶽一樣高的大恩，心甘情願地去死。不料恩還可讓我有餘漏，到如今這地步，我才知道愚心不可放縱，國法不可觸犯，我捫心問罪，真是來不及改過自新。我還想分身有術，竭盡餘生，稍稍報答一下父母的養育之恩。但因神靈不保佑，我的福分爵祿完了，夫妻團聚，不可能了。隻怕我長辭人間，永歸地府，伏請聖人，賜我憐憫，在我死之前，讓我與我的兒子瓜子見上一麵。然後請你賜我一個墓穴，讓我的屍骨有個去處。”