海軍成軍之後，艦隊使向南方的舟山群島，在那裏建設自己的母港。雖然胡逗洲緊臨吳州，扼守長江，地理位置優越，但其距離陸地太近，很容易被其他勢力發現，生出事端。而舟山群島附近，控南扼北，又島嶼眾多，多良港，更方便走向大海。畢竟下一步，遠洋艦隊的目標還是流求（今台灣島），那裏才是遠東艦隊的核心戰略基地。
而黃明遠等人，則前往胡逗洲的造船廠。
北人騎馬，男人乘船，作為南方主要的交通工具，此時江南的私人造船廠也不少。黃明遠在此建廠，並不引入注目。至於一個胡逗洲，乃荒涼窮困之地，人口稀少，以黃明遠的權利地位，很容易將其變作私人領地。
實際上這一次招安江南世家，對於黃明遠來，最大的收獲是他準備在吳州籌建的造船廠穩了。
打造一支遠洋船隊，開啟國際貿易之先河，怕是每一個穿越饒夢想。但對於大部分人來，這種想法很不現實。海上貿易，風險極大，雖然成功了收獲豐富，但光是打造這麼大規模的艦隊，就需要極大的投資，而這核心是造船。
現在的黃明遠已經有了兩個造船廠，一在萊州後世的威海衛，一在海州鬱洲島（今連雲港地區，後成為陸地）。但相較於南方的造海技術和造海規模，這兩個北方造船廠的實力仍不夠看，不僅僅是物資、人員相對匱乏，光是人才的思想觀念就差距很大。所以黃明遠決定在江南再建設一個大型造船廠，作為遠洋艦隊的母船廠。
這個時代最重要的造船基地應該是揚州，揚州濱江臨海，水運發達，自古就是南北交通的重要樞紐。曆史上劉晏在擔任鹽鐵轉運使時，在揚州建成了十個大型造船工場，共造了兩千多艘船隻。不過考慮到楊廣以後常駐揚州，黃明遠可不想將自己的艦隊造船廠布置到楊廣的眼皮子底下，惹他礙眼。而吳州一帶，良港無數，又靠近舟山群島，再加上自己巨大的影響力，正是發展造船業的好地方。
黃明遠早早拿下了胡逗洲和劉家港，就是瞅準了這裏的優越位置。
為了建好這個船廠，黃明遠還在造船廠之中模仿了後世的製度，將管理和技術分開，由總管事負責管理船廠行政事務，而總工程師負責管理造船技術。
造船廠的總管事黃壬，原來是海州廠的總管事，黃明遠的親信出身。
黃明遠很的時候就注重培養親信，收養孤兒，然後從中挑選人才，以為己用。到今為止，黃明遠手上最重要的四海商團，除了總攬的整伯，便是下屬的十二個大管事。這些大管事分管商團各項事務，而黃明遠則通過這十二個大管事以及培養的數十名管事來確保商團不會背叛。至於其它各處田產、莊園、船廠、礦山等地，也基本上是這種模式。
其中四海商團十二名大管事以地支命名，分別是黃子，黃醜直到黃亥。而其它產業最重要的十個管事則以幹命名，分別是黃甲，黃乙直到黃癸。之前海州刺史是黃明遠的舅舅，黃明遠便讓黃壬在海州建鄰一個造船廠。